Родился 22.01.1440. Старший сын великого князя Василия Васильевича Тёмного и Марии Ярославны, внучки Владимира Андреевича Храброго, одного из героев Куликовской битвы.

Желая узаконить новый порядок престолонаследия и отнять у удельных князей повод к смутам, Василий Васильевич ещё при жизни провозгласил своего старшего сына великим князем. Тем более, что незрячему князю требовался доверенный помощник. Поэтому к моменту восшествия на престол 22-летний Иоанн Васильевич имел немалый опыт в государственных делах.

Иоанн III продолжил политику своих предшественников по объединению Руси под главенством Москвы, уничтожая удельные княжества и независимость вечевых областей, а также вёл борьбу с Литвой из-за присоединенных к ней руских земель. Он проводил осторожную политику и достигал намеченных целей, пользуясь благоприятными обстоятельствами и слабостью противников. Печальные события с его отцом внушили ему с детства непримиримую ненависть ко всем остаткам старой удельновечевой свободы и сделали его поборником единодержавия. Забирание земель и возможно прочное присоединение их к московскому государству было заветной целью его политической деятельности; следуя в этом деле за своими прародителями, он превзошёл всех их и оставил пример подражания потомкам на долгие времена.

Одно за другим были ликвидированы удельные княжества. В 1463 был присоединён Ярославль путём уступки своих прав тамошними князьями. В 1473 после смерти своего младшего брата Юрия Васильевича великий князь воспользовался тем, что он не оставил распоряжений относительно своих городов — Дмитрова, Серпухова и Можайска — и забрал их все себе. В 1474 Иоанн выкупил у ростовских князей оставшуюся половину их княжества.

Великий князь Василий Иванович Рязанский уже прежде был в руках Москвы. В 1464 Иоанн Васильевич женил его на своей сестре Анне, признал самостоятельным владетелем, но совершенно взял в свои руки и никогда уже после этого рязанский князь не выходил из повиновения у московского.

В 1467 умерла первая жена Иоанна Васильевича, Мария Борисовна, дочь князя Бориса Александровича Тверского. Говорили, что она была отравлена. Смерть этой княгини дала Иоанну Васильевичу возможность вступить в новый брак, важный по своим последствиям.

В 1469 Папа Павел II предложил Иоанну Васильевичу руку Зои, племянницы последнего византийского императора Константина XII. Она была дочерью его брата Фомы и после падения Константинополя (29.05.1453) проживала в Риме. 12.11.1472 она въехала в Москву и обвенчалась с великим князем. В России её называли Софьей Фоминишной Палеолог. Брак гречанки Софьи с русским великим князем имел значение передачи наследственных прав потомства Палеологов русскому великокняжескому дому. Первым видимым знаком этой преемственности, какая образовалась в отношении московской Руси к Греции, было принятие двуглавого орла, герба восточной Римской империи, сделавшегося с тех пор гербом русским. С этих пор многое на Руси изменяется и принимает подобие византийского, в т.ч. византийская пышность двора и придворных церемоний, отдаливших великого князя от бояр.

Во время переговоров о браке великого князя тайно от него в Москву был послан Джованни Баттиста Тревизано послом от Венецианской республики к хану Золотой Орды, чтобы склонить его на борьбу против турок. Узнав об этом Иоанн III возмутился и приказал посадить Тревизано в тюрьму, а в Венецию отправил Антона Фрязина за объяснением по поводу Тревизано. Венецианский дож прислал свои извинения с убедительной просьбой отпустить задержанного Тревизано. Вместе с Тревизано в Венецию отправился боярин Семён Толбузин, которому было поручено найти в Италии мастера, который бы мог строить церкви. В далёкую Московию согласился ехать Фиораванти, родом из Болоньи, названный Аристотелем за своё искусство. Он взял с собой сына Андрея и ученика по имени Пётр. Этот Аристотель был первый, открывший дорогу многим другим иноземным мастерам. Фиораванти был не только искусным архитектором и строителем, от умел лить пушки, колокола и чеканить монету. Он научил русских правильно обжигать кирпич, а также приготавливать известь.

По мере усиления могущества московского государя заметно возрастала жестокость его характера. Наполнялись тюрьмы, позорная торговая казнь (битье кнутом на торговой площади) стала частым повсеместным явлением. Страшные пытки сопровождали допросы. Иоан III стал самовластным государем, требующим беспрекословного повиновения и строго карающим за ослушание. Придворные, со страхом за свою жизнь, должны были в часы досуга забавлять его, а когда он, сидя в креслах, предавался дремоте, они раболепно стояли вокруг него, не смея кашлянуть или сделать неосторожно движения, чтоб не разбудить его. Именно Иоанн III первым получил прозвище "Грозный".

Казанское царство, недавно ещё основанное и так грозно заявившее себя при Василии Тёмном, сильно беспокоило Русь: из его пределов делались беспрестанные набеги на русские земли, уводились русские пленники. Набеги эти производили татары и подвластные им черемисы (совр. марийцы), населявших восток нынешней Европейской России. Иоанн III отправлял отряды разорять черемисскую землю, а в 1468 ему представлялся случай посадить в Казани своего подручника и таким образом сделать её подвластной себе. Некоторые казанские вельможи, недовольные тогдашним своим ханом Ибрагимом, приглашали к себе Касима, одного из тех царевичей, которым ещё Василий Тёмный дал приют и поместья на русской земле.

В 1470 Иоанн III послал под Казань рать во главе со своими братьями, после чего хан Ибрагим заключил мир с Москвой, освободив всех русских пленников, какие находились в неволе за протекшие сорок лет.

Крымский хан Менгли-Гирей, которому также угрожала Золотая Орда, был союзником московского князя, а с его помощью поддерживались мирные отношения с Турцией, с которой производилась выгодная для русских торговля на Кафинском рынке.

В это время Новгород, где верх взяли пролитовские силы, вёл переговоры с королём Польши и великим князем Литовским Казимиром IV о заключении союзного договора, направленного против Московского княжества. Душой этого движения была женщина, вдова посадника, Марфа Борецкая. С ней заодно были люди знатных боярских фамилий того времени: Арбузовы, Афанасьевы, Астафьевы, Григоровичи, Лошинские, Немиры и др. Иоанн III выступил в поход и 14.07.1471 нанёс новгородцам поражение в Шелонской битве и ещё раз позднее на реке Двине. Сын Марфы — Дмитрий Борецкий был казнён как политический преступник.

Поражение новгородского войска произвело переворот в умах. Народ в Новгороде был уверен, что Казимир явится или пришлёт войско на помощь Новгороду, но из Литвы не было помощи. Ливонские немцы не пропустили новгородского посла к литовскому государю. Народ заволновался и отправил своего архиепископа просить пощады у великого князя. Московский архипастырь просил оказать пощаду Новгороду. Как бы снисходя усиленному заступничеству за виновных митрополита, своих братьев и бояр, великий князь объявил новгородцам своё милосердие. В результате Новгород отрёкся от связи с литовским государем, уступил великому князю часть двинской земли и обязался заплатить "копейное" (контрибуцию) в 14,5 тыс. рублей. Иоанн Васильевич удержал за собой Вологду и Заволочье, а в следующем 1472 отнял у Великого Новгорода Пермь.

В 1472 хан Большой Орды Ахмат, по наущениям польского короля Казимира IV, предпринял поход на Москву, но взял только Алексин и не мог перейти Оки, за которой собралось сильное войско Иоанна III.

В 1475 Иоанн III отправился в Новгород и был принят там с большим почетом. Воспользовавшись жалобами некоторых новгородцев, которые жаловались на тех именно лиц, которые были особенно ненавистны великому князю по прежней его ссоре с Новгородом, он арестовал шестерых из них и отправил в Москву, а оттуда на заточение в Муром и Коломну.

В 1477 к Иоанну прибыли два представителя новгородского веча с челобитными, в которых великий князь был назван государем, а не господином, как ранее. Иоанн отправил своих послов в Новгород с вопросом, действительно ли новгородцы хотят видеть его государем. Вече пошло на попятную, и тогда разгневанный великий князь ввёл на новгородскую землю войска. После осады, когда в Новгороде начался голод, горожане сдались и 15.01.1478 принесли присягу на полное повиновение великому князю. Вечевой колокол был снят и отправлен в Москву.

Осенью 1479 Иоанн узнал, что новгородцы тайно ведут переговоры с Казимиром, а тот сносится с ханом Большой Орды Ахматом. В ожидании помощи новгородцы прогнали московского наместника, избрали посадника и тысяцкого и восстановили вече. В заговор оказались вовлечены даже братья великого князя. Иоанн действовал быстро и решительно. Пустив слух о походе на немцев, напавших на Псков, он подошёл к Новгороду и благодаря предательству взял его. Новгородского владыку схватили 19.01.1480 и без церковного суда отвезли в Москву, где заточили в Чудовом монастыре. Архиепископская казна досталась государю. В городе было казнено около 150 человек. Их имущество было отписано на великого князя. Несколько тысяч семей было выселено в другие города, а их имущество также стало достоянием государя. Вместо них на новгородскую землю переселили москвичей.

Из вечевых городов только Псков сохранял ещё своё старое устройство, полностью подчиняясь воле Иоанна III, изменявшего во многом и псковские порядки.

Из-за того, что с 1476 года Иоанн перестал платить дань Большой Орде в 1480 хан Ахмат опять напал на Русь. Иоанн Васильевич оставил Москву под управлением князя Михаила Андреевича Можайского и своего наместника Ивана Юрьевича Патрикеева, а сам поехал к войску в Коломну. Хан Ахмат медленно шёл по окраине литовской земли, ожидая себе помощи от Казимира. Но литовская помощь не пришла к нему; союзник Иоанна III Менгли-Гирей напал на Подол и тем отвлёк литовские силы. Ахмат подошёл к реке Угре, которая стала замерзать; начались стычки с передовыми русскими отрядами. Оба войска стояли на Угре напротив друг друга всю осень. Опасаясь, что татары перейдут реку по льду, Иоанн дал приказ войскам отступать к Боровску, объявив, что собирается дать там бой. Однако Ахмат не стал преследовать московские полки.

Послушавшись трусливых советчиков и не будучи по природе храбрецом великий князь попытался умилостивить хана и отправил к нему Ивана Товаркова с челобитьем и дарами, прося не разорять своего "улуса", как он называл перед ханом свои русские владения. На это хан потребовал явиться к нему лично. В это время к Иоанну пришло послание ростовского архиепископа Вассиана, который укорял великого князя в малодушии, убеждал не поддаваться коварным советам трусов, которые покроют его срамом. Неизвестно подействовало ли это обличительное послание, или, быть может, высокомерное требование Ахмата задело за живое великого князя, или страх опасности лично явиться к хану не допустило его до последнего унижения.

Получив отказ, Ахмат понял, что русские не боятся его, а между тем посланный вниз по Волге отряд под начальством звенигородского воеводы Василия Ноздреватого и крымского царевича Нордоулата, брата Менгли-Гирея, напал на Сарай, оставшийся без обороны, разграбил его, и до Ахмата, возможно, дошли об этом слухи. Татарское войско страдало от холода и бескормицы и 11.11.1480 хан Ахмат отступил. Повернув назад, он шёл по литовской земле и с досады разорял её за то, что Казимир не помог ему. 28.12.1480 у реки Донца на Ахмата напал Ибак-хан из шибанской орды, который соединился с ногайскими мурзами Мусой и Ямгурчи. Он собственноручно убил сонного Ахмата и известил об этом великого князя московского, который за то послал ему дары. После смерти Ахмата власть Орды над Русью рухнула окончательно. Могущество московского князя возросло ещё больше и он продолжал расширять своё государство и укреплять единовластие.

Противник Казимира, венгерский владетель Матиаш Корвин, завёл сношения с московским государем, и великий князь Московский, через посланного к Матиашу дьяка Курицына, просил его прислать в Москву инженеров и горных мастеров. Иоанн знал о существовании на севере металлических руд, но в то время в московском государстве не было людей, умеющих добывать руду и обращаться с ней.

В то же время молдавский господарь Стефан, который боялся Казимира и хотел оградить своё владение от властолюбивых покушений Литвы и Польши, решил вступить в родственную связь с московским государем, предложив свою дочь Елену за сына московского государя, Иоанна Молодого. Когда Елена ехала через Литву, и Казимир не только не остановил её, но послал ей дары. Это свидетельствовало, что Казимир явно боялся своего соперника и оказывал ему наружно знаки дружбы.

После рождения внука Димитрия, Иоанн Васильевич хотел подарить своей невестке, матери новорожденного, жемчужное украшение, принадлежавшее некогда его первой жене Марии. Узнал, что София подарила это украшение своей племяннице гречанке Марии, вышедшей за Василия Михайловича Верейского великий князь приказал отнять у Василия всё приданое его жены и хотел взять под стражу его самого. Василий убежал в Литву вместе с женой. Отец Василия, Михаил Андреевич, вымолил себе самому пощаду единственно тем, что отрёкся oт сына и написал завещание, по которому передавал великому князю после своей смерти свои владения — Ярославец, Верею и Белоозеро. Он умер весной 1485; говорили впоследствии, что Иоанн Васильевич втайне ускорил её.

В 1484 Иоанн III узнал, что Михаил Борисович Тверской, женившийся на внучке Казимира IV, заключил с ним союзный договор. Иоанн III заставил Тверь отказаться от сношений с Литвой и татарами. Михаил обещал не иметь никаких отношений с Казимиром и Ордою, но уже на следующий год возобновил тайные переговоры с Казимиром. Однако его гонцы были перехвачены. Московское войско окружило Тверь и пожгло посады. Михаил Борисович ночью бежал в Литву. 11.09.1485 Тверь присягнула Иоанну, который посадил в ней своего сына.

В 1486 в Москву прибыл Поппель, посол от императора Фридриха III и его сына римского короля Максимилиана с предложением дружбы и родственного союза. Поппель предлагал отдать дочь московского государя за императорского племянника маркграфа Баденского, но получил уклончивый ответ. 22.03.1489 Иоанн III отправил к императору послом Юрия Траханиота, грека, приехавшего с Софьей. Траханиот предложил выдать дочь великого князя за сына императора, но при условии, чтобы она сохранила православие. Переговоры о сватовстве продолжались до 1493 и прекратились после того, как Максимилиан вступил в брак с Бьянкой-Марией Сфорца, дочерью Галеаццо-Мария Сфорца, герцога Миланского. Посольство Траханиота имело ещё и другую цель. Великий князь поручил ему вербовать в Европе мастеров в различных ремёслах и тот привёз в Москву разных дел мастеров: стенных, палатных, пушечных, серебряных и даже "арганного игреца".

Развились дипломатические сношения и с другими странами; так в 1490 чагатайский царь, владевший Хивой и Бухарой, заключил с московским государем дружественный союз. В 1492 к Иоанну обратился иверский (грузинский) царь Александр, прося его покровительства. В том же году начались сношения с Данией, а в следующем был заключён дружественный союз между Данией и Московским государством. Наконец, в 1492 было первое обращение к Турции. Перед этим Кафа и другие генуэзские колонии на Черном море подпали под власть Турции; русских купцов стали притеснять в этих местах. Московский государь обратился к султану Баязиду II с просьбой о покровительстве русским торговцам. Через несколько лет, при посредстве Менгли-Гирея, начались взаимные посольства.

Но важнее всех были сношения с Литвой. Казимир IV во всё своё царствование старался, насколько возможно, делать вред своему московскому соседу, но уклонялся от явной открытой вражды. Под конец его жизни враждебные действия открылись сами собой между подданными Москвы и Литвы. Несмотря на крутое обращение Иоанна III со своими князьями, многие православные служилые литовские князья переходли к нему, сохраняя свои вотчины. Наиболее видными из них были князья Одоевские, Воротынские, Бельские. Сделавшись подданными великого князя Московского, они нападали на владения князей своих родичей, остававшихся под властью Казимира, отнимали у них волости.

В 1487 московский государь снова обратился на Казань. Партия вельмож, недовольная своим царём Алегамом, хотела возвести на престол его меньшего брата, Мухаммед-Аминя, мать которого Нур-Султан, после смерти своего мужа, казанского царя Ибрагима, вышла за крымского хана Менгли-Гирея. По приказанию московского государя русские войска после полуторамесячной осады взяли Казань и посадили там Мухаммед-Аминя. Великий князь приказал передушить казанских князей и уланов, сторонников Алегама, а самого пленённого Алегама с женой заточил в Вологде, а его мать и сестер сослал на Белоозеро.

В 1489 была окончательно присоединена Вятка. Московское войско взяло Хлынов почти без сопротивления. Вожаки вятчан были биты кнутом и казнены, остальные жители выведены из Вятской земли в Боровск, Алексин, Кременец, а на их место были посланы помещики из Московской земли.

Внутри Московского княжества также уничтожались уделы, ранее принадлежавшие его братьям, особенно после введения правила, по которому вымороченные уделы, переходили к великому князю.

В 1491 Иоанн Васильевич приказал схватить своего брата, углицкого князя Андрея Большого, который посмел ослушаться государя, и посадил его в тюрьму. Его сыновья: Иван и Димитрий, были в оковах отправлены в тюрьму в Переяславль. Андрей умер в темнице 7.11.1493; его сыновья томились долго в тяжёлом заключении, и никогда уже не получили свободы. Другой брат, Борис, удельный князь Волоцкий, был пощажён, потому что во всём повиновался великому князю наравне с прочими служебными князьями и боярами, но пребывал постоянно в страхе.

Когда в 1492 умер Казимир, Иоанн III вместе с крымским ханом Менгли-Гиреем начал войну против его наследника Александра Ягеллона. Были взяты Мещовск, Серпейск, Вязьма. Приграничные литовские князья волей-неволей переходили на службу к Иоанну. В 1494 был заключён мир, по которому Александр уступил Иоанну волости перешедших к нему князей и женился на его дочери Елене.

Однако мир оказался непрочным из-за непрекращающихся переходов князей вместе со всеми своими владениями, составлявшими значительные территории в восточной части великого княжества Литовского. В 1500 Иоанн послал Александру разметную грамоту. Крымчаки вновь выступили на стороне Москвы. 14.07.1500 русские войска одержали над литовцами большую победу у реки Ведроши, причём в плен был взят литовский гетман, князь Константин Острожский. По Благовещенскому перемирию (25.03.1503) за Москвой были закреплены новые приобретения, в т.ч. Северские земли: Чернигов, Стародуб, Новгород-Северский, Путивль, Рыльск и 14 других городов. В результате за годы правления Иоанна III территория Московского государства выросла в четыре раза, за что он был назван "собирателем русских земель".

В 1499 состоялся поход московского войска в отдаленную Югру (так назывался тогда Ханты-Мансийский автономный округ). Русские построили крепость на Печоре, привезли взятых в плен югорских князей и подчинили югорский край Москве. Это было первым шагом к тому последовательному покорению Сибири, которое решительно началось уже с конца XVI века.

Воспользовавшись смутой, начавшейся в Казани после смерти хана Ибрагима, великий князь на некоторое время установил контроль над Казанским ханством, но его смерть помешала закрепить этот успех.

Усиление центральной власти потребовало создания новых органов управления — приказов. В 1497 на основании "Русской Правды" Ярослава Мудрого и "Псковской судной грамоты" был создан первый законодательный кодекс централизованного Русского государства — "Судебник".

Большую роль стали играть дворянство и дворянское войско. В интересах дворян-помещиков был ограничен переход крестьян от одного господина к другому. Крестьяне получили право осуществлять переход только один раз в году — за неделю до осеннего Юрьева дня (26 ноября) и спустя неделю после. Таким образом началось закрепощение крестьян.

От первого брака Иоанн III имел сына, Иоанна Молодого, которому собирался передать великокняжеский престол. После рождения у Софьи в 1479 сына Василия и смерти в 1490 Иоанна Молодого, у которого был сын Димитрий, при дворе Иоанна явно образовались две партии, борьба которых по вопросу престолонаследия тесно переплеталась с религиозной. Мать Димитрия, Елена, дочь молдавского господаря Стефана III, склонялась к ереси и сдерживала Иоанна III от крутых мер против еретиков, а Софья, напротив, стояла за их преследование.

В декабре 1497 был открыт заговор приверженцев Василия. Они замыслили, что Василий убежит из Москвы, захватит казну великого князя, которая кроме Москвы, находилась в Вологде и на Белоозере, а потом погубит Димитрия. Иоанн арестовал сына, казнил заговорщиков и стал остерегаться своей жены, уличённой в сношениях с ворожеями. 4.02.1498 он торжественно венчал в Успенском соборе своего 5-летнего внука Димитрия т.н. шапкой Мономаха и бармой. Но уже в следующем году Иоанн Васильевич помирился с женой и сыном, охладел к Елене и внуку, разгневался на своих бояр, противников Софии. Семену Ряполовскому отрубили голову, а Иван Патрикеев и его старший сын Василий должны были постричься в монахи.

Вскоре Иоанн III, не отнимая ещё у внука великого княжения, объявил сына Василия великим князем Новгорода и Пскова. Наконец, 11.04.1502 Иоанн явно положил опалу на Елену и Димитрия, посадив их под стражу, а 14.04.1502 благословил Василия на великое княжение. Этим поступком он создал правило, что престол зависит не от какого-нибудь права, а от своенравия лица, управляющего в данное время государством.

Иоанн III умер 27.10.1505 и был похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля. После его смерти кроме Василия (1479-1533), ставшего великим князем, осталось ещё 4 сына: Юрий (1480-1536), удельный князь Дмитровский, Дмитрий (1481-1521), удельный князь Углицкий, Семён (1487-1518), удельный князь Калужский, и Андрей (1490-1536), удельный князь Старицкий.

Иоанн III старался поднять русскую промышленность и искусства. При нём было развернуто каменное строительство на территории Московского Кремля. Были воздвигнуты Успенский и Благовещенский соборы, колокольня Ивана Великого, Грановитая палата и др. Сам Кремль был вобведён каменной стеной; итальянцы построили в разные годы башни и ворота и устроили посреди Кремля подземные тайники, в которых впоследствии государи скрывали свои сокровища. Иноземные мастера лили для него пушки. При дворе Иоанна III было несколько иноземных мастеров серебряных и золотых дел: итальянцев, немцев и греков.