Баязид родился 3.12.1447. Cын и преемник Мехмеда II, завоевателя Константинополя.

Вступил на престол в 1481 после смерти отца. Баязид был вынужден вести войну с Венецией, пытавшейся вернуть земли в Далмации, а также Эгейские владения. В результате четырёхлетней войны (1499–1503) он одержал победу над венецианскими сухопутными и военно-морскими силами и захватил всю Морею. Завоевание Баязидом последних венецианских владений в Далмации обеспечило сильные позиции его преемникам для последующего продвижения в Венгрию.

Баязиду пришлось обнажить меч и против родного брата Джема, оспаривавшего у него престол при поддержке Египта, но в 1482 ему все же удалось разбить армию Джема, который бежал в Европу, где пытался заручиться поддержкой в борьбе против Стамбула. В итоге он велел отравить Джема в Риме (в феврале 1495).

5.08.1484 войска Баязида взяли в устье Днестра крепость Четатя-Албэ (Белгород). Молдавский гарнизон капитулировал после 2-дневного обстрела крепости. С этого времени крепость получила тюркское название — Аккерман (Белый город). Кроме того была взяла Килия в устье реки Дунай.

16.11.1485 в битве у озера Катлабух (около Килии) войска молдавского господаря Штефана III Великого нанесли поражение войскам Османской империи, однако восстановить контроль над крепостью Килией не смогли.

В 1492 в сражении при Филлахе войска под командованием эрцгерцога Передней Австрии Максимилиана I разбили турецкое войско, однако это не ликвидировало османскую угрозу.

В 1499 Турки захватили у Венеции в Морее, на северном берегу Коринфского залива, город Лепанто (Навпакт), который стал частью Османской империи.

На востоке Баязид установил контроль Османской империи над всем Чёрным морем, захватив в 1501 его восточное побережье. Он унаследовал пограничные конфликты с империей мамлюков в Сирии и Египте, а также с династией Сефевидов, пришедшей к власти в Иране.

В 1511 в Малой Азии вспыхнуло восстание под предводительством Шах-кулу (под шиитскими лозунгами), который, провозгласив себя "спасителем" и призывал к отказу от повиновения турецкому султану. В боях с повстанцами в районах Сиваса и Кайсери султанские войска неоднократно терпели поражения.

Однако Баязид никогда не доводил столкновения на восточных границах до открытых войн, что позволило ему укрепить империю, созданную его предшественниками. Это дало возможность младшему сыну и преемнику Баязида Селиму I сосредоточить усилия на завоевании арабских земель, а стратегические позиции, завоёванные им на Балканах, послужили основой для последующих завоеваний в Европе, осуществлённых преемником Селима Сулейманом I Великолепным.

Последние годы правления Баязида вызывали неоднократные смуты, порождённые соперничеством его сыновей из-за престолонаследия. Принуждённый уступить своему младшему сыну Селиму, которого поддерживали янычары, Баязид 25.04.1512 отрёкся от престола в его пользу. 26.05.1512 Баязид умер вблизи родового селения Дидимотика, недалеко от Адрианополя (возможно, был отравлен) и был похоронен в Стамбуле в Мечети Баязидов.

Баязид был другом дервишей и имел большое пристрастие к блеску и роскоши. Им построены и украшены многие мечети в Константинополе и Адрианополе. Из-за своих аскетических наклонностей и мистических взглядов Баязид получил прозвище "Вели" (Святой).