Из династии Мак Альпинов.

Родился ок.1030. Сын короля Дункана I и Сибиллы (Сутен) Нортумбрийской. Получил прозвище Канмор (по кельтски означает "Большая голова").

После убийства Дункана его вдова с двумя маленькими детьми, Малкольмом и Дональдом, укрылась сначала в Атолле у свёкора Кринана, а затем бежала в Нортумбрию к своему дяде Сиварду. В 1054 Сивард захватил Стратклайд, которым правили вассалы короля Шотландии.

После смерти Сиварда в 1055 графом Нортумбрии стал Тостиг Годвинссон, близкий друг Малкольма, который помог ему в 1057 свергнуть с престола Макбета и захватить в 1058 трон Шотландии.

Если не считать кратковременного конфликта, когда в 1061 шотландцы совершили набег на Нортумбрию, Малкольм и Тостиг оставались союзниками. В 1065 в Нортумбрии вспыхнуло восстание против Тостига. Тот бежал во Фландрию, вернулся оттуда с войском, но был разбит и укрылся в Шотландии у друга.

В 1066 Тостиг был вынужден уступить Нортумбрию своему брату, Гарольду II Годвинсону, но тот вскоре был разбит Вильгельмом Завоевателем в знаменитой битве при Гастингсе (14.10.1066), после чего Вильгельм начал свой победоносный поход по Англии, закончившийся почти полным её завоеванием.

Малкольм охотно предоставлял убежище англосаксам, тысячами бежавших из страны, в т.ч. англосаксонскому принцу Эдгару Этелингу (1051-1126), его матери Агате Киевской (возможно дочь или сестра великого князя Киевского Ярослава Мудрого) и его сёстрам, одна из которых, Маргарита в 1069 стала его женой во втором браке.

Покровительство беглецам, на которых Вильгельм смотрел как на мятежников, вызвало недовольство короля Англии. Малкольм, чтобы предупредить его нападение, в 1069 предпринял поход в Камбрию и Нортумбрию, чтобы передать их Эдгару.

Отвоевав Нортумбрию, Вильгельм напал на Шотландию и дошёл до Файфа. Эдгар, изгнанный из Нортумбрии, бежал во Фландрию. Малкольм предпочел не ввергать свою страну в пучину войны в интересах трусоватого родственника.

Встретившись в 1072 в Абернети, Вильгельм и Малкольм заключили мирный договор, по которому Вильгельм согласился выплачивать Малкольму ежегодную субсидию и отдать ему двенадцать английских поместий, которые тот должен был держать в качестве фьёфов (феодов, ленов) английской короны. Со своей стороны, Малкольм отослал в заложники своего сына Дункана, тем самым гарантируя выполнение условий соглашения.

На основании этого договора Англия впоследствии доказывала свой сюзеренитет над Шотландией.

В следующем году Эдгар Этелинг вернулся в Шотландию и сообщил Малкольму, что заручился поддержкой французского короля для нападения на Нормандию. Но Малкольм не доверился Эдгару. Не желая ссоры с Вильгельмом, он уговорил шурина тоже примириться с королём Англии, что тот и сделал, получив во владение замок в Нормандии.

В 1077 в Шотландии начались внутренние междоусобицы. Мормэр Морея Мэл Снехта, сын Лулаха, заявил о своих притязаниях на шотландский трон. Малкольм победил его, но великодушно сохранил жизнь. Начиная с этого времени вплоть до 1091 Шотландия жила в мире.

В 1087 Вильгельм Заоеватель умер, и корона Англии досталась его сыну Вильгельму Рыжему. Тот не был склонен поддерживать мир с Шотландией, заключённый его отцом. В 1091 Вильгельм объединился с братом Робертом Куртгёзом и изгнал из Нормандии Эдгара Этелинга, который обратился за помощью к Шотландии.

Малкольм, собрал армию и напал на Англию, но Роберт и Эдгар уговорили двух королей возобновить мирный договор в Абернети. Эдгару также были даны гарантии сохранности владений.

Однако напряженность между Англией и Шотландией сохранялась. В 1093 Вильгельм тяжело заболел. Посчитав это наказанием свыше за нарушение договора, он пригласил Малкольма в Глостер для новых переговоров. Но пока шотландский король добирался до места их проведения, Вильгельм выздоровел. Он встретил Малкольма очень грубо и потребовал явиться в Лондон на суд баронов. Малкольм заявил, что не считает себя вассалом английского короля, и вернулся домой.

Понимая, что в такой ситуации война неизбежна, он, не послушавшись уговоров жены, решил нанести удар первым. Собрав войско, в ноябре 1093 Малкольм перешёл границу с намерением осадить крепость Олнуик. Но при Алнвике он попал в засаду и был убит 13.11.1093 одним из людей графа Нортумбрии Роберта де Моубрея. В том же сражении был смертельно ранен и его старший сын Эдуард от первого брака.

Получив скорбную весть, его жена Маргарита скончалась тремя днями позже. В смерти, как и в жизни, королева обрела славу святой, и в 1250 была канонизирована.

Прекрасное воспитание и образование, полученное Маргаритой при дворе Иштвана Венгерского, позволяло ей выделяться при шотландском дворе, чьи нравы тогда ещё были грубы и просты. Во многом благодаря Маргарите в Шотландию стали проникать достижения мировой культуры, прежде всего, французской. Шотландский двор приобрёл европейский лоск, при нём начал использоваться французский язык.

Маргарита была не просто глубоко религиозной женщиной. Она довольно хорошо разбиралась в вопросах богословия и попыталась реформировать шотландскую церковь во французском духе, хотя с почтением относилась к традициям отшельничества, заложенным Св. Колумбой.

Трое их сыновей позднее владели троном Шотландии: Эдгар в 1097-1107, Александр в 1107-1124 и Давид в 1124-1153. Их дочь Матильда стала женой короля Англии Генриха I.

Его старший сын Дункан от первой жены, Ингеборги Финнсдоттир, кратковременно занимал престол Шотландии в 1094.