Из династии Гогенштауфенов.

Родился 26.12.1194. Сын императора Генриха VI и Констанции Сицилийской. Внук Фридриха I Барбароссы по отцу и Рожера II Сицилийского по матери. При рождении получил имя Фридрих в честь своего славного деда.

После безвременной кончины отца мать увезла его на Сицилию, где он в 1197 в 2-летнем возрасте был провозглашён королём, приняв на Сицилии имя Федериго I. Корону Священной Римской империи в это время оспаривали младший брат его отца Филипп Швабский и представитель конкурирующей династии Вельфов — Оттон IV Брауншвейгский.

Мать Фридриха перед смертью (1198) просила Папу Иннокентия III принять опеку над юным королём и Сицилийским королевством, однако на самом деле здесь наступил период безвластия и анархии, когда папские капитаны, местные бароны и арабы воевали между собой и грабили страну.

До совершеннолетия мальчик воспитывался в Риме под надзором римской курии. В 1208 Фридрих был провозглашён совершеннолетним и в 1210 женился на Констанции (1179–1222), дочери Альфонсо II Арагонского, которая была гораздо старше его и до этого уже была в браке с королём Венгрии Имре. С помощью её "приданого" — сильного войска — он установил порядок в Сицилийском королевстве.

В сентябре 1211 германские князья провозгласили Фридриха императором. В 1212 Фридрих (при поддержке Папы Иннокентия III) начал борьбу с Оттоном IV, в которой он опирался на поддержку Франции. В битве при Бувине 27.07.1214 Оттон Брауншвейгский был разбит и фактически потерял власть. Папа помогал Фридриху в Германии только потому, что тот торжественно обязался отказаться от Сицилии в пользу своего сына Генриха (1211-1242), после того как сам утвердится на германском престоле. В 1212 Генрих получил титул короля, но после смерти в 1216 Иннокентия III Фридрих оставил Сицилийское королевство за собой.

В апреле 1220 9-летний сын Фридриха, Генрих, был провозглашён императором Священной Римской империи, однако Фридрих резко выступил против, и Папа Гонорий III 22.11.1220 короновал Фридриха императорской короной в соборе Св. Петра. Вскоре между Папой и императором начались серьёзные разногласия из-за того, что Папа, начавший подготовку Пятого Крестового похода, провозгласил королём Константинополя не Фридриха, а Пьера II де Куртенэ (1155-1219).

Сделавшись самостоятельным правителем Сицилии, Фридрих упрочил своё владычество на этом о-ве, усмирив мусульман, которые несколько раз восставали против него. В Южной Италии он запретил войны между феодалами и постройку замков, установил для всего населения страны единый королевский суд, лишил города самоуправления, создал сильный флот, заменил феодальную армию постоянным войском из наёмников-мусульман.

В 1225 он женился вторым браком на королеве Иерусалима Изабелле-Иоланте (1212-1228), дочери Иоанна (Жана) Бриеннского (ок. 1148-1237), и этим явно предрешил судьбу иерусалимского королевства в случае удачи будущего похода.

Стремление подчинить своей власти всю Италию, опираясь на Сицилийское королевство, привело к длительной, но безуспешной борьбе с городами Северной и Средней Италии.

Дав обет отправиться в крестовый поход, император, несмотря на просьбы, угрозы и увещевания Папы Гонория III, в поход не отправлялся, а для отвода глаз ограничивался торжественными приготовлениями.

В 1227 Папа Гонорий III умер и на его место был выбран Григорий IX, который, под условием немедленного начала крестового похода, употребил всё своё влияние для успокоения ломбардских городов.

Фридрих II отплыл с крестоносным воинством из Бриндизи, но через несколько дней вернулся по причине болезни. Спустя неделю после возвращения он был проклят и отлучён Папой от Церкви. В ответ Фридрих обнародовал резкий памфлет против Григория IX, а его приверженцы вскоре принудили Папу бежать из Рима.

В 1228 Фридрих отправился, наконец, в Святую Землю. Шестой крестовый поход увенчался успехом. В начале 1229 Фридриху удалось заключить мир с египетским султаном аль-Камилом, договорившись о передаче христианам Вифлеема, Назарета и Иерусалима, после чего он уехал из Святой Земли, оставив там своего наместника.

В Сицилии в 1231 Фридрих издал законы (Мельфийские конституции), усилив королевскую власть и установив государственную монополию на торговлю рядом продуктов и увеличив налоги, что вызвало недовольство его правлением и способствовало завоеванию позднее Сицилийского королевства Анжуйской и Арагонской династиями.

Стремясь приобрести свободу действий в Италии, Фридрих предоставил в Германии почти неограниченную власть князьям. Вормсско-Фриульские соглашения 1231-1232 годов давали им право почти бесконтрольного распоряжения всеми делами внутри своих княжеств. В угоду князьям Фридрих запретил городам заключать между собой союзы.

В 1235 Фридрих подавил мятеж своего сына Генриха, который под влиянием Папы Григория IX, решил воспользоваться тем, что отец, уезжая в Италию, назначил его своим наместником в Германии, возглавил выступление горожан, королевских министериалов и некоторых епископов против князей. Фридрих засадил сына в тюрьму, где Генрих и умер 12.02.1242.

В 1237 римским королём был избран Конрад (1228-1254) его сын от брака с Иолантой Иерусалимской (1212-1228), на которой Фридрих женился после смерти Констанции Арагонской. Конрад стал управлять Германией в отсутствие отца.

В 1239 Григорий IX вновь отлучил Фридриха от Церкви из-за захвата им Сардинии, которая считалась церковным леном,. Через месяц после отлучения Фридрих обнародовал свой ответ в виде приглашения кардиналам созвать Вселенский собор для разбирательства между ним и Папой римским.

В 1241 Папа созвал собор в Риме, но побочный сын Фридриха, Энцио (1220-1272) перехватил в море корабли с епископами, ехавшими в Рим, — и собор не состоялся. Спустя 4 месяца Григорий IX скончался.

Фридрих делал несколько попыток помириться с Римом, но ничего из этого не вышло. Опираясь на поддержку Ломбардии, папская курия была чрезвычайно неуступчива. Ломбардская лига вступила с императором в вооружённую борьбу, длившуюся с перерывами до конца его жизни.

Папа Иннокентий IV созвал в 1245 собор в Лионе, куда он бежал от Фридриха, осадившего Рим. На этом соборе Фридрих был торжественно отлучён от Церкви, после чего контр-императором был избран Генрих IV Распэ, ландграф тюрингенский, которого в насмешку называли "поповским императором", т.к. в его избрании принимали участие только князья Церкви.

Дела Фридриха всё ухудшались. Французский король Людовик IX Святой дважды (в 1245 и 1246) пробовал уговорить Иннокентия IV быть поуступчивее, но безуспешно. Даже в Германии началось сильное брожение против императора, несмотря на все его старания сохранить там полный мир.

После смерти антикороля Генриха Распе (1247) рейнскими князьями под руководством папского легата Римским королём был избран граф Голландии и Зеландии Виллем II (Вильгельм). Он взял город Аахен и был там коронован в 1248, но большинство государственных чинов держало сторону Фридриха, и Вильгельм был вынужден возвратиться в Голландию.

В Ломбардии император терпел поражения за поражениями: в 1248 жители Пармы овладели крепостью Витторией, и императорское войско испытало страшный урон. Болонцы взяли в плен его сына Энцио. В 1250 Фридрих II заболел и умер 13.12.1250. В Германии и на Сицилии ему наследовал сын Конрад (1228-1254) от брака с Иолантой Иерусалимской.

Его сын Манфред (1232-1266) от любовницы Бианки Ланчии, с которой Фридрих оформил брак перед её смертью, занял престол Сицилийского королевства в 1258.

Фридрих был одним из самых образованных людей своего времени, знал греческий, арабский и латинский языки. Он всячески стремился привлечь в Неаполь, в Палермо и в Салерно прославленных учёных. В Италии Фридрих основал много школ, в 1224 университет в Неаполе, где преподавали не только христиане, но и арабы и евреи, что свидетельствует о веротерпимости, которая была характерна для всей политики Фридриха. Его терпимость к иноверцам вызывала подозрения католической церкви в неверии, в ереси и даже в тайной принадлежности к магометанству.

Фридрих проявлял глубокий интерес к медицине и зоологии. Он ввёл обязательное преподавание анатомии для медиков и поощрял её изучение на трупах. По его предложению были переведены на латинский язык сочинения Абу ибн Сины (Авиценны) (980-1037) и "История животных" Аристотеля. Фридриху приписывается сочинение о соколиной охоте.