Родился в 1182. Третий сын саксонского и баварского герцога Генриха Льва и Матильды, дочери английского короля Генриха II. Провел детство и юность у своего дяди, английского короля Ричарда Львиное Сердце.

Он походил на Ричарда отвагой и физической силой, а также вспыльчивостью и склонностью к буйству; был высок ростом, считался превосходным наездником и мастером во всех военных играх. Но при этом он был человеком порывистым и капризным. Во французских владениях дяди он усвоил себе чужой язык и чужие обычаи.

Ричард любил его как сына, за участие в войне против Филиппа II Августа Оттон получил графство Пуату и герцогство Аквитанию. Ричард хотел женить его на дочери шотландского короля Маргарет, которая считалась наследницей престола, так как король не имел сыновей.

После смерти императора Генриха VI в 1198 он был выдвинут Вельфами при поддержке Кёльнского архиепископа и английского короля Ричарда Львиное Сердце "антикоролем" в противовес германскому королю Филиппу Швабскому (брату Генриха VI). Он отправился в Германию и в июне 1198 был коронован в Аахене.

Следующие десять лет ему пришлось провести в упорной войне со своим противником Филиппом Гогенштауфеном. Не смотря на то, что ему помогали Англия, Дания и Папа Иннокентий III, с которым он 8.06.1201 заключил унизительный нейсский конкордат, признавший за Папой право инвеституры и принятия апелляции по всем духовным делам, Отгон не имел успеха и был уже близок к полному поражению, когда в июне 1208 пришло известие о внезапной смерти Филиппа, убитого в своем дворце пфальцграфом Оттоном Виттельсбахом.

После этого князья Гогенштауфенской партии пришли к заключению, что необходимо примириться с Оттоном. В сентябре 1208 на гальберштадском съезде ему покорились князья Саксонии и Тюрингии. Вслед за тем Отгона признали королем князья рейнских областей и южной Германии. На франкфуртском съезде произошло окончательное примирение. Отгон женился на дочери Филиппа, 10-летней Беатрис, и получил за ней огромные владения Гогенштауфенов.

В короткое время король восстановил в государстве спокойствие, законный порядок и прекратил разбои на дорогах. Благодаря этому оживилась торговля. Земледельцы возвратились на свои поля, и вскоре обильный урожай прекратил голод.

В 1209 Отгон отправился в Италию на свою коронацию. Жители Милана встретили его с масличными ветвями в руках и с песнями в его честь. Точно так же приветствовали его и в остальных итальянских городах на всём пути к Риму. 4.10.1209 Папа Иннокентий III короновал Оттона в соборе Св. Петра императорской короной.

Но вскоре согласие между Папой и императором расстроилось. Оттон потребовал присяги на верность в маркграфстве Тосканском, между тем как прежде обещал отдать эти земли Папе. Точно так же он принял ленную присягу у архиепископа Равеннекого и даже префекта Рима. Герцогство Сполето, на которое рассчитывал Папа, он передал графу Ачеррскому Дипольду. Иннокентий был очень раздражен всем этим, но не показывал пока своего гнева, выжидая удобного момента для удара.

В 1210 Отгон вторгся в Апулию. Целью его было завоевать всю южную Италию и присоединить к своим владениям Сицилийское королевство, где правил малолетний Фридрих Гогенштауфен, внук знаменитого Барбароссы.

На первых порах Отгону сопутствовал полный успех. Капуя открыла перед ним ворота. Дипольд сдал Салерно. Многие вельможи и епископы встретили императора как своего государя. Он уже готов был переправиться в Сицилию, но в это время пришло известие, что Папа отлучил его от Церкви как клятвопреступника. Если в Италии это отлучение не произвело никакого впечатления, то в Германии сразу подняли голову враги Вельфов. Осенью 1211 они собрались в Нюрнберге и избрали королём Фридриха II Гогенштауфена.

Оттон поспешил в Германию. В марте 1212 он назначил съезд во Франкфурте, куда собралось большинство влиятельных вельмож, и объявил своих противников мятежниками. Но после того как в августе в Германию приехал Фридрих, положение изменилось. Вся южная Германия немедленно перешла на сторону Гогенштауфенов. Оттону сохранили верность только нижнерейнские князья и вассалы его родовых имений. Из могущественных князей на его стороне остался лишь герцог Брабантский.

Но Оттон не падал духом. В 1214, собрав большую армию, он принял участие в борьбе между французским королём Филиппом II Августом, бывшим самым могущественным союзником Фридриха, и английским королём Джоном Безземельным на стороне последнего. Однако в сражении при Бувине 27.07.1214 Оттон был наголову разбит. Множество воинов императора погибло, другие попали в плен. Имперское знамя также оказалось в руках врага.

Когда Оттон вернулся в Кёльн, дела его были очень расстроены. Целый год он провёл в этом городе, не имея сил действовать против Фридриха. При этом ему приходилось занимать деньги даже на свои домашние расходы. В ноябре Фридриху покорился герцог Брабантский. Гогенштауфен пошёл на Брауншвейг. Оттон должен был ехать на защиту своих родовых имений.

В ноябре 1215 на Латеранском соборе Иннокентий провозгласил императора низложенным. Три года Оттон провёл в Брауншвейге, делая напрасные попытки удержать свою власть. Весной 1218 он занемог, ему было дано слишком сильное лекарство и 10.05.1218 он умер. Перед смертью Оттон пожелал примириться с церковью, принёс покаяние в своих грехах против Папы, и с него было снято отлучение.