Из династии Гогенштауфенов.

Родился в ноябре 1165. Сын императора Фридриха I Барбароссы.

27.01.1186 отец женил его на Констанция (1154-1198), посмертной дочери короля Сицилии Рожера II.

Когда его отец в 1189 отправился в Третий крестовый поход, к нему перешло правление Германией. После смерти отца (1190) ему пришлось бороться за Германию с Генрихом Львом, самовольно вернувшимся из изгнания.

Узнав, что сицилийские бароны избрали на сицилийский трон, освободившийся после смерти короля Гульельмо II, графа Танкреда ди Лечче, внебрачного сына герцога Рожера Апулийского, который приходился сводным братом Констанции, супруге Генриха, последний помирился с Генрихом Львом и поспешил в Италию.

Здесь он привлёк на свою сторону ломбардцев, расположил к себе римлян и был коронован Папой Целестином III, после чего вторгся в королевство Сицилию. Сопротивление, оказанное Неаполем, и появившаяся в войске чума заставили императора отступить. Возвратившись в Германию, он получил богатое наследство, оставшееся после смерти герцога Вельфа VI.

Отдав Швабию своему брату Конраду, Генрих предпринял новый поход в Италию с целью добиться соединения сицилийской короны с немецкой. В это время положение Генриха в Германии резко ухудшилось. Почти все князья отвернулись от него, но в декабре 1192 его главный враг — Ричард Львиное Сердце был взят в плен, а в 1194 умер Танкред.

После смерти Танкреда его несовершеннолетний сын Гульельмо был провозглашён королем, а королева Сибилла Ачерра назначена регентшей. На этот раз Неаполь не оказал сопротивления императору, Салерно был взят приступом, Сицилия также покорилась, и в ноябре 1194 Генрих торжественно вступил в Палермо.

Сибилла от имени своего сына Гульельмо отказалась от короны и сдалась на милость Генриху. Император подтвердил права Гульельмо на графство Лечче, принадлежавшее Танкреду до вступления на престол, и дополнительно пожаловал его княжеством Таранто. 25.12.1194 Гульельмо вместе с матерью и сестрами присутствовал на коронации своего преемника в соборе Палермо, принявшего на Сицилии имя Генриха I.

29.12.1194 Генрих объявил об открытии заговора с целью его убийства, в котором, по его уверениям, участвовало большинство сицилийских вельмож. Для обеспечения своей безопасности Генрих приказал арестовать и выслать в Германию всех крупных сановников короткого царствования Гульельмо III. В числе арестованных и сосланных были Сибилла с дочерьми, её брат Ришар Ачерра, Маргарит из Бриндизи, братья Ришар и Никола д'Аджелло. Ещё большее количество прежних сторонников Гульельмо были брошены в сицилийские тюрьмы, где впоследствии были ослеплены. Даже труп Танкреда был предан поруганию.

Возвратившись в Германию, Генрих прекратил возникшие за время его отсутствия междоусобицы и выступил на сеймах в Вюрцбурге и Майнце в 1196 с требованием признания немецкой короны наследственной в его доме. Встретив сопротивление духовных князей и Папы, он мог добиться только провозглашения немецким королём своего двухлетнего сына Фридриха.

Генрих VI стремился к мировой монархии. Король Англии принёс ему вассальную присягу. Он пытался навязать свой сюзеренитет Франции, пользуясь её затруднениями во время вторжения арабов на юг Франции и подстрекая Ричарда к борьбе с ней. Он претендовал на вассальное подчинение Бургундии, Кастилии, связанной родственными узами, и Арагона, король которой приносил ему присягу за Арль и Ниццу.

Ему платили дань мавританские князья Сев. Африки и греческий император Алексей III, который cверг с престола своего брата Исаака II Ангела. Для выплаты дани пришлось ввести во всем государстве особую подать, называвшуюся "аламанской", и снять драгоценные украшения с императорских гробниц в Константинополе.

В 1195 Генрих намеревался с помощью специального немецкого крестового похода в Палестину распространить свою власть и на Востоке. Он принял крест, но поход пришлось отложить из-за восстания в Сицилии. Подавив с большой жестокостью восстание, Генрих хотел последовать за войском крестоносцев. Для этого похода он вербовал многих князей. Генрих представлял себя в роли предводителя всего христианского мира.

В конце лета 1197 он прибыл в Мессину, чтобы лично присутствовать при отправлении крестоносцев. Был собран громадный для того времени флот, но в это время молодой, полный сил Генрих заболел лихорадкой и 28.09.1197 скончался, оставив сыну в наследство глубокое недовольство имперской политикой отца и семена раздоров в стране. Он был похоронен в кафедральном соборе в Палермо.

В Германии ему наследовал его младший брат Филипп. Королём Сицилийского королевства стал его сын Фридрих, под именем Федериго I.