Родился в июле 1171. Второй сын графа Эно Бодуэна (Балдуина) V и Маргариты Эльзасской, сестры графа Филиппа Эльзасского.

В 1177 бездетный Филипп Эльзасский отправился в крестовый поход и оставил во главе Фландрии своего зятя Бодуэна V де Эно. По возвращении из похода в 1179 Филипп по решению короля Людовика VII был назначен опекуном малолетнего дофина Филиппа Августа. Год спустя Филипп Эльзасский предложил руку своей племянницы Изабеллы Филиппу Августу, опрометчиво предложив в качестве приданого Артуа и другие фламандские территории.

В 1180 между Филиппом II Августом, взошедшим на престол, и Филиппом Эльзасским разразилась война из-за того, что последний хотел играть руководящую роль в королевстве. Эта война опустошила Пикардию и Иль-де-Франс. При этом король Филипп Август сумел рассорить Бодуэна с Филиппом Эльзасским.

Жена графа Филиппа Эльзасского Елизавета Вермандуа умерла в 1183, и Филипп II Август захватил провинцию Вермандуа от имени сестры Елизаветы, Элеоноры. Тогда Филипп Эльзасский женился на Терезе Португальской, дочери Афонсу I (во Фландрии её называли Матильдой). Филипп передал Матильде ряд крупных фламандских городов, что ещё больше обозлило Бодуэна V. Опасаясь, что он будет окружен землями короля Франции и графа Эно, 10.03.1186 Филипп Эльзасский подписал мирный договор с Филиппом II Августом и Бодуэном V, признав уступку Вермандуа королю.

В 1186 юный Балдуин женился на Марии (1174-1204), дочери графа Генриха I Шампанского. Через Марию Балдуин породнился со знатными крестоносцами: её брат Генрих II Шампанский был королём Иерусалима, а дядями были Ричард I Львиное Сердце и король Франции Филипп II Август.

В 1190 Филипп отправился в Третий крестовый поход, присоединившись к армии французского короля уже в Святой земле. Однако после прибытия в Сен-Жан д'Акр он стал жертвой эпидемии чумы и умер 1.07.1191. Фландрию унаследовала сестра Филиппа, Маргарита, и её муж Бодуэн V, граф Эно.

Ппосле смерти матери (15.11.1195) Балдуин унаследовал Фландрию, а после смерти отца (18.12.1195) и Эно. Хотя он принёс оммаж королю Франции Филиппу Августу, но выдвинул притязания на земли (в частности, Артуа), переданные французской короне в качестве приданого его сестры Изабеллы, первой жены этого короля. В связи с этим оказывал поддержку английским противникам Филиппа, королям Ричарду Львиное Сердце и Джону Безземельному. По договору с Филиппом Августом в Перонне в 1200 Балдуин вернул себе часть земель Артуа.

Через месяц после заключения договора, 23.02.1200, Балдуин принял крест, то есть заявил о намерении выступить в крестовый поход. Он провел следующие два года в подготовке похода и 14.04.1202 отправился в путь, оставив на родине двухлетнюю дочь и беременную жену, графиню Марию. Мария была регентшей в течение двух лет после отъезда мужа, но в начале 1204 оставила детей. чтобы присоединиться к Балдуину на Востоке.

В апреле 1204 во время Четвёртого крестового похода крестоносцами был захвачен Константинополь, и на части территории Византийской империи была образована Латинская империя. Императорская корона была сначала предложена Энрико Дандоло, дожу Венеции, но тот отказался. Далее решили выбирать между Балдуином и номинальным лидером крестового похода, Бонифацием Монферратским. В пользу Балдуина сыграли его молодость, галантность, благочестие и добродетель, а также популярность среди крестоносцев. При венецианской поддержке он был избран императором 9.05.1204 и коронован 16 мая в соборе Св. Софии в церемонии при участии византийского духовенства. Его жена Мария умерла в августе 1204, так и не встретившись с мужем.

Латинская империя была организована по феодальным принципам. Император стал сюзереном князей, которые получили от него участки завоеванной территории. Его собственный домен состоял из Константинополя, соседних регионов как на европейском, так и на азиатском берегах, а также нескольких островов, включая Лемнос, Лесбос, Хиос и Тенос. Причём многие территории ещё предстояло завоевать: в первую очередь, необходимо было сломить сопротивление греков во Фракии и закрепиться в Фессалониках. В этом предприятии летом 1204 Балдуин вступил в конфликт с Бонифацием Монферратским, который получил большую территорию Македонии с титулом короля Солунского.

Бонифаций надеялся образовать самостоятельное королевство и выступил против предложения Балдуина совместно выступить против Фессалоник. Антагонизм между фламандцами и лангобардами усугубил ссору. Балдуин настаивал на своих правах на Фессалоники; Бонифаций осадил Адрианополь, где Балдуин посадил своего губернатора. Гражданская война казалась неизбежной. Соглашение было достигнуто лишь благодаря усилиям Дандоло и Людовика I, графа Блуа. Бонифаций получил Фессалоники как феодальный лен от императора и был назначен командиром сил, которые должны были пойти на завоевание Греции.

Следующей зимой (1204—1205) франки начали завоевание Вифинии, в котором принял участие Генрих, брат Балдуина. В начале 1205 восстала византийская знать во Фракии, недовольная политикой латинизации. В ответ Балдуин осадил Адрианополь — главную крепость мятежников. Византийцы обратились за помощью к правителю Болгарии Калояну. Болгарский царь двинулся к Адрианополю с войском половецких конных лучников. 14.04.1205 в битве под Адрианополем рыцари Балдуина пали жертвой военной хитрости половцев и были один за другим поражены стрелами. Погибли Людовик де Блуа и Стефан дю Перш, правители Никеи и Филадельфии, соответственно. Балдуина взяли в плен и увезли в столицу Калояна Тырново.

Царь Калоян написал Папе Иннокентию III, что Балдуин умер в тюрьме в Тырново. В средневековой болгарской столице Тырново до сих пор сохранились крепостные ворота, носящие название "Френские ворота". Считается, что недалеко от них находилась башня, в которой находился пленённый латинский император.

К июлю 1206 информация о смерти Балдуина достигла Константинополя. Его брат Генрих I Фландрский был коронован императором в августе того же года. Во Фландрии наследницами Балдуина стали его дочери, Жанна и Маргарита.