Родился ок. 1174. Третий сын графа Эно Бодуэна (Балдуина) V и Маргариты Эльзасской, графини Фландрской, унаследовавшей Фландрию после смерти своего бездетного брата Филиппа Эльзасского.

Генрих отличался умом и храбростью. Также, как и брат Балдуин участвовал в Четвёртом крестовом походе и отличился при осаде Константинополя.

После того как Константинополь в 1204 был взят, Генрих завоевал значительные области Малой Азии и разбил войско Никейского императора Феодора Ласкариса.

Когда в 1205 в битве под Адрианополем Балдуин I был пленён болгарами, Генриха избрали регентом. Он был коронован как император 21.08.1206, после того как подтвердились известие о смерти Балдуина.

Вскоре ему удалось одолеть болгарское войско и расширить пределы империи на север. С императором Никейской империи Феодором Ласкарисом Генрих заключил двухлетнее перемирие, но когда в 1210 тот вновь стал представлять угрозу для Латинской империи, Генрих двинулся на восток и осенью 1211 нанёс ему сокрушительное поражение на реке Риндак на северо-западе Малой Азии.

В 1214 Генрих добился от Ласкариса заключения Нимфейского договора, устанавливавшего границы двух государств.

Генрих был женат на дочери Бонифация Монферратского. Он умер в Салониках 11.06.1216, возможно в результате отравления. Ему наследовал зять, Пьер II де Куртене.