Родился 27.03.1676. Сын наследного правителя Трансильвании Ференца I Ракоци (1645-1676) и Илоны Зрини, дочери бана (правителя) Хорватии Петера Зрини. Внук трансильванского князя Дьёрдя Ракоци II. Отец Ференца умер, когда тот был ещё младенцем, поэтому опеку над сыном получила его мать при верховной опеке со стороны императора Леопольда I. Воспитывался Ференц в иезуитских школах.

Второй муж Илоны Зрини, "король куруцев" Имре Тёкёли, не вмешивался в воспитание её детей, занимаясь по преимуществу борьбой за сохранение суверенитета Трансильвании. Разгром турок под Веной в 1683 усилил недоверие Османской империи к трансильванскому князю, и Тёкёли даже был готов отправить приёмного сына в качестве заложника в Стамбул, однако Илона Зрини воспрепятствовала этому.

С 1680 Ференц Ракоци жил с матерью в Мукачеве. В 1686 город осадили австрийские войска и Илона Зрини стойко обороняла замок, но к 1689 силы его защитников иссякли, и после капитуляции она с детьми была отправлена в Вену. После подписания Карловицкого мирного договора 26.01.1699 Имре Тёкёли и Илона Зрини были высланы из страны, а Ракоци остался при императоре.

С 1692 Ференц был ишпаном (управляющим) Шарошского комитата. С целью восстановления суверенитета упразднённого в 1526 независимого Венгерского королевства Ференц заручился поддержкой влиятельного магната, Миклоша Берчени, чьи наделы граничили с землями Ракоци и включали город Унгвар (Ужгород).

С 1697 Ференц Ракоци участвовал в антиавстрийском заговоре, поддерживая контакты с французским королём Людовиком XIV. После раскрытия заговора Ракоци 18.04.1700 был заключён австрийскими властями в крепости Винер-Нойштадт неподалёку от Вены. Ему грозила неминуемая казнь, однако в 1701 Ференцу удалось убежать в Польшу, где он встретился с Берчени и представителями Франции.

В 1703 большинство австрийских войск было отведено из Венгрии и Трансильвании для участия в войне за испанское наследство, и в окрестностях Мукачева была собрана новая армия повстанцев-куруцев, набранная преимущественно из венгерских и русинских крестьян Закарпатья, требовавших ликвидации феодального и иноземного гнёта. Куруцы обратились за помощью к Ференцу Ракоци, и тот согласился возглавить крестьянское восстание в силу благоприятной внешнеполитической ситуации. Ракоци возвратился в Венгрию, где 7.06.1703 призвал к восстанию против правления Габсбургов.

Ему удалось в короткие сроки создать регулярную армию из крестьян (практически вся венгерская знать отказалась поддержать Ракоци). С помощью польских наёмников под командованием Берчени к сентябре 1703 вся Венгрия до Дуная была освобождена от австрийцев. До июля 1704 от габсбургских войск была освобождена вся Трансильвания, а до декабря 1705 — весь Задунайский край. Под влиянием военных успехов повстанцев к ним примкнула значительная часть дворянства. При поддержке знати в 1704 Ракоци был избран князем восстановленного княжества Трансильвания. На освобождённых территориях Ракоци оказывал содействие развитию экономической жизни, особенно ремесла и торговли.

В сентябре 1705 сословное Национальное (Государственное) собрание отказалось утвердить императора Иосифа I венгерским королём, провозгласив взамен создание конфедерации во главе с Ференцом Ракоци для восстановления независимости страны. Одновременно были созданы органы исполнительной власти — Сенат и Экономический совет, а также регулярная армия Венгрии.

В связи с невозможностью получения помощи от Франции Ракоши обратился к России. В сентябре 1707 представителями Ракоци был подписан тайный договор с послами Петра I. Однако вторжение Карла XII на территорию Речи Посполитой и Российского государства сковало все силы Петра на полях боёв Северной войны.

3.08.1708 в сражении у города Тренчин Ракоци был серьёзно ранен при падении с лошади. Считая, что их руководитель мёртв, куруцы обратились в бегство. Это поражение в сражении с габсбургскими войсками, а также поражение у Ромханя 22.01.1710 заставили Ракоци отводить свои силы на северо-восток, к Сатмару и Мукачеву, где он пользовался поддержкой.

Не доверяя объявленной императором амнистии, Ференц Ракоци 21.02.1711 покинул страну и направился в Польшу (незадолго до этого он выдвигал свою кандидатуру на польский престол), стремясь добиться помощи от России и Франции и поручив командование венгерскими войсками барону Шандору Каройи. Однако дворянство склонялось к компромиссу и миру с Габсбургами и Шандор Каройи без согласия Ференца Ракоши вступил в тайные переговоры с австрийцами, окончившиеся Сатмарским договором, заключенным 30.04.1711. Несмотря на официальную капитуляцию, защитники Мукачевского замка в Закарпатье оборонялись вплоть до 22.06.1711.

До ноября 1712 Ференц Ракоци скрывался в Данциге под именем графа Шароши. Некоторое время он жил в России, надеясь на военную поддержку Петра I, затем он выехал в Англию, но не был допущен королевой в страну, и поэтому с 1712 находился во Франции. 10.10.1717 он высадился в Галлиполи на турецком побережье с целью поселиться в Стамбуле и пытался с помощью Османской империи восстановить свою власть в Трансильвании, но заключение австрийско-турецкого договора перечеркнуло надежды Ракоци.

Ференц II Ракоци умер в Турции 8.04.1735 и в 1906 был перезахоронен на родине, в церкви Св. Елизаветы в Кошице.