Родился 30.01.1621. Сын Дьёрдя I Ракоци от его второй жены Жужанны, дочери Михая Лорантфи.

Ещё в 1642 при жизни отца Дьёрдь II Ракоци был провозглашён соправителем отца в Трансильвании. В 1643 состоялась его свадьба с Софией Батори (1629-1681), перешедшей под давлением будущей свекрови из католичества в кальвинизм.

После смерти отца Дьёрдь II Ракоци стал единоличным правителем государства и продолжил реализовывать его планы по приобретению польской короны. Для этого он заключил союз с гетманом запорожских казаков Богданом Хмельницким, а также с князьями Молдавии и Валахии — Василием Лупу и Матвеем Басарабом.

В январе 1657, в союзе со шведским королём Карлом X Густавом, вторгшимся в пределы Речи Посполитой, Дьёрдь Ракоци во главе 40-тыс. трансильванско-казацкого войска открыто выступил против польского короля Яна II Казимира. В Кракове Ракоци присоединился к шведам, вместе с которыми взял Варшаву. Однако после отступления союзников из Польши его планы довольно быстро рухнули. Жестокость его войска вызвала в Польше сопротивление и ненависть к его имени.

Потерпев поражение при Чёрном острове, Ракоци потерял весь обоз и был покинут казаками, что в итоге вынудило его к капитуляции. При последующих переговорах о мире Ракоци расторгнул союз со Швецией и обязался выплатить Польше военную контрибуцию, за что получил право вернуться с частью армии в Трансильванию. Но на обратном пути большая часть войска Ракоци попала в засаду крымских татар, захвативших и уведших в рабство около 11 тыс. человек. Остатки армии во главе с Ракоци бесславно вернулись на родину.

В ноябре 1657 аристократия Трансильвании под давлением Порты сместила Ракоци за поход против Польши, формально сославшись на отсутствие разрешения на него со стороны османского сюзерена. Преемником Ракоци стал Ференц Редей, который однако не смог долго удержаться у власти.

С 1658 по 1660 Дьёрдь Ракоци вновь пытался завоевать власть, однако ему пришлось бороться с новым кандидатом — Акошем Баркзаем (1610-1660), которого поддерживали турки. Дело дошло до гражданской войны, в ходе которой Ракоци благодаря умелым тактическим манёврам вновь стал трансильванским князем. Этим он окончательно испортил отношения с Османской империей, которая не ограничилась угрозами, а напала на княжество и опустошила его.

Сам князь умер 7.06.1660 от ран после сражения при Гилэу. Его наследником на трансильванском троне стал Янош Кемени, но и он очень скоро был вынужден уступить княжество Михаю Апафи.