Родился 3.11.1632. Сын Дьёрдя Апафи и Боры Петку. Происходил из древнего, но незнатного рода. В 1650 Михай женился на Анне Борнемисце, от которой имел шестерых детей (четверо сыновей и двое дочерей).

В 1656 Михай сопровождал князя Дьёрдя (Георга) II Ракоци в походе против Польши и был взят в плен татарским ханом Мехмед-Гиреем. Освободившись посредством выкупа, он жил в своем родовом имении Эбешфальва.

14.09.1661 против своей воли, по требованию турецкого визиря Али Михай был избран в Марош-Вашаргели князем Трансильвании. При поддержке турецких войск он победил князя Иоанна Кемени, который с австрийскими войсками напал на Трансильванию и 23.01.1662 был побежден и убит в сражении при Нагишеллес.

Зависимость от Турции и высокая дань, которую надо было платить султану, причиняли ему много хлопот, а стране большие тягости. Михай был слабовольным правителем, многие важные решения принимала его жена и приближённые. Вместо неспособного, бесхарактерного и предававшегося пьянству Апафи государством стал управлять могущественный канцлер Тёкёли, который долгое время поддерживал сношения с французским двором и с венгерскими куруцами.

Михай не только не был в состоянии противостоять тяжёлому напору турецких войск на страну, но и был принужден султаном при походе Кеприлиса на Австрию следовать за турецким войском. Проигранное сражение у Сентготтхардского аббатства (1.08.1664) и последовавший за тем Вашварский мир (10.08.1664) освободили наконец Трансильванию от турецких войск, но тяжелая дань осталась.

Михай охотно принимал беженцев в Трансильванию. Он издал указы о защите Церкви и пастухов, поддерживал протестантство. Подкупом высоких сановников в Константинополе и при помощи заговора под предводительством двух знатных венгерцев — Весселени и Зрини Апафи удалось сделать безопасными для себя своих противников Золиоми и Бельди, стремившихся отнять у него власть.

Являясь противником Леопольда I, Михай был верным союзником турок. Летом 1683 Михай Апафи принял участие в походе на Австию турецкого султана Мехмеда IV, охраняя со своими войсками переход через Дунай при Раабе во время осады Вены Кара-Мустафой, за что в виде награды султан обещал предоставить после его смерти престол его сыну. Однако 12.09.1683 турецкая армия была разгромлена в сражении под Веной союзной армией поляков, австрийцев и немцев под руководством Яна Собеского.

После поражения османских войск Михай начал искать пути сближения с Габсбургами. Когда после вступления императорских войск под предводительством Караффы, крепости Клаузенбург, Германштадт и Дева получили немецкие гарнизоны, Трансильвания по трактату от 28.07.1686 отпала от турок и была поставлена в зависимость от Австрии.

Вскоре после знаменательной победы при Гаркани (12.08.1687) по договору, заключенному в Балажфальва 27.10.1687, императору была предоставлена высшая власть над войском в Трансильвании, а предыдущий трактат был подтверждён и расширен. Наконец, на сейме в Фогараше 1.07.1688 собравшиеся народные представители провозгласили Габсбургский дом наследственно царствующим в Трансильвании.

В последние годы жизни Михай впал в сильную депрессию ввиду смерти своей жены. Он умер 15.04.1690.