Иван был старшим сыном Стефана I Црноевича и Марии Кастриоти, сестры известного албанского полководца Георгия Кастриоти по прозвищу (Скандербег).

В юности Иван Црноевич совершал многочисленные военные набеги на земли боснийского герцога Стефана Вукшича Косача, правителя Захумья, в честь которого эта область стала называться Герцеговиной. В одном из этих походов Иван был взят в плен. С тех пор он долгое время был слугой Стефана Вукшича. После своего освобождения он женился на Гоиславе, сестре знаменитого албанского князя и героя Георгия Арианита Комнени из династии Комнинов. Благодаря этому браку Иван стал родственником сербского деспота Стефана Бранковича, женатого на Ангелине, дочери Георгия Арианита.

Иван начал править Зетой, имея плохие отношения с Венецианской республикой, флот которой оккупировал его города. В 1465 венецианцы назначили цену за его голову, но благодаря помощи своего бывшего хозяина Стефана Вукшича и албанского князя Скандербега в 1466 Иван стал правителем Зеты под контролем Венеции. Его столица располагалась в Жабляке возле Скадарского озера. Он получал содержание в 1200 дукатов ежегодно. В 1469 Иван женился вторым браком на Маре, дочери Стефана Вукшича.

Впоследствии Иван Црноевич воевал на стороне венецианцев в войнах против Османской империи. В 1473 он стал венецианским дворянином, нося титул князя и венецианского капитана Верхней Зеты. В 1474 он защищал Скадарское озеро от турок. После успешной защиты он решил освободить от турецкой оккупации Герцеговину ради брата его второй жены Владислава. Но у них вспыхнул конфликт по вопросу будущей границы между Зетой-Черногорией и Герцеговиной. Это позволило турецкому султану Мехмеду II вторгнуться в Зету и свергуть Ивана с престола. В 1479 Иван бежал в Италию.

После смерти султана Мехмеда в 1481 Иван вернулся в Зету. Благодаря междоусобицам между сыновьями Мехмеда Иван восстановил контроль в Зете, и был встречен как освободитель. Новый султан Баязид II принял это как должное и присвоил Ивану титул бея. В 1482 Иван послал в Стамбул своего младшего сына, Станишу, в качестве заложника, признав свой вассалитет. Центром его страны стал город Обод. Все свои богатства Иван предусмотрительно спрятал подальше от турок в основание горы Ловчен.

В 1485 Иван построил монастырь Божьей Матери, известный как монастырь Црноевича. Этим была основана новая столица Цетине, которая до сих пор является столицей Черногории.

Иван Црноевич умер в 1490, после чего правителем Зеты стал его старший сын Джурадж. Второй сын Ивана Црноевича, Стефан, был правителем Зеты в 1496-1498.

За время своего правления Иван Црноевич пытался объединить страну, поддерживая дружеские отношения с Турцией и Венецией одновременно. Он издал много законов, заложив основы правовой системы. Иван Црноевич почитается национальным героем и одним из величайших правителей Черногории.