Стефан был третьим сыном Георгия Црноевича, главы приморского племени Паштровичи. Его матерью была дочь албанского феодала Коджи Захарии. Стефан имел трёх братьев.

До 1441 Стефан Црноевич одним из многих правителей в княжестве Зета, которое тогда входило в состав Сербской деспотии. В отличие от соседей и родственников, которых удовлетворяло сложившееся положение дел, Стефан стремился к самостоятельности. После захвата турками-османами Сербии в 1441 деспот Джурадж Бранкович прибыл из Дубровника в Зету, чтобы организовать сопротивление и восстановить свой контроль над оккупированными сербскими землями, но эта попытка закончилась безрезультатно, двое его сыновей были ослеплены по приказу султана Мурада II.

После отъезда деспота в Венгрию Стефан Црноевич присоединился к восстанию боснийского правителя Стефана Вукчича Косача. Црноевичу удалось захватить пять деревень, две из которых он оставил себе, а три передал братьям.

Стефан Црноевич был женат на старшей дочери албанского князя Гьона Кастриоти — Марии Кастриоти, также называемой Мамика. В ноябре 1443 Георгий Кастриоти (Скандербег), брат Мамики, поднял восстание в Албании против османского владычества. Стефан Црноевич отправил военный отряд под командованием своего сына Божидара на помощь Скандербегу в борьбе против турок-османов, но Лека Дукаджини и род Захария устроили засаду и перебили черногорцев.

2.03.1444 Стефан Црноевич и его сыновья вошли в состав т.н. Лежской лиги, созданной албанскими феодалами под руководством Скандербега. В 1448 после возвращения в Сербию деспота Джураджа Бранковича Стефан Црноевич признал его верховную власть. Црноевич вместе со Скандербегом и Джураджем Бранковичем напал на венецианские города Бар и Улцинь. Однако в июле 1448 венецианский губернатор Бара разбил в битве войско Стефана Бранковича, частью которого командовал Стефан Црноевич.

В 1451 после смерти старшего брата Гойчина Црноевича под власть Стефана перешли все владения Црноевичей. В 1452 Стефан был вынужден стать вассалом Венецианской республики. В 1455 турки-османы вторглись в Сербию и захватили территорию к югу от Западной Моравы, тем самым отрезав Зету от центра Сербской деспотии.

Дальнейшее правление Стефана Црноевича прошло мирно, без внешнего вмешательства. С этого времени Зету всё чаще стали называть Черногорией по имени правящей династии.

В 1465 после смерти Стефана Црноевича правителем княжества Зета стал его старший сын Иван.