Стефан был вторым сыном правителя Зеты Ивана Црноевича и Гоиславы Арианити, дочери крупного албанского феодала Георгия Арианити.

В 1490-1496 правителем Зеты был его старший брат Джурадж, который вел активную переписку с другими христианскими государствами с целью создания антиосманской коалиции. Стефан предал брата и сообщил о его действиях туркам-османам.

В 1496 большая османская армия под командованием Фериз-бея оккупировала Зету. Джурадж Црноевич был вынужден бежать в венецианские владения. Его младший брат Стефан остался на родине, рассчитывая на покровительство со стороны турок, но они только использовали его, чтобы получить контроль над Зетой. Захватив Зету, турки-османы позволили Стефану Црноевичу остаться хозяином фамильных владений. Однако он правил только номинально, налоги с местного населения собирали турки.

В 1497 Фериз-бей занял область Грбаль и подчинил её непосредственно османской администрации, хотя формально она находилась в составе Зеты. В 1499 Фериз-бей официально присоединил Зету к своему санджаку Шкодер. Князь Стефан Црноевич перестал устраивать османов как правитель. Фериз-бей стал подозревать его в тайных контактах с Венецианской республикой. По приказу Фериз-бея Стефан Црноевич прибыл в Шкодер, где он был заключён в тюрьму, где он вероятно скончался, так как он больше не упоминается в исторических источниках. По другой версии в 1499 Стефан Црноевич отправился в Хиландар и стал монахом, приняв монашеское имя Марко.