Родился в 1217. Младший сын императора Латинской империи Пьера II де Куртене и императрицы Иоланды.

Когда в 1228 умер император Роберт де Куртене, старший брат Балдуина, ему было всего 11 лет. Пожизненным регентом и правителем империи бароны империи выбрали Жана (Иоанна) де Бриенн, бывшего короля Иерусалимского королевства. При этом для того, чтобы скрепить этот союз, Балдуина женили на Марии, дочери Жана. Однако церемония бракосочетания состоялась только в 1234. В 1231 Балдуин был коронован в Константинополе императорской короной, но реальная власть оставалась у Жана де Бриенн.

Самостоятельно Балдуин начал править только в 1237 после смерти тестя. Однако территория Латинской империи к этому времени уменьшилась почти до стен Константинополя. Кроме того императору постоянно не хватало денег из-за тяжёлой финансовой ситуации. Из-за этого во время своего правления Балдуин в основном занимался тем, что пытался получить помощь у европейских правителей, чтобы вернуть владения, захваченные императорами Никейской империи.

Пытаясь раздобыть деньги, он заложил королю Франции не только все свои владения во Франции, но и византийские реликвии, а Венеции в залог оставил даже своего собственного сына Филиппа (позже его выкупил король Кастилии Альфонсо X). Однако особых успехов он не добился.

В июле 1261 император Никейской империи Михаил VIII Палеолог застал Балдуина врасплох и овладел Константинополем. В результате этого Латинская империя прекратила свое существование.

Балдуин смог бежать в Италию на венецианской галере. Всю оставшуюся жизнь он пытался набрать армию для отвоевывания своих владений. Во Франции он не смог получить помощи. Единственным правителем, способным помочь в возвращении утерянной империи, Балдуин считал короля Сицилии Манфреда.

После его смерти Балдуин при посредничестве Папы римского в мае 1267 помирился с бывшим противником Манфреда, Карлом I Анжуйским, захватившим Сицилийское королевство. Карл сделал одной из своих целей отвоевывание Константинополя и восстановления Латинской империи. Договор был скреплён обручением сына Балдуина, Филиппа, и дочери Карла Беатрисы, причём в случае бездетности Филиппа все права на империю должны были отойти к Карлу. Балдуин, перебравшийся ко двору Карла, передал ему сюзеренитет над Ахейским княжеством и большинством островов Эгейского моря. Однако различные обстоятельства помешали Карлу осуществить эти планы.

Балдуин умер в 1273 в Неаполе и был похоронен в кафедральном соборе Барлетты. Его сын Филипп (1243 -1283) с 1273 считался титулярным императором Латинской империи Внучка Балдуина II, Екатерина, стала женой Карла Валуа, брата короля Франции Филиппа III, и передала ему все права на титул императора Латинской империи.