Томас Джефферсон родился 13.04.1743. Его отец, Питер Джефферсон, валлийского происхождения, занимался плантаторством и геодезией плантаций в графстве Альбемарль (штат Виргиния). Начальное образование он получил в местной школе, где начал изучать латинский, древнегреческий и французский языки. В 1757, после смерти отца, Томас унаследовал около 5000 акров земли и несколько десятков рабов. Впоследствии на этой земле был построен Монтичелло.

В 1758-1760 Джефферсон учился в школе священника Джеймса Мори, получил классическое образование, изучив основы истории и наук. В 1760-1760 он обучался на философском отделении Колледжа Вильгельма и Марии в Вильямсбурге и, изучив право у Джорджа Вита, в 1767 получил право заниматься адвокатской деятельностью. Джефферсон мог свободно говорить по-французски, полюбил читать Тацита и Гомера. Кроме этого, он учился игре на скрипке.

В 1769 Джефферсон был избран от графства Эльбермарл в Палату представителей Виргинии. После принятия парламентом Великобритании в 1774 т.н. "Невыносимых актов", включавших в себя ограничение самоуправления колоний и монополию на чай, Джефферсон написал много статей и резолюций против них. После созыва Первого континентального конгресса работа Джефферсона стала программой, представленной делегацией Виргинии в Конгрессе, но была признана слишком радикальной. Тем не менее, памфлет заложил теоретические основы для юридического провозглашения независимости и принёс Джефферсону известность, как одному из наиболее патриотично думающих политиков.

Вскоре после начала Американской войны за независимость Джефферсон был избран во Второй континентальный конгресс, заседавший в Филадельфии. В июне 1776 был создан комитет по подготовке Декларации независимости. Джефферсон был избран его главой, помимо него, в комитете было ещё четыре человека: Джон Адамс, Бенджамин Франклин, Роджер Шерман и Роберт Ливингстон. После внесения некоторых изменений Комитетом 4.07.1776 проект был утверждён Конгрессом. При этом из Декларации была удалена критика рабства и работорговли, что особенно возмутило Джефферсона, который был противником рабства, несмотря на то, что сам использовал рабский труд на своих плантациях. С тех пор 4 июля отмечается как главный праздник США — День независимости, а преамбула Декларации, принёсшая наибольшую известность Джефферсону, является самым известным текстом о правах человека.

Избранный в сентябре 1776 в Палату делегатов Виргинии, Джефферсон пытался обновить и реформировать систему законов штата, чтобы привести её в соответствие со стандартами демократического государства. В 1778 по его инициативе был принят закон о запрете ввоза новых рабов в Виргинию. В 1779 Джефферсон был избран губернатором штата. В 1780 по его инициативе столица штата была перенесена из Уильямсбурга в Ричмонд, расположенный ближе к центру штата. За то время, когда Джефферсон был губернатором Виргинии, она дважды подвергалась атакам британских войск. В июне 1781 Джефферсон, Патрик Генри и другие руководители штата были захвачены в плен англичанами, и им едва удалось бежать. После этого Джефферсон ушёл в отставку, так как общество было недовольно медленным темпом выполнения его предвыборных обещаний.

В 1785-1789 Джефферсон был послом во Франции, которая активно помогала американским повстанцам. По этой причине в 1787 он не смог участвовать в принятии Конституции США, однако в целом поддержал её, несмотря на отсутствие статей, затем вошедших в Билль о правах.

Вернувшись из Парижа, Джефферсон стал первым в истории США государственным секретарём в первом кабинете президента Джорджа Вашингтона в 1789-1793. На этом посту у него начались серьёзные противоречия с секретарём казначейства США федералистом Александром Гамильтоном по налоговой политике, и особенно по способу погашения военных задолженностей страны. В то время, как Гамильтон считал, что выплаты по долгам должны быть равно распределены по бюджетам каждого штата, Джефферсон поддерживал принцип выплаты каждым штатом своих собственных задолженностей (главным образом потому, что его родной штат Виргиния практически не имел долгов). В этих условиях Джефферсон и его соратник Джеймс Медисон основали Демократическо-Республиканскую партию, создав по всей стране сеть своих союзников-республиканцев для борьбы с федерализмом.

В конце 1793 Джефферсон ушёл в отставку и удалился в Монтичелло, составив Вашингтону и Гамильтону оппозицию. В 1794 стараниями Гамильтона был подписан Договор Джея, регламентирующий торговлю с Великобританией и приведший к установлению с ней торговых связей. Джеймс Медисон и Джефферсон раскритиковали этот договор.

В 1796 Джефферсон выставил кандидатуру от Демократической-Республиканской партии на президентских выборах, но проиграл федералисту Джону Адамсу. Тем не менее голосов выборщиков хватило для того, чтобы Джефферсон занял пост вице-президента.

После начала необъявленной войны между флотами США и Франции (1798-1800) и принятия законов об иностранцах и подстрекательстве к мятежу Джефферсон, посчитав, что федеральное правительство не имеет права на осуществление полномочий, не переданных ему правительствами штатов и поэтому штаты могут приостановить действие данных законов на своей территории. Эти резолюции заложили основы теории о правах штатов, приведшей впоследствии к сецессии Юга США в 1860 и Гражданской войне.

В 1800 Джефферсон после долгих дебатов в Палате представителей был избран президентом страны. Он поддерживал демократизацию власти, в частности, отказавшись от пышности, принятой в Белом доме при Адамсе. Значительная фракция демократов-республиканцев в новом Конгрессе и раздоры в Федералистской партии между Гамильтоном и Адамсом позволили Джефферсону ни разу не применить права вето за период своего президентства. В целях достижения контроля над Конгрессом Джефферсон пошёл на компромисс с федералистской фракцией Гамильтона и продолжил его экономическую политику касательно Национального банка и тарифов. В обмен на это федералисты не препятствовали истечению действия Закона о подстрекательстве в 1801 и отмене одного из Актов о иностранцах, сопровождавшейся освобождением из тюрьмы арестованных по этим законам.

Стремясь уменьшить правительственные расходы, Джефферсон пытался ликвидировать национальный долг, считая, что страны не должны увеличивать свои задолженности путём получения иностранных кредитов, за что выступал Гамильтон. Также были отменены многие введённые предыдущей администрацией налоги, в частности, налог на мелких производителей виски, вызвавший в 1794 серьёзные волнения. Он считал, что федеральное правительство может обеспечиваться только таможенными пошлинами без сбора налогов с населения. Это первоначально принесло успехи в экономике, однако позже, когда в результате Наполеоновских войн торговля США с Великобританией и Францией была прервана, это привело к катастрофе.

В период своего президентства Джефферсон провёл значительное сокращение численности армии, а также распустил большую часть флота, построенного при администрации Адамса, поскольку, по его мнению, большие вооружённые силы истощали ресурсы и финансы государства. Он считал, что в случае войны достаточная численность армии будет достигнута за счёт добровольцев из гражданского населения, как это произошло во время Войны за независимость. Тем не менее, признавая необходимость образованного руководства добровольческой армии, Джефферсон увеличил Армейский корпус инженеров и учредил в 1803 Военную академию США в Вест-Пойнте.

В 1801 в результате Наполеоновских войн Луизиана, занимавшая практически весь бассейн Миссисипи, вернулась от Испании к Франции, что обеспокоило правительство США, опасавшееся закрытия Нового Орлеана для международной торговли. В 1803 Джеймс Монро и Роберт Ливингстон были командированы в Париж для покупки Нового Орлеана с прилегающими территориями за 10 млн долларов, однако Наполеон Бонапарт, обеспокоенный мятежом на Гаити и не имевший сил защитить Луизиану от вторжения Великобритании, предложил Монро купить всю Луизиану за 15 млн долларов. Джефферсон дал согласие на сделку и 2.05.1803 был подписан договор о продаже территории, в два раза превышавшей территорию США того времени.

10.03.1804 договор вступил в силу, после чего все земли были вторично выкуплены у проживавших на данных территориях индейских племён, и сформирована Индейская территория (впоследствии на этой территории было образовано 15 штатов). В 1804 для изучения приобретённых земель к Тихому океану была направлена экспедиция Льюиса и Кларка, заложившая основу для колонизации Скалистых гор и Тихоокеанского побережья.

Несмотря на умеренную позицию Джефферсона в отношении оппозиционных федералистов, сами они переживали не лучшие времена. Их программа, предусматривавшая сильное федеральное правительство и высокие налоги, завоевала мало сторонников, особенно в новообразованных штатах Кентукки, Теннесси и Огайо (был принят в состав США 1.03.1803), а уход из политической жизни Джона Адамса и Джона Джея и гибель на дуэли с Аароном Бёрром Александра Гамильтона оставили партию без сильного и популярного руководства. В итоге в 1804 Джефферсон одержал уверенную победу над Чарлзом Пинкни, кандидатом федералистов, и был избран президентом на второй срок.

В период второго срока Джефферсона депутатами от северных штатов в Конгресс было внесено предложение о запрете работорговли, поддержанное Джефферсоном, но резко осуждённое южанами, заявившими о прерогативе штатов в запрете работорговли. Принятое в 1808 компромиссное решение запрещало работорговлю на федеральном уровне, но обязывало правительство распоряжаться обнаруженными контрабандными рабами в соответствии с законами данного штата. В итоге это привело не к исчезновению работорговли, а только к уменьшению её объёмов. Тем не менее, ещё 03.05.1807 Джефферсон подписал билль, запретивший ввоз новых рабов на территорию США.

С провозглашением независимости США должны были платить дань Алжиру, Тунису и Триполитании для беспрепятственного плавания и торговли в Средиземном море. Джефферсон после своей инаугурации отказался платить дань триполийскому паше Караманли, что вызвало разрыв отношений. В Средиземное море был отправлен небольшой флот и в 1803 начались активные боевые действия, которые первоначально были малоудачны и сопровождались захватом кораблей арабами. В 1804 осада Триполи также оказалась безуспешной, однако после привлечения на свою сторону противников Караманли 27.04.1805 американцам удалось занять стратегически важный город Дерну, что вызвало угрозу захвата Триполи и принудило Караманли заключить мирный договор, по которому после выплаты выкупа за пленных денежные платежи прекращались.

Война, формально так и не объявленная, продемонстрировала способность американцев к ведению боевых действий вне дома и укрепила престиж США, что было немаловажно в условиях надвигающейся войны с Великобританией, принудившей Джефферсона спешно подписать мир с берберами. Тем не менее, постепенное уменьшение американского присутствия в Средиземном море восстановило довоенный статус и спровоцировало в 1814 Вторую берберийскую войну, окончательно ликвидировавшую пиратство в Северной Африке.

Томас Джефферсон умер 4.07.1826 ровно через пятьдесят лет после подписания Декларации независимости, опередив своего предшественника на посту президента и главного политического противника Джона Адамса всего на несколько часов. 13.04.1943, в 200-ю годовщину со дня рождения в Вашингтоне был открыт мемориал Джефферсона. Кроме того он изображен на двухдолларовой банкноте и пятицентовой монете. На горе Рашмор (штат Южная Дакота) рядом с Джорджем Вашингтоном изваян его барельефный портрет.