Из династии Асеней.

Родился около 1238. Сын Ивана Асеня II от его третьего брака с Ириной Комниной.

После смерти своего сводного брата, Коломана I Асеня, Михаил, будучи ещё ребёнком, вступил на болгарский престол. Вступление Михаила Асеня на престол подготовила его мать Ирина Комнина, принявшая участие в заговоре против малолетнего царя Коломана I Асеня. Ввиду малолетства Михаила страной управлял регентский совет во главе с Ириной Комниной и царским шурином севастократором Петром. Таким образом, в Болгарии второй раз подряд на престол взошёл ребёнок. Его часто именуется как Михаил Асень (без указания номера). В болгарской историографии называется как Михаил II Асень.

В 1246 никейский император Иоанн III Дука Ватац решил воспользоваться малолетством Михаила Асеня и напал на болгарские земли. Ему удалось захватить крупные города Вельбажд, Мелник, Скопье, Сяр, Бат и ряд других. По положениям заключенного в 1247 Тырновского мира Болгария потеряла около трети своей территории. Одновременно венгры захватили болгарские земли близ Белграда и Браничево, после чего венгерский правитель добавил к своему титулу формулировку "Король Болгарии".

В июне 1253 Михаил Асен заключил союз с Республикой Дубровник, направленный против сербского короля Стефана Уроша I. В соответствии с условиями соглашения, в случае поражения Сербии в войне с союзниками её территории следовало поделить между победителями. Болгарские войска вторглись в Сербию, но вскоре были вынуждены отступить. Неудача в войне была во многом обусловлена смертью в 1254 королевы-матери Ирины Комниной и последовавшим ослаблением позиций Михаила у власти.

В 1254 Михаил Асень перешел в контрнаступление против внешних врагов. 3 ноября умер Иоанн III Дука Ватац, и болгарские войска в ходе вторжения смогли захватить Кричим, Цепину и Перперик. Новый никейский император Феодор II Ласкарис перебросил войска из Малой Азии на Балканы и вернул себе захваченные болгарами города.

В конце 1255 года Михаил Асень заключил мирный договор с венграми, подкрепив его династическим браком с Анной, дочерью Ростислава Михайловича, бана Мачвы, которая приходилась внучкой королю Белы IV. После чего Ростислав Михайлович приобрёл большое влияние при дворе.

В том же году болгарская армия вошла во Фракию и разбила никейцев вблизи Димотики. Ростислав Михайлович возглавил делегацию послов, отправившихся в Регину в 1254 году, однако без согласования с царем заключил с никейцами договор, по которому болгары возвращали им все захваченные земли без компенсации. Царь отказался признать это соглашение, что привело к его конфронтации со знатью и складыванию заговора.

В 1256 17-18-летний Михаил Асень был смертельно ранен во время охоты своим двоюродным братом Коломаном. Это убийство вызвало раздоры в Болгарии и борьбу за престол между тремя основными претендентами — Ростиславом Михайловичем, деспотом Мицо и боярином из Скопье Константином Тихом.

Большую часть своего правления Михаил Асень оставался несовершеннолетним и не был способен проводить самостоятельную политику. Во время его правления Болгарское царство вступило в продолжительный период междоусобных войн.