Родился ок. 1192. Происходя по женской линии от одной из знатнейших фамилий Византии, Иоанн женился на дочери Феодора I Ласкариса, Ирине, и без труда, как талантливый правитель и военачальник, одержал верх над другими кандидатами на императорский престол, братьями Феодора I, Алексеем и Исааком.

Последние бежав в Константинополь, весной 1224 вернулись, ведя с собой западных рыцарей. Попытка свергнуть Иоанна с престола завершилась для братьев Ласкарисов печально. В битве при Пиманионе Ватац вдребезги разбил латинское войско, Ласкарисов поймали и лишили зрения.

После этого владения крестоносцев в Малой Азии одно за другим сдавались Ватацу, быстро стяжавшему славу грозного полководца. Сразу после победы над Ласкарисами Иоанн снарядил флот и отвоевал о-ва Лесбос, Родос, Самос, Хиос и несколько мелких.

Окрылённый успехом, Иоанн начал было готовиться к походу на Константинополь, но в Никее поднял мятеж племянник императора Андроник Нестонг. Корабли пришлось сжечь, дабы они не достались латинянам, а василевс поспешил в столицу для борьбы с заговорщиками. Нестонга и его сообщников после подавления бунта приговорили к наказанию путём различного рода членовредительства, но всем оставили жизнь.

Царствование Иоанна прошло в заботах о восстановлении прежней Византийской империи. Чтобы собрать необходимые средства, василевс воспользовался землями своего обширного домена. На этой территории создавались императорские поместья, работу которых Иоанн взял под личный контроль. Благодаря разумной налоговой политике и, видимо, широкому применению новых методов хозяйствования, производство достигло в них невероятно высокого уровня.

Правительство приняло меры для прекращения утечки монеты за рубеж. Специальный эдикт императора предписывал воздерживаться от покупки иноземных предметов роскоши и довольствоваться тем, что "производит земля ромеев и умеют приготовлять их руки", угрожая в противном случае "бесчестием", т.е. лишением ряда гражданских прав. Даже своего сына Феодора Ватац выбранил, увидев в заморском шёлковом одеянии.

В результате этих и других реформ Никейская империя при Иоанне в короткий срок сказочно разбогатела. А так как из-за наступления монголов у соседей империи, турок, настали тяжёлые времена и толпы беженцев искали себе защиты от кочевников во владениях греков, её население ещё и увеличилось.

Прочное положение страны позволило Иоанну начать широкую кампанию по изгнанию католиков с Балкан. В 1235 он утвердился во Фракии, заключив союз с болгарским царём Иваном II Асенем. Сблизился василевс и с ярым противником папства германским императором Фридрихом II Гогенштауфеном. Мощный флот — тоже плод усилий Ватаца — обеспечил Никейской державе господство на море, хотя искусство ведения морских сражений у итальянцев оставалось выше, и в 1239 они разбили тринадцатью галерами эскадру греков, насчитывавшую тридцать боевых кораблей.

Последним успехом "франков" стал захват ими в 1240 Цурула. После этого территория Латинской империи только сокращалась. Иоанн с успехом применял тактику брать противника измором и уклонялся от решительных сражений. Отвоёванные крепости он отстраивал заново и оснащал сильными, прекрасно снабжёнными гарнизонами, а захваченных в плен переселял на свои земли. Мало-помалу влияние Никеи в Европе усиливалось. Напуганный успехами смелого государя, Папа Григорий IX отправил ему полное оскорблений письмо, угрожая крестовым походом. Иоанн ответил мудрым и очень язвительным посланием, недвусмысленно указывая западному духовенству на то, что, как всегда, они "благовидными предлогами прикрывают жажду власти и золота".

В 1242 власть Ватаца признала Фессалоника, и спустя четыре года василевс с большой пышностью посетил этот город.

В 1251 вероломный Эпирский деспот Михаил II Ангел напал на владения Иоанна, за что вскоре и поплатился: разгромленный, в следующем году он признал своё государство вассалом Никейской империи. После такого значительного успеха Иоанн мог смело считать себя крупнейшим монархом среди христианских государей Восточного Средиземноморья.

Умер Иоанн III Ватац 3.11.1254, оставив престол своему сыну Феодору.