Родился в 1221. Сын Иоанна III Ватаца и Ирины, дочери Феодора I Ласкариса. Феодор взял фамилию матери — Ласкарис. Никогда ещё со времён Константина VII Багрянородного трон не занимал человек более образованный. Феодор был человеком учёным, умел хорошо и красноречиво излагать свои мысли.

Однако его раздражительность и нервозность, усилившиеся под влиянием хронических болезней, делали императора для близкого окружения человеком невыносимым. По характеру император был горяч во всех отношениях и для своих сановников был властелином тяжёлым и строгим. Он не имел твёрдости своего отца, но отличался во всём быстротой и великодушием.

С годами он стал очень подозрителен, чему немало способствовала глубокая вера василевса в колдовство. Вскоре после восшествия на престол Византии он впал в тяжёлую болезнь, так что он часто во время приступа падал на пол. Ходили слухи, что император был якобы околдован чародеями. Поэтому ромейские чиновники Феодора многих людей, даже знатных, хватали и заключали в темницу, едва лишь появлялось подозрение, что они занимаются колдовством.

Подсудимого могло спасти только испытание огнём — он должен был взять рукой кусок раскалённого железа. Марфу, сестру будущего императора Михаила Палеолога, по такому обвинению подвергли ужасному мучению — посадили в мешок со злыми царапающимися голодными кошками. Преследованию за "чародейство" подвергались в основном люди знатные, так как Феодор, как и его отец, видел в усилении местной знати угрозу сильной императорской власти и всеми силами старался этого не допустить. Наиболее влиятельные при нём люди — великий стратопедарх Георгий Музалон, а также великий логофет и наместник во Фракии Георгий Акрополит — были не слишком высокого происхождения.

Феодор вёл не слишком успешные войны в Европе с болгарами и деспотом Эпира, Михаилом II Ангелом. Большинство завоеваний Ватаца его сын сохранил, но кое-что потерял, особенно в конце правления. Михаил Болгарский отнял у Никеи ряд городов в Северной Фракии, а деспот Эпира — почти все западные её владения до реки Вардар и захватил в плен в одной из крепостей Георгия Акрополита.

Василевс копил деньги, строго взыскивал налоги, а в целях экономии средств казны даже своих сокольничих зачислил в войско и уменьшил плату наёмникам.

Умер Феодор II 16.08.1258, оставив престол своему 8-летнему сыну Иоанну и назначив регентом Георгия Музалона.