Родился 25.12.1250. Сын императора Феодора II Ласкариса и Елены Болгарской. Умирая, Феодор II оставил 8-летнему сыну Иоанну в качестве опекунов Георгия Музалона и, по традиции, патриарха Арсения. Почувствовав, что сдержать магнатов, осмелевших после смерти властного Феодора, он не сможет, Музалон попытался отказаться от регентства. Михаил Палеолог намеренно убедил синклит не принимать отставки, расхвалив опекуна в льстивых речах.

После похорон и поминовения Феодора, на панихиде в Сосандрском монастыре, Георгий Музалон и два его брата были окружены наёмниками великого коноставла в церкви и там же по его приказу зарублены. Новый опекун, Михаил Палеолог, вскоре сам провозгласил себя императором и короновался, а торжественное венчание на царство Иоанна IV было отложено. Патриарх поставил условие, что по достижении совершеннолетия Иоанн Ласкарис станет автократором.

Однако этого не случилось. После взятия Константинополя Михаил VIII Палеолог короновался вторично, а 25.12.1261 по его приказу 11-летнего Иоанна Ласкариса ослепили, что делало невозможным его вступление на престол, и сослали в один из укреплённых замков Вифинии.

В 1272 Иоанн бежал к Карлу I Анжуйскому, но впоследствии вернулся. Преемник Михаила VIII, император Андроник II в середине 1280-х годов встретился с Иоанном. Последний подтвердил свой отказ от прав на трон и простил Андронику грех его отца. Умер Иоанн Ласкарис ок. 1305.