Родился 13.09.1087. Сын императора Византии Алексея I Комнина и Ирины Дукини.

После смерти отца Иоанн, несмотря на интриги старшей сестры Анны и своей матери, сумел занять дворец и короноваться. Анна Комнина, не сумев сразу отнять трон у брата, менее чем через год подготовила заговор, но её муж, кесарь Никифор Вриенний Младший, попросту не явился в нужный момент во дворец. Он остался при дворе, а Анну брат отправил в монастырь.

Иоанн унаследовал лучшие качества своего родителя. За красоту и величие духа император получил у византийцев прозвище Калоиоанна, т.е. "прекрасного Иоанна". Он не терпел сквернословия, вообще грубости и, где мог, старался обходиться без обычных тогда пыток и казней.

Большую часть своего правления Иоанн провёл в походах и войнах. В 1122 император выступил против печенегов, перешедших Дунай. Печенеги окружили свой лагерь телегами и тяжёлая кавалерия ромеев (катафракты) не могла ничего поделать. Толко после того, как варяжская пехота разбила повозки секирами, лагерь кочевников был захвачен, большая часть их погибла, а остатки, вместе с женщинами и детьми, попали в плен. Это был последний набег печенегов.

Тогда же василевс поссорился с венецианцами, чья алчность не знала границ, и выслал их купцов из пределов империи. В ответ флот республики совершил ряд нападений на о-ва Родос, Хиос и Самос. Конфликт длился четыре года и в 1126 Иоанн был вынужден восстановить торговые привилегии венецианцев.

Другие западные кампании Иоанна оказались успешнее. В 1124 ему удалось покорить сербов, а в 1128 отразить натиск венгерского короля Иштвана II. В 1130 королём Сицилии стал Рожер II, племянник Роберта Гвискара. Василевс сумел удержать этого яростного врага Византии с помощью дипломатии, опираясь на союзы с другими западными государствами.

Начиная с 1130 годов основные усилия Иоанн перенёс в Малую Азию. Он постепенно отодвигал границу с тюрками-сельджуками к востоку и югу. В 1133 император отобрал у турок важные в стратегическом отношении крепости Кастамон и Гангры, разбил ополчение иконийского султана (1135) и захватил ряд городов Киликийской Армении.

Князь Антиохии Раймунд и король Иерусалима Фульк униженно выпрашивали императорской помощи против мусульман. В 1137 в союзе с ними ромеи осаждали Алеппо. Двумя годами позже Иоанн, на этот раз без "франков", попытался овладеть Неокесарией, но вынужден был отступить из-за предательства своего брата Исаака.

Исаак ещё при жизни отца затевал мятеж, бежал из империи на Восток и долгое время жил в Иконии. Командуя частью армии, Исаак вторично бежал к сельджукам. Свою роль в поражении ромеев под Неокесарией сыграла и безрассудная отвага наследника престола Мануила, который затеял без ведома отца крупное сражение, обескровившее войска (за что и был выпорот разгневанным отцом).

Как и отец, Иоанн Комнин опирался на родственников и клиентов. Большое влияние при его дворе приобрели за счёт своих способностей окрещённый пленный мусульманин Иоанн Аксух, ставший великим доместиком, и логофет дрома Стефан Мелит, оба — люди незнатные. По инициативе последнего василевс произвёл реформу флота. Установившаяся практика комплектования экипажей кораблей по принципу фемного набора прекратилась, флот стал полностью наёмным.

Весной 1143, охотясь в Киликии на вепрей, Иоанн случайно ранил себя в кисть руки отравленной стрелой. Рука воспалилась и сильно распухла. Не доверяя врачам, василевс отказался от ампутации. 8.04.1143 он умер, назначив накануне смерти наследника.

От брака с Пирошкой (в крещении Ирина), дочерью венгерского короля Ласло I Святого было 4 сына и 4 дочери. Старшие сыновья, Алексей (1106-1142), женатый на Евпраскии, дочери новгородского князя Мстислава Владимировича, и Андроник (1108-1142), умерли во время одного из походов ещё при жизни отца. Поскольку следующий по старшинству Исаак (ок.1115-до 1174) не обладал нужными качествами, власть Иоанн передал младшему сыну Мануилу (1118-1180).