Родился 13.10.1676. Сын и наследник действующего правителя Михая I Апафи.

Ещё при жизни своего отца Михай II был назначен Портой и императором Священной Римской империи Леопольда I преемником своего отца, но однако встретил сильного противника, опиравшегося на турецкие силы и выступившего против австрийского влияния, в лице Имре Тёкёли. Последний с турецким войском совершил вероломное нападение на страну. 21.08.1690 Тёкёли одержал победу над войском австрийского генерала Гейсслера при Зернеште и 20.09.1690 в своем лагере при Гроссау короновался князем Трансильвании.

Однако Имре Тёкёли не долго наслаждался своим триумфом; вскоре войско самозванца был разбито и рассеяно Людовиком Баденским и Михай II Апафи был провозглашён законным князем Трансильвании.

Император Леопольд определил отношения Трансильванииии к Австрии Леопольдинскими дипломами 16.10.1691 и 4.12.1691, принял попечение о стране и велел управлять ею особой коллегии, состоявшей из двенадцати советнико во главев с графом Георгом Банфи из Лошонца. Советники Михая сумели достигнуть соглашения с императором, которые предоставили стране значительную административную, экономическую и культурную автономию, а также свободу вероисповедания.

Впоследствии Михай II Апафи попал в немилость императора вследствие тайного брака, заключенного в 1694 с графиней Екатериной Бетлен. После этого, в 1695 Апафи бежал в Трансильванию, где его сторонники намеревались искать помощи Турции. Но в следующем году, когда Михай II Апафи не пожелал отказаться от княжеского сана и жить за пределами Трансильвании, его под военной стражей отослали в Вену, где 19.04.1697 он отрёкся от престола, получил апанаж и жил как имперский князь.

В последующие годы, Михай II Апафи жил в австрийской столице, на назначенную ему императором Леопольдом пенсию, где скоропостижно скончался 1.02.1713, так и не оставив после себя наследников.