Из Бургундской династии.

Родился 15.08.1171. Старший сын короля Леона Фернандо II и Урраки, дочери Афонсу I Португальского. Он был двоюродным братом Альфонсо VIII Кастильского. Его называли Бабосо или Слобберер из-за приступов гнева.

Вступил на престол в 1188 после смерти своего отца. Став правителем Леона, принял активное участие в Реконкисте, отвоевав у арабов практически всю Эстремадуру.

Одним из наиболее важных событий его правления был созыв в 1188 кортесов Леона — одного из первых европейских парламентов. Пойти на этот шаг короля вынудили сложная экономическая ситуация в начале его царствования и необходимость увеличения налогов. Но поднять налоги на обездоленные классы было невозможно и тогда Альфонсо созвал ассамблею дворян, духовенства и представителей городов, которые взамен субсидий королю потребовали компенсаций и контроля за расходами короны.

Хотя король принимал активное участие в Реконкисте, его в основном помнят по проблемам с Римской Церковью, которые были вызваны его браками. В 1191 он женился на своей кузине Терезе Португальской, которая родила ему двух дочерей, и сына, умершего младенцем. Этот брак Папой Целестином III был объявлен незаконным, но Альфонсо не придавал этому значения и оставил Терезу только тогда, когда, по-видимому, устал от неё.

После того, как Альфонсо VIII Кастильский был разбит в битве при Аларкосе, Альфонсо IX при помощи мусульман вторгся в Кастилию. В 1197 для укрепления мира между Леоном и Кастилией Альфонсо женился на Беренгарии Кастильской, старшей дочери Альфонсо VIII. Но так как супруги находились в близком родстве (Беренгария была его двоюродной племянницей), на короля и королевство Целестином III был наложен интердикт. В дальнейшем Папа изменил своё решение, оставив только одного Альфонсо отлучённым от Церкви, что, впрочем, не сильно беспокоило короля, имевшего поддержку собственного духовенства.

Беренгария оставила его после рождения пяти детей, и тогда король возвратился к Терезе и её дочерям.

В конце царствования Альфонсо удалось заключить союз с другими государями Испании и в 1212 нанести мусульманам поражение битве при Лас-Навас-де-Толоса, окончательно сломившее их могущество.

В 1212 Альфонсо основал университет в Саламанке, старейший в Испании.

В конце жизни король отправился в Сантьяго-де-Компостела посетить мощи Св. Иакова, которого очень почитал. По дороге почувствовал себя плохо и остановился в Вильянуэва-де-Сарриа, где и умер 23.09.1230. Согласно своему завещанию, он был похоронен в соборе Сантьяго рядом с отцом.

Его самая старшая дочь, Санча (ок.1193-1270) от брака с Терезой Португальской, была обручена со своим кузеном Генрихом I Кастильским, но Генрих умер в 1217 прежде, чем брак мог состояться. Желая лишить наследства Фернандо, своего сына от второго брака, Альфонсо собирался женить Санчу на короле Иерусалима, Иоанне (Жане) де Бриенне, чтобы таким образом передать ему трон Леона. Однако королева Беренгария убедила Иоанна жениться на своей дочери Беренгарии (1201-1237). В результате Санча была устранена от наследования престола и стала монахиней. Ее сестра Дульсе (Альдонса) провела жизнь с своей матерью в Португалии.

В итоге королевство Леон унаследовал старший сын Беренгарии Кастильской, Фернандо (1200-1252), в 1217 занявший престол Кастилии и вновь объединивший под одной короной оба государства.