Из Бургундской династии.

Родился в 1137. Младший сын короля Кастилии и Леона Альфонсо VII и Беренгелы (ок.1116-1149), дочери графа Барселоны Рамона Беренгера III.

После смерти своего отца, он получил Леон и Галисию, а его брат Санчо — Кастилию и Толедо. Это привело к распре между ними. В 1158 два брата встретились в Сахагуне и миром решили вопросы наследия.

Однако Санчо умер в том же году, оставив наследником своего малолетнего сына Альфонсо VIII. Тогда Фернандо оккупировал часть территории Кастилии, которые удерживал до 1164, когда в ходе переговоров с семейством Лара, представлявшей интересы Альфонсо VIII, была достигнута договорённость о совместных действиях против Альморавидов, которым принадлежала большая часть юга Испании.

Для защиты паломников во время их путешествия к могиле апостола Иакова в соборе Компостела в 1170 Фернандо создал военно-религиозный Орден Сантьяго де Компостела.

В 1165 Фернандо женился на Урраке, дочери Афонсу I Португальского. Тем не менее борьба с Португалией после этого не прекратилась. В 1168 Афонсу, недовольный заселением Сьюдад-Родриго, напал на Галисию. Когда Афонсу осаждал мусульманскую цитадель Бадахос, Фернандо сперва изгнал португальцев из Галиисии, а затем направил свою армию к этому городу. Афонсу пытался бежать, однако при падении с коня сломал ногу и попал в плен. В следующем году в Понтеведра между ними был заключён мир, по которому Афонсу признавал утрату своих завоеваний в Галисии.

В 1175 Папа Александр III принял решение, что Фернандо и Уррака Португальская являются слишком близкими родственниками и заставил их развестись. В августе 1179 король женился на Терезе Нуньес де Лара, дочери графа Нуно де Лары.

В 1178 началась война с Кастилией. Фернандо захватил Кастрохерис и Дуэньяс. Военные действия закончились после заключения в 1180 в Тордесильяс мирного договора.

В ходе Реконкисты Фернандо захватил Альбуркерке и Алькантара. Эмир Альмохадов Абу Якуб Юсуф после ряда неудачных попыток в 1184 вновь вторгся в Португалию с армией, набранной в Северной Африке, и в мае осадил Афонсу в Сантарене. Фернандо пришёл на помощь своему бывшему тестю и вместе с архиепископом Сантьяго де Компостела 29.07.1184 разбил войско эмира (сам эмир погиб в битве) и освободил город от осады.

В 1185 Фернандо женился в третий раз (его вторая жена умерла в 1178 во время родов). Его новая жена Уррака Лопес де Аро с 1180 была его любовницей.

Фернандо II умер 21.01.1188 во время возвращения из паломничества в Сантьяго-де-Компостела и был похоронен в соборе Сантьяго.

Его преемником стал его старший сын Альфонсо (1171-1230) от брака с Урракой Португальской. Уррака Лопес де Аро попыталась объявить его незаконным, в пользу своего 2-летнего сына Санчо (1186-1220), но безуспешно.