Из династии Бранковичей.
Йован был сыном деспота Сербии Стефана Бранковича Слепого и Ангелины. В 1493 Йован Бранкович получил титул деспота Сербии и стал соправителем брата Джордже в Среме. В 1494 братья вместе воевали против герцога Ловры, а в декабре того же года захватили Митровицу. В начале 1496 Джордже отрёкся от трона в пользу брата и постригся в монахи под именем Максим.
Своей главной задачей Йован видел изгнание турок из Сербии. Он провёл несколько успешных операций на территории Боснии, в окрестностях Зворника и искал союза с Венецианской республикой для осуществления своей мечты, однако скоропостижная кончина 10.12.1502 помешала её осуществлению.
Сыновей у Йована не было. Вдова Йована, Елена Якшич, вышла замуж вторым браком за хорватского дворянина Иваниша Бериславича, который впоследствии получил титул деспота Сербии.
Йован, его брат Джордже и родители, Стефан и Ангелина, были погребены у алтаря церкви в монастыре Крушедол. Все они почитаются Сербской православной церковью как святые. В 1716 монастырь был сожжён турками, и от мощей святых уцелели лишь отдельные фрагменты.