Родился в 1248. Сын английского барона Джона де Баллиоля и Дерворгилы Голлуэйской, наследницы шотландского графства Голлуэй. От своей матери, праправнучки короля Давида I, Джон унаследовал права на корону Шотландии.

После смерти Александра III в 1286 на престол должна была вступить его внучка Маргарита (дочь норвежского короля Эрика II), которую называли "Дева Норвежская".

До её прибытия страной управлял родственник Александра III, Джон Баллиоль. В 1289 он созвал в Брайгаме королевский совет, который согласно с желанием английского короля Эдуарда I, постановил выдать Маргариту за его сына Эдуарда. При этом было условленно, что Шотландия останется самостоятельным королевством и сохранит неприкосновенными свои законы и обычаи. Король Англии не получит права требовать от неё военной помощи, а на решения судов Шотландии не будет допущена апелляция в суды Англии.

Но восьмилетняя Маргарита умерла от лихорадки на Оркнейских о-вах по пути из Норвегии в Шотландию и её смерть сделала трон Шотландии вакантным. В числе многих претендентов на шотландскую корону находились Джон Баллиоль, Роберт Брюс Старший и Джон Гастингс, которые происходили от трёх племянниц шотландского короля Уильяма Льва.

Борьба между ними дала Эдуарду I удобный повод проявить свои сюзеренные права на Шотландию. В 1292 в Скуне был созван шотландский парламент для решения спора между претендентами. Парламент постановил предоставить решение спора Эдуарду I. Хотя Роберт Брюс был ближе к прекратившейся династии, чем Баллиоль, однако английский король Эдуард I присудил корону более слабому Баллиолю. В качестве благодарности за поддержку король признал сюзеренитет Англии над Шотландией.

Баллиолю было уже за сорок, он был не слишком образован и не обладал сильной волей. Эдуард обращался с ним с жестоким презрением, используя его просто как феодальную марионетку для реализации своих планов в Шотландии. Наконец, устав от своего оскорбительного положения, Баллиоль не только отказал Эдуарду в помощи для войны с Францией, но заключил с последней тайный договор, готовясь к войне с Англией.

Несмотря на войну во Франции и Уэльсе, Эдуард прибыл в Шотландию с армией английских рыцарей и уэльских лучников. Стоит отметить, что уэльсцы составляли значительную часть армии Эдуарда несмотря на то, что совсем недавно они потерпели от него поражение. Однако поражение потерпела уэльская знать, а рядовые уэльсцы были рады сражаться ради денег и пропитания за кого угодно.

Английская армия подошла к Бервику в конце марта 1296. Жители Бервика были настолько уверены в себе, что позволяли себе глумиться над англичанами с укреплений. Однако опытные английские войска, охваченные яростью и подбадриваемые королём, быстро захватили город и провели весь оставшийся день, вырезая горожан – мужчин, женщин и детей – по прямому приказу Эдуарда.

Овладев Бервиком, Эдуард послал отряд во главе с Джоном де Варенном для захвата Данбара. Достигнув Данбара 29.04.1296, Джон де Варенн обнаружил замок готовым к осаде, при этом основные силы шотландцев, руководимые Джоном Коминым, были сосредоточены вне стен замка. В сражении под Данбаром Джон де Варенн полностью разбил храбрую, но неорганизованную шотландскую армию.

Результатом стала полная победа англичан и гибель множества шотландцев. Избежав смерти, Джон Комин, три других шотландских графа и более сотни из наиболее значимых последователей Комина попали в плен. После победы под Данбаром, Эдуард триумфально провёл свою армию по Шотландии.

10.07.1296 Баллиоль подписал отречение от престола Шотландии. Перед английскими и шотландскими придворными с одежд Баллиоля был сорван герб Шотландии, за что он получил прозвище "Пустой камзол". Пленённый Баллиоль был помещён в Тауэр, но в июле 1299 был отпущен под поручительство Папы Бонифация VIII во Францию, где и провёл остаток жизни. Он умер 25.11.1314. Его сын, Эдуард Баллиоль, был королём Шотландии в 1332-1336.

Высокомерие Эдуарда не знало границ. Он потребовал присяги от шотландских вельмож. В Перте он приказал, чтобы священный Камень из Скуна, на котором короновались многие поколения шотландских королей, был отправлен в Вестминстерское аббатство.

Роберт Брюс не принимал участия в войне и оставался лояльным Эдуарду, возможно надеясь стать заменой Джону Баллиолю. Однако Эдуард, проигнорировав права Роберта Брюса, назначил английского вице-короля.

Значительная часть населения южной Шотландии бежала в горы. Разорение страны английскими гарнизонами вызвало восстание, во главе которого стал Уильям Уоллес.

В 1297 в битве под Стёрлингом он разгромил англичан и был провозглашён шотландцами наместником Джона Баллиоля. Но из-за интриг дворянства, завидовавшего славе и могуществу Уоллеса, 22.07.1298 шотландцы потерпели поражение в битве при Фолкерке. После поражения под Глазго в 1305 Уоллес был предательски захвачен в плен и мучительно казнён.