Из династии Браганса.

Родился 13.05.1767. Сын королевы Португалии Марии I, и короля-консорта Педру III, приходившегося королеве дядей. Жуан был воспитан иезуитами.

С 9.06.1795 Жуан был женат на испанской инфанте Карлоте-Жоакине Бурбон (1775-1830), дочери Карла IV Испанского. Так как его мать страдала душевной болезнью, Жуан в 1792 стал регентом Португалии.

По отношению к революционной Франции Жуан занимая неизменно враждебную позицию, поскольку находился под сильным влиянием Великобритании, подчинив ей не только португальский флот, но и сухопутную армию. Многие руководящие посты в армии занимали англичане.

В 1801 испано-французские войска во время "апельсиновой войны" разгромили португальские войска. 6.06.1801 Жуан был вынужден подписать Бадахосский договор, по которому уступил Испании Оливенцу и обязался выплатить Франции 20 млн. франков контрибуции.

В 1807 Португалия отказалась примкнуть к континентальной блокаде Англии, кроме того, Жуан предоставил право английскому флоту использовать порт Лиссабона в качестве базы для операций в Средиземноморье.

После предъявления Наполеоном ультиматума в октябре 1807 Жуан согласился закрыть свои порты для английских торговых судов, объявить войну Великобритании, по отказался конфисковать и передать Франции всю английскую собственность.

Узнав о вступлении на территорию Португалии французских войск под командованием генерала Жюно, Жуан 27.11.1807 вместе с матерью, семьей и казной покинул Лиссабон и отбыл в Бразилию на кораблях английской эскадры, предоставив управление Португалией нелюбимому народом англичанину Бересфорду.

С 1808 центром португальской монархии был Рио-де-Жанейро. После смерти матери в 1816 Жуан вступил на престол, но остался жить в Бразилии. В 1820 в Португалии началась революция, и Жуан был приглашён в 1821 вернуться в качестве конституционного монарха. Он оставил Бразилию своему старшему сыну Педру (1798-1834), а сам 3.06.1821 вернулся в Лиссабон и признал конституцию, принятую кортесами в сентябре 1822.

Отменив её в 1823, ему, однако, не удалось удовлетворить абсолютистов, во главе которых стояли королева Карлота и его младший сын Мигель. 30.04.1824 Мигель произвёл государственный переворот и отстранил Жуана от власти. В мае Жуан бежал на английский корабль и объявил Мигеля мятежником. Замыслам Мигеля не удалось осуществиться, и он был изгнан, после чего снова была введена конституция.

13.05.1825 Жуан должен был признать независимость Бразилии под властью своего сына, ставшего императором Бразилии Педру I и отказаться от прав на бразильский престол.

Жуан VI умер 10.03.1826 и королём Португалии стал старший сын Педру IV, бывший одновременно императором Бразилии.

Старшая дочь Жуана, Мария-Тереса (1793-1874), с 1810 супруга Педро, внука Карла III Испанского, с 1838 во втором браке с вдовцом своей младшей сестры Марии-Франсишки (1800-1834) доном Карлосом Старшим, сыном Карла IV Испанского.

Вторая дочь, Мария-Исабел (1797-1818), с 1816 супруга своего дяди Фернандо VII Испанского.

Младший сын Мигел (1802-1866), в 1828 также стал королём Португалии.

Ещё одна дочь, Исабел-Мария (1801-1876), была регентшей Португалии.