Мехмед родился 26.05.1568. Старший сын султана Мурада III.

Вступил на престол в 1595 после смерти своего отца и сразу же казнил 19 своих братьев, опасаясь заговора с их стороны. Тот же страх стал причиной введения Мехмедом пагубного обычая не давать царевичам принимать участие в управлении государством при жизни отца (как это делалось до тех пор), а держать их взаперти в гареме, в павильоне "Кафес" (клетка).

В начале правления Мехмеда в Константинополе был задержан, а затем и бесследно пропал, русский посол Данило Исленьев.

Успехи австрийцев на Дунае вызвали в Константинополе восстание народа и янычар.

По настоянию великого визиря и шейх уль-ислама Мехмед в 1596 двинулся с войском в Венгрию и 24-26.10.1596 в Керестецкой битве (близ Эгера) одержал победу над эрцгерцогом Максимилианом III Австрийским, на стороне которого сражались испанцы и поляки, а также восставшие против турок трансильванцы под предводительством Жигмонда Батори. Однако Мехмед не сумел воспользоваться победой и вернулся в Константинополь к своей изнеженной жизни.

В азиатских областях, захваченных у персов, происходили восстания, туда же вторгались и персы. Внутреннее управление было расстроено, также как и управление войсками. С правления Мехмеда начинается упадок Османской империи.

Развратный и кровожадный Мехмед, особенно жестоко преследовавший христиан, тем не менее любил литературу и поэзию, которыми занимался и сам.

Мехмед III умер 22.12.1603. Его преемником стал его сын Ахмед.