Мурад родился 4.07.1546. Старший сын султана Селима II и Нурбану.

Унаследовав трон от своего отца Селима II, при вступлении на престол приказал умертвить 5 своих младших братьев, что было обычной практикой турецких султанов.

Мурад мало занимался государственными делами, предпочитая гаремные наслаждения. При нём большую роль в политике стали играть женщины из султанского гарема, в частности Нурбану, мать Мурада, и его жена Сафие. Возглавляемые ими придворные группировки плели интриги друг против друга, а также против многих высших сановников, часто добиваясь их смещения и казни.

При Мураде значительно увеличилась коррупция, стали нормой взяточничество и кумовство.

В 1578 началась очередная война с Ираном. По легенде, Мурад спросил приближенных, какая война из всех, имевших место в правление Сулеймана I, была самой тяжёлой. Узнав, что это была иранская кампания, Мурад задумал превзойти знаменитого деда и действительно осуществил своё желание.

Имея значительное численное и техническое превосходство над противником, османская армия добилась ряда успехов. В 1579 были оккупированы Грузия и Армения, в 1580 — южное и западное побережье Каспийского моря. В 1585 были разбиты основные силы иранской армии и занята территория современного Азербайджана.

Согласно Константинопольскому мирному договору с Ираном, заключённому в 1590, к Османской империи перешли большая часть Азербайджана, в т.ч. бывшая иранская столица Тебриз, всё Закавказье, Курдистан, Луристан и Хузестан. Несмотря на столь значительные территориальные приращения, война привела к ослаблению османской армии, понесшей большие потери, и подрыву финансов.

Мурад III умер 15.01.1595 и после его смерти престол перешёл к его сыну Мехмеду III.