Родился в 1572. Сын Криштофа Батори и Эржебеты (Елизаветы), дочери Дьёрдя Бочкаи, племянник короля Польши и великого князя литовского Иштвана (Стефана) Батори.

Отец Жигмонда покровительствовал иезуитам и поручил им воспитание своего сына, который уже при жизни отца был назначен преемником княжеского трона. Когда Криштоф Батори умер 27.05.1581 (Эржебет умерла в феврале того же года), князем Трансильвании стал Жигмонд. Но так как он был ещё слишком молод, при нём был назначен регент.

В 1588 Жигмонд достиг совершеннолетия, и почти сразу же выказал желание вступить в союз с христианскими правителями против турок. Такая резкая смена курса вызвала недовольство, и сейм в Турде даже затребовал, чтобы Жигмонд повторно присягнул на княжеский трон. Батори отказался, и не смотря на угрозы и столкновения, подавил начавшееся было восстание, казнив всех, кто попал к нему в руки.

В 1594 Жигмонд заключил союз против Османской империи с Михаем Храбрым, господарем и правителем Валахии, и Ароном Тираном, господарем и правителем Молдавского княжества. На тот момент и Трансильвания, и Валахия, и Молдавия являлись вассалами Османской империи, но собирались выступить на стороне Габсбургов.

В 1595 Жигмонд пригласил Михая и Арона в Алба-Юлию для заключения договора, согласно которому Валахия и Молдавское княжество станут вассалами Трансильвании в обмен на военную помощь. Арон отказался ехать, но Жигмонд подговорил одного из молдавских военачальников, гетмана Стефана Развана, устроить переворот. В результате восстания Арон был пойман и арестован в мае 1595 (позже отправлен в крепость Винц и отравлен в 1597). Посольство же Михая, превысив свои полномочия, подписали данное соглашение 20.05.1595. Послы нового князя Молдавии Стефана VIII (Развана) подписали соглашение 3.06.1595.

Немаловажную роль в этой компании сыграли секеи. Пообещав им пересмотреть их права (на тот момент секеи составляли венгерское национальное меньшинство), Жигмонд добился того, что около 23 тысяч секейских воинов вступила в трансильванскую армию, чтобы оказать Михею поддержку в его борьбе с Османской империей. Однако уже через год Жигмонд отказался от своих обещаний и жестоко подавил возникшее было восстание (считается, что именно поэтому в октябре 1598 секеи выступили против Трансильвании на стороне Михея Храброго).

В 1595, в знак союзных отношений между Трансильванией и империей Габсбургов, император Священной Римской империи Рудольф II, бывший одновременно королём Венгрии, и Жигмонд Батори подписали договор, по которому доминия Мукачевского замка (Паланок), весь Березовский, Угочанский и Мараморожский комитаты были переданы под власть Трансильвании. Чтобы закрепить этот альянс в 1595 Жигмонд Батори женился на Марии-Кристине (1574-1621), дочери эрцгерцога Австрии Карла II и Марии-Анны Баварской. Однако спустя всего четыре года, Жигмонд публично потребовал расторжения брака, когда его отношения с Габсбургами испортились окончательно.

Жигмонд Батори, оказавшийся зажатым между турками и Габсбургами, стремящимися подчинить себе Трансильванию, 23.12.1597 заключил с Рудольфом II договор, согласно которому Жигмонд должен был отречься от княжества Трансильванского в пользу Рудольфа, а в обмен (в качестве компенсации) получить Опольское княжество (герцогство) в Силезии (причем, как герцог Ополе Жигмонд становится принцем Священной Римской империи) и 50 тысяч талеров ежегодной пенсии.

10.04.1598 Жигмонд передал власть представителям императора. Однако Рудольф не спешил ни с компенсацией, ни с решением турецкой угрозы. В результате чего, 20.08.1598 Жигмонд тайно возвратился в Трансильванию, выгнал представителей Габсбургов, и успешно выдержал ряд турецких осад.

29.03.1599 Жигмонд передал власть своему двоюродному брату Андрашу (сыну Андраша VII), венгерскому кардиналу, князю-епископу Вармии и гранд-мастеру ордена Дракона. Становление Андраша князем Трансильвании было одобрено и принято как Речью Посполитой, так и Османской империей, но это вызвало недовольство в стане антитурцкой коалиции.

Михай Храбрый, освободивший от турок родную Валахию, стремился в дальнейшем объединить под своей властью Молдавию и Трансильванию. Турецкое правительство пошло на заключение мира с Михаем Храбрым, признав его валашским господарем. Но несмотря на заключенный с Османской империей мир, Михай продолжил борьбу за освобождение от турецкий зависимости. В интересах этой борьбы он даже был вынужден согласиться на сюзеренитет императора Рудольфа II, в результате чего Габсбургами и Михаем Храбрым было предпринято совместное нападение на Трансильванию.

Их объединённые войска под командованием генерала Джорджио Баста одержали сокрушительную победу над армией Андраша 28.10.1599. Сам Андраш был убит 3.11.1599, во время отсутпления в районе Сандомика, на секейской земле (в районе жудеца Харгита). Таким образом, князем Трансильвании стал Михей Храбрый, который смог с 1600 на короткое время именоваться "господарем Валахии, Трансильвании и всей Молдавской земли".

В 1600 Жигмонд Батори во главе армии из поляков и казаков попытался вернуть себе трон, но был разгромлен под Сучавой. Трансильванские феодалы, опасавшияся, что объединение под главенством Валахии приведёт к усилению власти валашского боярства и к уменьшению их собственного влияния, устроила переворот и изгнала представителей Михая Храброго. 4.02.1601 они вновь избрали князем Жигмонда Батори, который к этому времени собирал новое войско под Коложваром.

Получивший от Рудольфа II свежих наёмников и корпус генерала Джорджио Баста, Михай нанёс очередное поражение войску Жигмонда 3.08.1601. Однако насладиться победой Михай Храбрый не успел. Возможно, с одобрения императора, Джорджио Баста организует против Михая заговор, в результате которого тот был убит недалеко от Турды 19.08.1601 и 11 сентября того же года Жигмонд смог вернуться в Трансильванию.

26.07.1602 Жигмонд Батори навсегда покинул Трансильванию, передав власть Басте, как представителю Габсбургов, и умер в Праге 27.03.1613.