Родился в 1530. Сын Иштвана IV Батори, графа Темешвара, трансильванского воеводы из влиятельного рода Батори, носившего почётное звание палатина Венгрии.

В 1571 князем Трансильвании был избран младший брат Криштофа — Иштван (Стефан) Батори. Но после того, как Иштван в 1575 взял в жены Анну Ягелонку и стал королём Польши, а спустя год члены элекционного сейма Великого княжества Литовского провозгласили Иштвана Батори великим князем Литовским, трансильванским князем становится Криштоф. Ещё будучи воеводой Трансильвании, во время отсутствия Иштвана, Криштоф фактически был правителем Трансильвании.

Именно при Криштофе начался период экономического процветания и развития живописи и архитектуры. В основном приглашенные мастера занимались фортификационными работами. Именно поэтому замки и крепости того периода стали своеобразными и весьма впечатляющими архитектурными памятниками эпохи и стилистики Ренессанса. Так в 1577 благодаря Криштофу был значительно укреплён Хустский замок.

Известно, что Криштов покровительствовал иезуитам и поручил им воспитание своего сына Жигмонда, который уже при жизни отца был назначен преемником на княжеском троне.

Криштоф умер 27.05.1581. Он был женат на Эржебет (Елизавете) (ум. 15.02.1581), дочери Дьёрдя Бочкаи. У Криштофа и Елизаветы было четверо детей, но пережили отца только двое:

сын Жигмонд (1572-1613), ставший князем Трансильвании после смерти отца и дочь Гризельда (ум. в 1590), 12.06.1583 стала женой Яна Замойского, генерального старосты Кракова и великого коронного канцлера Польши.