Родилась 10.10.1830. Дочь короля Испании Фернандо VII и его четвёртой жены Марии-Кристины де Бурбон.

Вступила на престов в 3-летнем возрасте под регентством матери в соответствии с Прагматической санкцией, опубликованной отцом в 1830.

Это вызвало в октябре 1833 восстание её дяди, дона Карлоса Старшего, младшего сына Карла IV, не признавшего Прагматическую санкцию и объявившего себя королём Карлом V.

На стороне дона Карлоса стояли преимущественно низшие классы населения, руководимые фанатическим духовенством, горцы северных провинций (баски), которые надеялись при его помощи отстоять свою независимость и фуэросы, тогда как Марию-Кристину и её дочь Изабеллу поддерживали либералы, население Мадрида, городское и военное сословия.

Эта борьба привлекала внимание всех европейских правительств, причём Россия, Австрия, Пруссия и итальянские дворы склонялись на сторону дона Карлоса, а Англия и Франция — Марии-Кристины.

Во главе инсургентов стал народный герой генерал Томас де Сумалакареги, обладавший организаторскими способностями и сумевший создать из нестройных отрядов дисциплинированную армию, численность которой беспрестанно увеличивалась. Правительственные генералы большей частью терпели поражения.

Дон Карлос, изгнанный из Испании ещё при жизни брата и нашедший приют в Португалии стал во главе восставших. Он обещал отдельным провинциям различные льготы и автономию. Благодаря этому движение карлистов быстро распространялось и в Арагоне и Каталонии.

Почти вся Испания до р.Эбро находилась в руках дона Карлоса. В 1836 карлистский генерал Гомес доходил даже до Кордовы. Успехам дона Карлоса много способствовали раздоры среди сторонников Марии-Кристины по поводу издания новой конституции.

В 1837 во главе правительственных войск стали Эспартеро и Нарваэс. Дона Карлоса, двигавшегося к Мадриду, Эспартеро заставил отступить, а затем нанёс ему ряд поражений, оттеснил в Пиренеи и усмирил большую часть северных провинций. В 1840 карлисты были побеждены. Большая часть их сложила оружие и сдались, остальные вместе с доном Карлосом удалились во Францию.

В 1840 пронунсиаменто принудило Марию-Кристину отречься от власти и новым опекуном Изабеллы стал генерал Бальдомеро Эспартеро (1793-1879). Новое пронунсиаменто в 1843 свергло и его, после чего кортесы признали 13-летнюю Изабеллу совершеннолетней и она стала править самостоятельно.

В 1846 она вышла замуж за своего кузена Франсиско д'Ассизи, сына Франсиско Испанского и Луизы де Бурбон Сицилийской, соединив таким образом итальянскую и испанскую ветви Бурбонов.

Власть при Изабелле переходила из рук в руки и не только по политическим соображениям, но и под влиянием различных интриг, связанных с её любовными отношениями. Правительство было крайне неустойчивым; за 15 лет переменилось 47 первых министров, произошёл ряд бунтов, часто отменялись конституционные гарантии, тюрьмы наполнялись политическими заключёнными.

Революция 1868 заставила Изабеллу бежать из страны. Во главе временного правительства стал маршал Серрано. Иезуитский орден был упразднён, ограничено число монастырей, объявлена полная свобода печати и образования. 11.02.1869 собрались кортесы для выработки конституции.

25.06.1870 королева Изабелла II, находясь в эмиграции, отреклась от престола в пользу своего сына Альфонсо (1857-1885). Однако в конце 1870 после продолжительного междуцарствия испанские кортесы избрали королём Амадея, второго сына Виктора-Эммануила II короля Сардинии и только после его отречения в начале 1873 Альфонсо XII занял королевский престол. В правление сына и внука Изабелла продолжала жить в Париже, где и умерла 19.04.1904.