Стефан родился в 1242. Считается, что он был сыном бана Приезды I. В 1284 Стефан женился на Елизавете, дочери Стефана Драгутина, получившего тогда Усоре и Соли в восточной Боснии, отторгнутые от Боснийского баната в 1254 решением венгерского короля Белы IV.

В 1287 Приезда I оставил трон, и Боснийский банат был разделён между Приездой II и Стефаном Котроманичем, которому досталась восточная часть. В 1290 Приезда II скончался, и Стефан Котроманич стал править всей Боснией.

В том же 1290 был убит венгерский король Ласло IV Куман, и началась борьба за венгерский престол. Сначала трон занял Андраш III из династии Арпадов, но сестра убитого Ласло, Мария Неаполитанская, предъявила свои права на престол, а затем передала их сыну Карлу Мартеллу Анжуйскому. Эти претензии были поддержаны Папой Николаем IV.

На территории Венгерского королевства на сторону Анжуйской династии встал Павел I Шубич, объявивший себя в 1293 баном Хорватии. Так как Павел Шубич был женат на дочери Стефана Драгутина Урсуле, то семейные связи заставили Стефана Котроманича поддержать коронацию Карла Мартелла. Чтобы увеличить своё влияние, Карл Мартелл издал большое число указов, раздающих земли Котроманича мелким дворянам.

В 1295 Карл Мартелл неожиданно умер, и Мария передала претензии на венгерский трон его сыну и своему внуку Карлу I Роберту. Папа Бонифаций VIII в 1297 объявил 12-летнего мальчика королём Венгрии. Павел Шубич объявил себя "повелителем Боснии" ("Dominus Bosne"), а в 1299 передал титул бана Боснии своему младшему брату Младену. В начале 1300 Павел Шубич пригласил Карла-Роберта в Венгрию, признав его своим королём, а Карл-Роберт подтвердил права Шубичей на владения в Боснии.

Вскоре война в Боснии превратилась в религиозную, так как Младен принялся за искоренение учения богомилов. Сторонники богомилов стали собираться под знамёна Стефана Котроманича, и в 1305 в Боснию был вынужден вторгнуться сам Павел Шубич, объявивший себя "господином всей Боснии" ("totius Bosniae dominus").

1.05.1312 Павел Шубич умер, но Стефан Котроманич не успел восстановить свою власть в Боснии, так как сам умер в 1314.