Родился ок. 1002. Никифóр Вотаниат причислял себя к потомкам рода Фок. В начале 1077 император Михаил VII сделал его главнокомандующим восточных войск, а в октябре Вотаниат открыто объявил о начале восстания и приказал собирать рассеянные по Азии войска. Из Фригии он двинулся в Вифинию, но имел очень мало сил и поэтому не побрезговал получить поддержку сельджуков. Только после того, как его открыто поддержала Никея, мятеж стал разрастаться и вскоре охватил всю Азию.

25.03.1078 группа синклитиков и духовенства, собравшихся в соборе Св. Софии, провозгласила Никифóра Вотаниата императором. 31 марта солдаты узурпатора вошли в город и захватили дворец. Михаила насильно постригли в монахи и отправили в Студийский монастырь, где он некоторое время спустя был рукоположен митрополитом Эфесским. Его бывшая жена, грузинская царевна Мария, вскоре сочеталась браком с Никифóром, хотя её первый муж был жив. За это Папа Григорий VII предал василевса анафеме.

Новый василевс казнил ненавистного многим евнуха Никифóра, но следом возвысил двух не менее жадных фаворитов — "скифов" Борила и Германа, бывших своих рабов.

Император всячески старался привлечь к себе благорасположение граждан и щедро раздавал подарки. Конечно всё это привело к тому, что расходы стали далеко превышать доходы, и появился недостаток в деньгах.

Всё короткое правление Никифóра прошло в постоянных мятежах и войнах. Сначала на Западе восстали Никифóр Вриенний и стратиг Диррахия Никифóр Василиаки. Вотаниан пытался усмирить Вриенния, дав ему титул кесаря и предлагал усыновить его, а для сторонников Никифóра Вриенния обещал амнистию. Но эти увещевания не подействовали на мятежника, и василевс поручил покончить с ним Алексею Комнину, которому в награду за поддержку, даровал титул "нобилиссима" и должность доместика схол Запада.

У Комнина было малочисленное и неопытное войско, хотя в его состав входили западные наёмники и т.н. "бессмертные" (греческая гвардия, созданная по образцу персидской царской стражи). Вриенния же поддерживали как войска подконтрольных фем, так и печенеги. Начало битвы у фракийского города Каловария (1078) сложилось для Комнина неудачно; "бессмертные" были разбиты, однако союзники Вриенния — печенеги — неожиданно начали грабить лагерь бунтовщика. Воспользовавшись этим, Алексей захватил коня Никифóра, и объявил о его смерти. Этим он смог воодушевить оставшиеся отряды, и присоединив к ним прибывших от Вотаниата сельджуков, с помощью ложного отступления одержал над Вриеннием победу. Сам "император" был пленён и доставлен в Константинополь, где был ослеплён по приказу Вотаниата.

Наместник Диррахия (Дуррес в Албании) Никифóр Василаки был союзником Вриенния, и после его поражения наследовал захваченные им земли (Эпир и Фессалию). Заручившись поддержкой иллирийских и болгарских войск, он захватил Фессалоники и провозгласил себя императором. Вотаниат вновь призвал к себе Алексея Комнина, и попросил пленить смутьяна.

Имперские войска заняли удобную позицию у реки Вардар. Ночью Алексей тихо вывел своих солдат из лагеря, оставив палатки и горящие костры. Василаки решил, что противник отдыхает, и напал. Его воины начали мародёрствовать и Алексей Комнин внезапной атакой разбил мятежников. Василаки бежал в Фессалоники, однако имперские войска окружили город, и угрожали начать его штурм. Горожане в обмен на гарантии безопасности от Комнина согласились открыть ворота и выдать Никифóра. Пленённый бунтовщик был отдан посланцам Вотаниата, которые ослепили политического противника своего повелителя. За одержанную победу Вотаниат дал своему военачальнику титул севаста.

Летом 1079 Константин Дука, брат и соправитель Михаила VII, возмутил стоявшие на восточном берегу Босфора отряды "бессмертных", но те, подкупленные Вотаниатом, выдали Дуку императору, который постриг его в монахи и отправил в ссылку.

В 1080 в Азии поднял мятеж Никифóр Мелиссин — близкий родственник Комнинов. Император попросил Алексея унять бунтовщика, но он не хотел бороться против собственной родни. Мелиссин заручился поддержкой сельджуков, и овладев оставшимися землями Византии в Малой Азии, подступил к столице с азиатского берега.

Престарелый император совсем не участвовал в походах против самозванцев, и предоставил все дела молодому полководцу Алексею Комнину, который вёл успешную борьбу против врагов и Вотаниату до поры до времени удавалось удерживать власть. Но фавориты государя — "скифы" Борил и Герман — ненавидели Комниных и постоянно строили против них заговоры и интриги. Они решили арестовать Алексея Комнина и его брата Исаака, и Алексей упросил императрицу Марию провести церемонию по его духовному усыновлению.

Зимой 1081 мусульмане овладели городом Кизик (на южном берегу Мраморного моря), и Вотаниат повелел Алексею собрать войска. Однако Комнины узнали, что "скифы" решили ослепить их и Комнины ранним утром 14.02.1081 ускакали из Влахернского дворца, направившись к фракийскому городу Цурлу, служившему сборным пунктом для отрядов из европейских фем. Там их встретили собственные сторонники — полководец Георгий Палеолог и кесарь Иоанн Дука с отрядом сельджуков. Здесь и состоялся выбор нового императора; войско поддержало Алексея, и Исаак собственноручно надел ему на ноги пурпурные сандалии, тем самым провозгласив брата новым императором.

В конце марта 1081 войска Алексея Комнина подошли к Константинополю. Столицу охраняли варяги, сохранившие верность Вотаниату, а также европейские наёмники и горожане. Однако Георгий Палеолог подкупил немцев, охранявших одну из крепостных башен Влахернской стены, и те во время штурма города неожиданно стали пускать стрелы в спину солдатам Вотаниата, сторожившим Харисийские ворота. Головной отряд Палеолога ворвался в город, вслед за ним в Константинополь вошло всё мятежное войско, принявшееся насиловать и грабить жителей.

Отец Георгия, Никифóр Палеолог, бывший в отличие от сына сторонником Вотаниата, предложил императору напасть на брошенного разложившейся армией узурпатора и убить его, но василевс решил снестись с Никифóром Мелиссином и побить одного мятежника с помощью другого. Однако флот, который попытались отправить к Мелиссину, не подчинился.

Борил вывел на площадь отряды наёмников, единственную боеспособную силу в городе, и предложил Вотаниату разделаться с Комнинами, утратившими контроль над своим воинством. Но Никифóр Вотаниат по совету патриарха Косьмы начал переговоры с Алексеем Комниным. Василевс предложил усыновить Алексея и передать ему власть, удовлетворившись лишь титулом и правом на ношение императорских одежд. Алексей Комнин был склонен принять предложение, однако кесарь Иоанн Дука прогнал послов Вотаниата.

Совершенно павший духом Никифóр Вотаниат постригся в монахи. Он умер 10.12.1081.