Флавий Клавдий Иовиан родился в 330 (или 331) году в Сингидунуме (совр. Белград) в семье комита доместиков Варрониана (одного из двух начальников императорской гвардии).

В судьбе будущего императора важную роль сыграли заслуги его отца. Сам Иовиан заметных успехов не добился, какими-либо выдающимися достоинствами наделён не был и был известен в армии именно благодаря Варрониану. Он сделал себе карьеру в императорской гвардии, будучи протектором-доместиком при Констанции II и Юлиане II.

Иовиан сопровождал императора Юлиана II в его персидском походе против Шапура II в качестве примицерия доместиков — начальника императорской гвардии.

27.06.363 высшие чины армии собрались, чтобы выбрать преемника погибшего Юлиана, так как тот не оставил официального наследника. Первоначально титул предложили префекту претория Секунду Саллюстию, язычнику по вероисповеданию и соратнику Юлиана, бывшему при нём фактически вторым человеком в государстве. Однако тот отказался, ссылаясь на свой возраст. Так как армия находилась в критической ситуации — в пустыне, отступая перед наседавшими персами, то надо было быстро принимать какое-то решение. В результате Иовиан был избран императором как компромиссная фигура, устраивавшая соперничающих между собой военачальников империи.

Получив власть, Иовиан продолжил отступление армии, тем более что Шапур II узнал от перебежчика о смерти Юлиана и стал ещё сильнее наседать на римлян. Теснимое со всех сторон персами римское войско отступило сначала к Сумере, а затем в Харху, где было окружено противником. Измождённые скудным питанием солдаты стали требовать немедленной переправы через Тигр, несмотря на то, что в это время река сильно разлилась, а противоположный берег был занят неприятелем. Дабы успокоить солдат, император приказал галльским и германским солдатам, числом около пятисот, форсировать реку. Эта авантюра оказалась успешной и римский отряд занял противоположный берег. Тем не менее, быстро соорудить переправу и перевести основную часть войска не удалось.

В сложившихся условиях царь Шапур предложил мир на тяжёлых для римлян условиях. В обмен на проход римского войска и заключение мира на 30 лет персидский царь должен был получить в Месопотамии пять провинций за Тигром с пятнадцатью крепостями, а кроме того города Нисибис, Кастра Маврорум и Сингара. Император также должен был отказаться от союза с армянским царём Аршаком II.

Иовиан был сильно озабочен слухами, что, перед тем как направиться в поход, Юлиан оставил своему родственнику Прокопию пурпурный императорский плащ и завещал захватить власть в случае его, Юлиана, смерти. Опасаясь за своё положение, Иовиан принял все условия Шапура, оговорив лишь, что перед сдачей Низибиса и Сингары жители должны покинуть города. Во время отступления многие воины погибли от голода, утонули в реке при переправе или, отстав, были захвачены персами.

По прибытии на римскую территорию, Иовиан назначил своего тестя Луциллиана магистром конницы и пехоты и повелел ему отправиться в Медиолан, дабы предупредить возможные попытки государственного переворота. Иовиан разослал гонцов в отдалённые части империи, чтобы те выяснили настроения наместников и, по возможности, предотвратили бы выступления недовольных. Этим гонцам было приказано сообщать в провинциях, что персидский поход окончился благополучно. Эти пропагандистские меры дополнялись соответствующими надписями — как на милевых столбах, так и на монетах, на которых выбивались выражения "RESTITVTOR REIPVBLICAE" — "Восстановитель Республики", "VICTORIA AVGVSTI" — "Победа Августа", "VICTORIA ROMANORVM" — "Победа Римлян" и тому подобные.

Когда отступающая армия подошла к Нисибису, император не стал входить в город, а приказал разбить лагерь за его стенами, так как ему было стыдно сдавать неприступный город неприятелю во время собственного пребывания там. Жители Нисибиса просили императора дать им возможность самим, без помощи армии, оборонять свой город, но император отказал им и приказал покинуть его в течение трёх дней.

Иовиан всячески старался устранить возможных соперников — так, был убит его тёзка, примицерий нотариев Иовиан, в пользу которого раздалось несколько голосов при выборах. Для упрочнения своего положения Иовиан предоставил известному полководцу Малариху командование войсками в Галлии, однако тот отказался от предоставленной чести.

Родственник Юлиана Прокопий был отослан с частью армии вперёд, к Тарсу с приказом похоронить императора возле этого города (как распорядился сам Юлиан). После похорон Прокопий исчез, и объявился лишь после смерти Иовиана, попытавшись захватить власть.

Некоторое время Иовиан провёл в Антиохии-на-Оронте, где решал религиозные вопросы. Жители города, по некоторым сообщениям, довольно неприветливо встретили нового императора — очевидно, из-за того, что Антиохия была всегда под угрозой нашествия персов, и потеря ключа к Востоку — Нисибиса — жителями воспринималась очень тревожно. Впрочем, у антиохийцев редко складывались хорошие отношения с императорами: они конфликтовали до того и с Юлианом II, и с его братом цезарем Констанцием Галлом.

Иовиан недолго задержался в Сирии и поспешил на Запад, стремясь скорее оказаться в Константинополе. Миновав Тарс, в котором он демонстративно позаботился об украшении могилы Юлиана, император прибыл в каппадокийский город Тиану, где к нему прибыли некоторые из посланных им ранее на Запад гонцов. В частности, ему сообщили, что его тесть Луциллиан, после Медиолана поехавший в Германию, погиб в результате бунта в Ремах (совр. Реймс), который вызвал своими несвоевременными действиями. Об этом августу сообщил Валентиниан, будущий император, сумевший спастись во время бунта. Помимо этих неприятных известий Иовиану также сообщили, что легионы в Галлии признали его.

Иовиан двинулся дальше и, прибыв в Анкиру, вступил в консульство вместе со своим малолетним сыном Варронианом, по поводу чего перед ним и всем двором была произнесена большая речь известным ритором Фемистием, в которой тот всячески превозносил нового августа.

Деятельность Иовиана в религиозных вопросах была довольно осторожной. Несмотря на свои явные симпатии к христианству, он не стал сразу же после прихода к власти предпринимать какие-то резкие действия в пользу этой религии. Этим император фактически продолжил политику Юлиана, который ещё ранее приказал вернуть из ссылок никейцев, чтобы противопоставить их арианам, занявшим доминирующие положение при Констанции II. В Антиохии-на-Оронте августа осаждали стекавшиеся отовсюду представители различных христианских сект, надеявшиеся привлечь императора к своему толкованию христианской веры.

Наибольшую активность проявлял Афанасий Александрийский — последовательный сторонник решений Никейского собора, тотчас после получения известий о смерти Юлиана вновь ставший епископом Александрии. Афанасий написал довольно объёмное послание Иовиану, в котором разъяснял основы никейской веры. Император, однако, проявил осторожность, не давая никому явного преимущества, но признав Никейский Символ веры.

В связи с восстановлением господствующего положения христианства лабарум, убранный Юлианом, вновь появился на военных штандартах, о чём свидетельствуют монеты (на которых, однако, император изображён не только с христианским лабарумом, но и с языческой богиней Викторией).

17.02.364, когда Иовиан находился в Дадастане (пограничный город между Вифинией и Галатией), его нашли ночью мертвым. Следствия по поводу его смерти не проводилось. По поводу его кончины возникло много сомнительных предположений. Рассказывали, что его убил ядовитый запах, оставшийся после побелки комнаты, в которой он ночевал, что он погиб от угара, возникшего от слишком сильно дымившей жаровни, и, наконец, что вследствие чрезмерного обилия пищи он получил смертельное несварение желудка. Иовиан был похоронен в Константинополе в Церкви Апостолов.