Родился 2.02.1487. Сын и преемник прославленного седмиградского воеводы Стефана Запольяи.

В 1514 Янош жестоко подавил крестьянское восстание под руководством Дьёрдя Дожи (настоящее имя — Юрай Секельи). Сам руководитель восстания раненый попал в плен и был подвергнут страшной казни. Палачи рвали тело Дьёрдя раскалёнными клещами, потом посадили на раскалённый железный трон, надев ему на голову раскалённую железную корону, после чего его четвертовали.

После поражения венгерского войска в битве с турками при Мохаче (29.08.1526), в которой погиб король Венгрии Лайош II, Янош Запольяи сумел собрать остатки разбитой армии и отразить неприятеля.

В 1526 частью венгерской знати Янош Запольяи был избран королём Венгрии в противовес Фердинанду I Австрийскому, объявленному королём в Пресбурге.

Потерпев ряд поражений в войне с последним, Янош бежал в Польшу и просил помощи у турецкого султана Сулеймана II Великолепного, признав себя его вассалом и согласившись платить дань Порте. Захватив в 1529 Буду, турки провозгласили Яноша Запольяи королём Венгрии. В 1531 Янош отразил нападение австрийцев на Оффен.

После бесславных походов и осад Вены в 1529 и 1532-1533 турки в июле 1533 заключили в Стамбуле с Фердинандом мирный договор, по которому Западная и Северо-Западная Венгрия отошли к Австрии. Фердинанд обязался платить ежегодную дань султану и обещал не нападать на Восточную Венгрию, где власть находилась в руках султанского вассала Яноша Запольяи. Этот договор практически означал раздел Венгрии.

В 1538 Фердинанд заключил с Яношем мир, по которому за последним сохранялась власть над Восточной Венгрией до его смерти, после чего корона должна была перейти к Фердинанду.

Янош Запольяи не был женат и Фердинанд хотел выдать за него одну из своих многочисленных принцесс, чтобы прибрать к рукам всю Венгрию. Но его опередил польский король Зигмунт (Сигизмунд) I Старый, который отдал Яношу Запольяи свою дочь Изабеллу (1519-1559) в надежде ублажить этим султана и заключить с ним вечный мир.

Поставленный Сулейманом над Венгрией король Янош Запольяи так и не смог навести порядок в этой расчлененной, растерзанной земле. Турецкие отряды постоянно грабили местное население и угоняли жителей в рабство. Направляясь в 1540 в Эрдель против взбунтовавшегося воеводы Стефана Майлата Запольяи смертельно заболел, узнав перед смертью о рождении сына. Король ещё успел приказать, чтобы сына назвали Яношем-Жигмонтом, и послал канцлера Стефана Вербеци в Стамбул просить, чтобы султан взял под свою высокую руку короля-младенца.

Янош Запольяи умер 22.06.1540. Ему наследовал его только что родившийся сын Янош-Жигмонт.