Родился 18.06.1540. Сын короля Восточной Венгрии Яноша Запольяи и Изабеллы, дочери польского короля Зигмунта (Сигизмунда) I.

В момент смерти отца Яношу-Жигмонту было только несколько месяцев от роду. Сулейман II Великолепный в нарушение соглашения с императором Фердинандом признал его королём Восточной Венгрии (по договору, заключённому в 1538, Восточная Венгрия после смерти Яноша Запольяи должна была отойти к Фердинанду I).

В 1541 после длительной осады турки с помощью обмана захватили Буду. Янычары султана Сулеймана под видом гостей пробрались через северные ворота, напали на стражу и разоружили её. В последние дни августа, в день 15-й годовщины битвы при Мохаче (29.08.1526), в гости к королеве Изабелле и маленькому Яношу-Жигмонту прибыли послы султана. Они вручили ей указ, по которому новым местом жительства королевы назначалась Трансильвания, а Буда бралась турками под сохранение до достижения Яношем совершеннолетия.

Захват турками венгерских крепостей способствовал изменению настроений венгерской знати в пользу Фердинанда. Первоначально туркам удалось нанести имперским войскам ряд поражений и заключить в 1547 перемирие, оставляющее султану среднюю часть Венгрии, а Яношу-Жигмонту всю Восточную Венгрию и Трансильванию.

В 1551 император с помощью венгров заставил Изабеллу обменять его владения на герцогство Оппельн в Силезии и денежную пенсию в 25 тыс. дукатов ежегодно.

В 1554 сейм в Морош-Вашаргели призвал Яноша обратно и с 1559 он правил самостоятельно и, опираясь на помощь турок, энергично сражался с войсками императора Максимилиана II.

В 1569 Янош, пытаясь покончить с противостоянием в стране различных религиозных течений, принял закон о свободе вероисповедания.

Умер Янош Жигмонт бездетным 14.03.1571 от несчастного случая, перевернувшись с каретой. Князем Трансильвании после его смерти магнаты избрали Иштвана Батори (1533–1586), сына Иштвана IV (1477-1534), правившего в Трансильвании ещё при Яноше Запольяи.