Из династии Мак Альпинов.

Родился в апреле/мае 1141. Старший сын Генриха, графа Хантингдона и Нортумберленда, и Ады де Варенн. Внук и преемник короля Давида I. Брак его родителей был призван закрепить примирение двух британских государств после серии разорительных вторжений шотландцев в Северную Англию в 1136-1139 и обеспечить поддержку Давидом английского короля Стефана в условиях разворачивающейся гражданской войны в Англии.

Но отец Малкольма умер ещё при жизни короля Давида, а вскоре скончался и сам король. Так Малкольм в 11-летнем возрасте стал королём Шотландии.

Несмотря на меры, принятые Давидом, чтобы укрепить позиции внука, сразу после воцарения Малкольма в Шотландии начались распри. Ряд графов из Морея, не желавших подчиняться ребёнку, восстали, избрав своим предводителем Дональда Мак Малкольма, правнука Лулаха. Его союзником выступил Сомерлед, могущественный лорд Морвена, Лохабера и Аргайла. К счастью, в 1156 у Сомерледа появились более важные дела на Островах, а без его поддержки Дональд вскоре был разбит.

Тем временем в 1154 в Англии умер король Стефан, не оставивший наследника, и английский трон согласно договоренности перешёл к Генриху II Плантагенету, сыну императрицы Матильды от второго брака. Генрих, проведший юные годы в Шотландии и посвящённый в рыцари Давидом, к тому времени был уже настоящим мужчиной, сильным и энергичным. Под его властью находилась вся Англия и половина Франции.

Быстро расправившись с оппозицией, в 1156 он потребовал от Малкольма вернуть все владения шотландских королей в Англии. В 1157 Малкольм был вынужден возвратить Нортумберленд и Камберленд, но получил взамен наследство своей бабки Матильды — графство Хантингдон. Таким образом, Малкольм стал вассалом Генриха, хотя как король Шотландии он оставался суверенным правителем.

Два года спустя короли вновь встретились ещё раз в Карлайле. Юный Малкольм относился к Генриху как к старшему брату, испытывая перед ним мальчишеский восторг. Получив отказ в посвящении в рыцари, Малкольм отправился вместе с Генрихом во Францию и после бесплодной осады Тулузы всё-таки заслужил титул. Вернувшись в Шотландию в 1160, Малкольм обнаружил, что многие бароны негативно относятся к его дружбе с королём Англии. Против Малкольма был организован заговор, но возмужавший король хладнокровно подавил его.

На протяжении недолгого времени, отведённого Малкольму для царствования, он старался следовать заветам Давида. Он также активно строил монастыри (при нём в Шотландии было основано первое клюнийское аббатство в Пейсли) и благодаря браку сестры Ады с Флоренсом, графом Голландии, поддерживал союз с Фландрией.

Многообещающему правлению Малкольма не суждено было длиться долго. В 1163 во время очередного визита к Генриху Английскому король Шотландии тяжело заболел, так что очередной мятеж Сомерледа пришлось подавлять Уолтеру Фиц-Алану, лорд-стюарту (сенешалю) Шотландии. Впоследствии обладание должностью лорда-стюарда потомками Уолтера Фиц-Алана привело к закреплению за ними фамилии Стюарт, потомки которых взошли на престол Шотландии и Англии.

Мать Малкольма, Ада де Варенн, пыталась убедить сына снять обет безбрачия и взять в жёны Констанцию, дочь Конана III, герцога Бретани. Однако 9.12.1165 Малкольм скончался, не успев жениться. Шотландский престол перешёл ко второму сыну Ады Уильяму (1143-1214).