Родился в 1552. Из костромских нетитулованных бояр Сабуровых-Годуновых. Род его происходил от татарского мурзы Чета, принявшего в XIV веке в Орде крещение от митрополита Петра и поселившегося на Руси под именем Захарии. Внук Захарии Иван Годун был прародителем той линии рода, которая от клички Годун получила название Годуновых. Памятником благочестия этого рода был построенный Захарием близ Костромы Ипатьевский монастырь, сделавшийся фамильной святыней его потомков.

Годунов был женат на Марфе Григорьевне, дочери любимца Иоанна Грозного — Малюты Скуратова-Бельского. В 1580 Иоанн Грозный выбрал сестру Бориса Годунова, Ирину в супруги царевичу Фёдору. Тогда же Борис Годунов был пожалован в бояре.

Благодаря своему уму и доверию царя, Борис Годунов был назначен одним из опекунов к Фёдору, не способному к управлению государством. Этими опекунами, или членами верховной думы, кроме Бориса Годунова были: Никита Романович Захарьин-Юрьев, родной дядя Фёдора по матери, князь Иван Фёдорович Мстиславский, князь Иван Петрович Шуйский, прославившийся обороной Пскова от Стефана Батория, и Богдан Яковлевич Бельский. Последнему Иоанн Грозный поручил в опеку своего младшего сына Димитрия, родившегося от его пятой венчанной жены Марии Нагой.

После смерти Феодора (7[17].01.1598), последнего царя из династии Рюриковичей, все присягнули царице Ирине, но она, чуждая властолюбия, удалилась в московский Новодевичий монастырь, где и постриглась под именем Александры. За Ириной последовал в монастырь и её брат, Борис Годунов.

В наступившем междуцарствии было четыре кандидата на престол: Фёдор Никитич Романов, Борис Годунов, князь Фёдор Иванович Мстиславский и Богдан Яковлевич Бельский. Шуйские тогда занимали приниженное положение и не могли являться кандидатами. Часть московских бояр и князей хотели посадить на престол Симеона Бекбулатовича, который в качестве марионетки служил бы их интересам.

Однако земский собор, собравшийся 17.02.1598 в Москве, на который постарались собрать преимущественно сторонников Бориса Годунова, под влиянием патриарха Иова единогласно постановил "бить челом Борису Фёдоровичу и кроме него никого на государство не искать". 21.02.1598, после многих упрашиваний, вплоть до угрозы отлучения от церкви, Борис Годунов согласился исполнить просьбу земских людей. 1.09.1598 он венчался на царство.

При вступлении на престол кроме пиров во дворце, он устраивал угощение народа, пожалования в чины, раздачи денег и съестных припасов вдовам и сиротам. Весь сельский народ он освободил от податей на один год, а всех инородцев от платежа ясака. Служащим было выдано двойное годовое жалование, купцам на два года было предоставлено право безпошлинной торговли, заключённым была дана амнистия.

После прихода к власти Борис Годунов продолжил борьбу с именитыми боярскими родами, а поощрение доносчиков вызвало волну доносов. Шпионство развилось до крайних пределов. В 1601 по ложному доносу четырех братьев Романовых – Александра, Василия, Ивана и Михаила разослали по отдалённым местам в тяжёлое заключение, а пятого – Федора насильно постригли под именем Филарета в монастыре Антония Сийского. Его жену постригли под именем Марфы, а его сына Михаила (будущего царя) сослали на Белоозеро. Затем сослали их свойственников и приятелей – Черкасского, Ситского, Репниных, Карповых, Шестуновых, Пушкиных и других. Ссылка постигла даже дьяка Василия Щелкалова, несмотря на прежнюю к нему милость и дружбу Бориса с его братом Андреем. Поместья и вотчины сосланных отбирались в казну, имущество продавалось, доносчики получали награды. Князьям Мстиславским и Шуйским, которые по знатности рода могли претендовать на престол, он не позволял жениться.

Борис сознавал отсталость русского народа в образовании сравнительно с народами Западной Европы и понимал пользу науки для государства. Он хотел завести в Москве высшую школу, где бы учили иностранцы, но встретил препятствие со стороны духовенства. Борис первый решился послать нескольких юношей учиться в Западную Европу: в Любек, Англию, Францию и Австрию. Но эта попытка окончилась неудачей — все они там и остались.

Борис посылал в Любек приглашать на царскую службу врачей, рудознатцев, суконников и разных мастеров. Приезжавших в Москву немцев из Ливонии и Германии царь принимал весьма ласково, назначал им хорошее жалованье и награждал поместьями с крестьянами. Им было разрешено построить в Москве лютеранскую церковь.

Иностранные купцы пользовались покровительством Бориса. Из иноземцев, преимущественно из ливонских немцев, составился особый отряд царской гвардии.

В правление Бориса Годунова образовалась система управления посредством приказов, в которых сидели бояре или окольничьи и дьяки, последние, собственно, всем и заправляли. Посулы (взятки) и поминки сделались неизбежными признаками приказного управления. Воеводы и дьяки, получая места в городах, должны были давать взятки в приказах, а себя за то вознаграждали всяким образом за счёт подчинённых.

Одним из способов пополнения казны была казенная продажа вина, для чего были учреждены кабаки и кружечные дворы. Вероятно способ увеличивать казну за счёт людского пьянства принадлежит именно Борису Годунову. Это учреждение было так тягостно для народа, что Борис в некоторых местах, в виде милости и особой льготы, по просьбе жителей уничтожал кабаки.

Борис думал сделать из Ливонии вассальное королевство и с этой целью в 1599 вызвал в Москву шведского принца Густава, сына сверженного шведского короля Эрика XIV, который изгнанником скитался по Европе. Царь думал женить Густава на своей дочери Ксении, но Густав не хотел расстаться со своей любовницей и этим навлёк на себя гнев Бориса. Он был лишён Калуги, назначенной ему в удел до приобретения Ливонии, и был сослан в Углич.

У Бориса было сильное желание породниться с европейскими царствующими домами в видах возвышения собственного рода. Во время переговоров с Данией из-за русско-норвежской границы в Лапландии было заявлено желание царя иметь своим зятем датского королевича. В Дании это предложение было охотно принято, и принц Ханс, брат короля Кристиана IV, приехал в Москву, но вскоре по приезде опасно заболел и в октябре 1602 скончался к великому горю Бориса и Ксении.

Царь искал жениха для дочери и невесты для сына также между единоверными владетелями Грузии. В 1604 начались переговоры о браке Ксении с одним из герцогов шлезвигских, но были прерваны смертью Бориса.

В 1601-1602 произошёл во многих местах неурожай и на страну обрушился страшный голод. Московские торговцы держали хлеб, рассчитывая продать, когда цены подымутся донельзя. Борис велел отбирать у них хлеб и отдавать беднякам, а хозяевам выплачивать по умеренным ценам. Сам Борис приказал отворить все свои житницы и продавать хлеб дешевле ходячей цены, а бедным раздавать деньги. Но должностные лица раздавали царские деньги своей родне, приятелям и тем, которые делились с ними барышами.

Узнав о раздаче милостыни в Москву со всех сторон потянулись толпы нищих. Подозрительный царь боялся большого стечения народа и, чтоб не произошло бунта, запретил раздачу. Вместо раздачи милостыни в Москве, он посылал чиновников забирать хлеб у землевладельцев в разных местах, покупать его по установленной правительством цене и доставлять в места, где был голод. Но посланные от царя лица брали с землевладельцев взятки и не показывали, что у них сохраняется хлеб.

В начале 1604 в Москве стало известно, что в Литве появился человек, называющий себя царевичем Димитрием. Под предлогом, что в Литве свирепствует какое-то поветрие, царь велел учредить на литовской границе крепкие заставы и не пропускать никого, ни из Литвы, ни в Литву. В июле посланник немецкого императора сообщил Годунову от имени своего государя, по соседской дружбе, что в Польше проявился Димитрий и надобно принимать против него меры. Борис отвечал цесарскому посланнику, что Димитрия нет на свете, а в Польше явился какой-то обманщик, и царь его не боится.

Предположили, что это, должно быть Григорий Отрепьев (родом из галицких детей боярских), который постригся в Чудовом монастыре, был крестовым дьяком (секретарём) у патриарха Иова и убежавший оттуда в 1602. В сентябре послали в Польшу гонцом дядю Григория, Смирного-Отрепьева, распространив в народе слух, что его посылают для обличения племянника.

Кроме того Годунов приказал привезти мать Димитрия и тайно допрашивал её: жив ли её сын или нет? "Я не знаю" – ответила Марфа. "Мне говорили, что сына моего тайно увезли без моего ведома, а те, что так говорили, уже умерли". Рассерженный Борис велел отвезти её в заключение и содержать с большой строгостью. Это свидетельствует, что сам Годунов не был уверен в смерти царевича.

Тем не менее 16.10.1604 самозванец вступил в пределы Московского государства, находя себе повсюду приверженцев. Города сдавались ему один за другим. Служилые люди переходили к нему на службу. 18(28).12.1604 под Новгород-Северским войско самозванца одержало верх над царскими войсками под командованием князя Фёдора Мстиславского. Хотя 21.01.1605 самозванец потерпел от Мстиславского поражение при Добрыничах, однако снова собрал войско.

Послушный царю патриарх Иов объявил народу в своей грамоте, что называющий себя царевичем Димитрием есть беглый монах Гришка Отрепьев и повелел во всех церквах предавать анафеме его и с ним всех тех, кто станет называть его Димитрием. Патриарх ссылался на свидетельство трёх бродяг: чернеца Пимена, какого-то Венедикта и ярославского посадского человека иконника Степана; первый провожал Отрепьева вместе с товарищами — Варлаамом и Мисаилом в Литву, а последние два видели его в Киеве и знают, что Гришка потом назвался царевичем. Но ни патриаршая грамота, ни обряд проклятия не расположили к Борису народного сердца. Московские люди считали все уверения патриарха ложью.

В феврале 1605 из Москвы отправили в Польшу гонца Постника Огарева с требованием выдачи "вора". На сейме Ян Замойский сильно осуждал Мнишка и Вишневецких, подавших помощь претенденту, и говорил, что со стороны короля поддерживать его и из-за него нарушать мир с московским государем бесчестно, доказывая, что называющему себя Димитрию верить не следует. "Возможное ли дело" – говорил он. "Приказали убить кого-то, да притом наследника, и не посмотрели, кого убили!"

Не надеясь сладить с соперником военными силами, Борис решил попытаться тайным убийством избавиться от своего злодея. Попытка эта не удалась. Монахи, которых в марте подговорил Борис ехать в Путивль отравить самозванца, попались с ядом в руки последнего.

13.04.1605 Борис Годунов скоропостижно умер, приняв схиму и передав престол сыну Фёдору.

17 апреля к войску отправился Пётр Федорович Басманов, назначенный главным его предводителем. Мстиславского и Шуйского отозвали в Москву. Однако Басманов написал Димитрию повинное письмо и послал с гонцом, а сам собрал воевод: Василия и Ивана Голицыных и Михаила Глебовича Салтыкова и объявил им, что признает Димитрия настоящим государем.

В Москву пришло известие о переходе войска на сторону Димитрия. 1 июня дворяне Наум Плещеев и Гаврила Пушкин привезли в Москву Димитриеву грамоту. Народ, узнав об этом, подхватил гонцов и повёз на Красную площадь. Ударили в колокола. Посланцев поставили на Лобном месте. Туда же вывели Василия Ивановича Шуйского (впоследствии стал царём Василием IV), поскольку он вёл розыск, когда царевича не стало. Шуйский объявил: "Борис послал убить царевича Димитрия, но царевича спасли; вместо него погребён попов сын". Толпа бросилась в Кремль. Защищать Годуновых было некому. Фёдора Годунова схватили и вместе с матерью и сестрой посадили в тюрьму.

В Москву приехали князь Василий Васильевич Голицын (сын Василия Юрьевича Голицына) и князь Василий Михайлович Рубец-Масальский с приказанием устранить Годуновых и свести с престола патриарха Иова. Патриарха на простой тележке отвезли в Старицкий Богородицкий монастырь. Дьякам Михайле Молчанову и Шеферединову приказали разделаться с семейством Бориса. 10(20).06.1605 Фёдора и его мать удавили верёвкой. Всех свойственников Годуновых отправили в ссылку по разным городам. Царевна Ксения, отличавшаяся красотой, была пощажена для потехи самозванца, впоследствии она постриглась и умерла в 1622.

Прах царя Бориса, удалённый при самозванце из Архангельского собора, при Михаиле Феодоровиче был перевезён в Троице-Сергиеву лавру.