Мустафа родился 8.09.1779. Сын султана Абдул-Хамида I и Айше Сениепервер Султан.

Вступил на престол в 1807 в результате мятежа янычар против султана Селима III и его реформ. Лидер мятежников Мустафа-паша Кабакджи был назначен великим визирем. Было объявлено о роспуске "новых войск" (Низам-и-Джедид), многие сторонники реформ казнены.

При Мустафе продолжалась война с Россией. Пытавшийся прорвать блокаду Дарданелл османский флот 1.07.1807 был разгромлен в Афонском морском сражении. Турецкий десант, высадившийся на остров Тенедос (Бозджаада, Турция), оставив все свои пушки и оружие, был перевезён на Анатолийский берег. 24.08.1807 было заключено Слободзейское перемирие, во время которого русские войска продолжали оккупировать Дунайские княжества.

Летом 1808 рущукский губернатор Мустафа-паша Байрактар с верными ему войсками организовал поход на Константинополь с целью восстановления на престоле Селима III. Сторонники Мустафы не смогли оказать ему серьёзного сопротивления. Во время штурма дворца Мустафа приказал убить своего двоюродного брата — бывшего султана Селима III и своего младшего родного брата Махмуда, но последнего убийцы найти не смогли. Овладев дворцом, Мустафа-паша Байрактар 28.06.1808 арестовал Мустафу IV, а нашедшийся к тому времени принц Махмуд был возведён на престол.

В ноябре 1808 начался очередной янычарский мятеж, участники которого стремились восстановить Мустафу на престоле. Янычары, поддерживаемые фанатической чернью, окружили и подожгли резиденцию великого везира, и потребовали возвращения престола Мустафе IV. Осажденный Мустафа-паша Байрактар укрылся в башне дворца вместе с гаремом. Выпусив из гарема женщин он храбро защищался, но, убедившись, что дальнейшее сопротивление невозможно, 16.11.1808 велел задушить Мустафу и выбросить его голову осаждающим, а затем взорвал себя и своих врагов на воздух, выстрелив в бочку с порохом.