Родился в 1015. По отцовской линии Михаил принадлежал к совершенно незначительному роду: его отец Стефан Калафат конопатил корабли и обмазывал их смолой перед спуском на воду. Однако по матери он приходился племянником императору Михаилу IV, и это определило его судьбу.

Когда стало очевидно, что император болен смертельным недугом, его брат, евнух Иоанн Орфанотроф, обеспокоенный, как бы с его кончиной власть не выскользнула из их рук, уговорил Михаила даровать племяннику титул кесаря. Точно так же они убедили императрицу Зою усыновить его и признать своим наследником.

Однако поначалу Михаил вовсе не имел того значения, на которое мог рассчитывать. Его дядя-император никогда не обращался с ним, как с кесарем, не оказывал ему никакого предпочтения, не воздавал даже положенных почестей и только что не лишал его титула.

По своей натуре Михаил был очень скрытен и до поры до времени искусно прятал под маской благомыслия свой дурной нрав. Ни к кому из благодетелей он не испытывал благодарности, а только ждал своего часа.

Став императором, Михаил вполне показал своё истинное лицо. Он был натурой двуличной и непостоянной, на уме он всегда имел одно, а на устах другое. Ко многим, ему ненавистным, он обращался с дружественными речами и торжественно клялся, что сердечно любит их и наслаждается их обществом. Часто он сажал за свой стол и пил из одного кубка с теми, кого уже наутро собирался подвергнуть жестоким наказаниям. Понятие родства, и даже кровная близость были для него пустым звуком. Он был изменчив и любой пустяк вызывал в нём припадки раздражения и злобы.

Первым делом он отстранил от дел и сослал дядю Иоанна Орфанотрофа, наиболее способного к управлению, и возвысил другого дядю — Константина.

Затем он принялся искоренять весь свой род. Всех своих родственников, а в большинстве случаев это были отцы семейств, занимавшие высшие должности, он велел оскопить и в таком виде оставил доживать свои дни. Свою приёмную мать, императрицу Зою, он возненавидел ещё раньше, когда был вынужден называть её госпожой. Сначала он отдалил её от себя, ограничил в средствах, всячески унижал и выставлял её на посмешище. Он окружил её стражей, расположил к себе её служанок, выведывал обо всём, что делается на женской половине, не считаясь с договорами, которые заключил с ней при усыновлении.

Но и этого ему показалось мало, и он решил изгнать её из дворца. Выдумав всякие небылицы, он объявил свою приемную мать отравительницей, представил лжесвидетелей, привлёк её к ответу и, посадив на корабль, сослал на остров Принкипос в Мраморном море. Но и там он продолжал её преследовать и успокоился только тогда, когда посланные им люди насильно постригли её в монахини.

Едва об этом распространился слух, в столице начались волнения. Не только простой люд, но и вельможи и даже иностранцы-наёмники были возмущены, и все готовы были пожертвовать жизнью ради императрицы. Весь народ поднялся против тирана. Горожане ринулись к дворцу, чтобы спалить его. Чтобы успокоить народ в столицу доставили императрицу. Но когда её вывели на верхнюю площадку ипподрома и показали народу, тот взбунтовался ещё больше. Вечером 20.04.1042 толпа доставила в храм Св. Софии младшую сестру Зои, Феодору, и провозгласила её императрицей. Патриах Алексей Студит немедленно короновал её.

О случившемся донесли Михаилу, и он бежал вместе с дядей Константином в Студийский монастырь. Феодора, приняв власть, отправила следом отряд стражников. Обоих беглецов силой оттащили от алтаря и при всём народе ослепили. В отличие от Михаила Константин мужественно перенёс экзекуцию. Затем их сослали на Принцевы острова. Там Михаил Калафат и умер 24.08.1042.