Юстиниан родился в 669. Сын Константина IV и его супруги Анастасии. Мальчика с детства готовили к трону и воспитывали соответственно, однако ребёнок с малых лет показал злобный характер. По Константинополю ходили слухи, что наследник трона мучает животных и обижает слуг.

В 685, после смерти своего отца Юстиниан 16-летним юношей вступил на престол. В его характере преобладающей чертой была жестокость, сделавшая его предметом ненависти населения.

Первым делом новый правитель занялся восточными рубежами. Он направил войска сражаться с арабами в Армению, грузинскую Иберию и на Кипр. В 688 император подписал мирный договор с халифом Абд аль-Маликом ибн Марваном, согласно которому подати от армян и киприотов стали делить поровну между Византией и Арабским халифатом.

К этому времени на Балканах в бассейне Дуная взамен аваров закрепилось другое пришлое тюркское племя, булгары. Они породнились с местными славянами, переняли их язык и в итоге слились с ними. Возникшее затем Болгарское царство было уже не просто совокупностью разных племен, а мощным единым государством с хорошо укрепленной столицей – городом Плиска. Болгары были язычниками, поклонялись своим богам и, идеологически противостояли христианской власти Константинополя.

В 689 Юстиниан двинулся во Фракию против славян и болгар. Поначалу успех сопутствовал императору, он прогнал болгар и, дойдя до Фессалоники захватил много славян. Всех их он заставил переселиться в Малую Азию в фему Опсикий и образовал из них отряд в 30 тыс.человек. Но на обратном пути император был застигнут болгарами в горных проходах и с великими потерями едва смог уйти.

С этим войском Юстиниан в 692 объявил войну арабам, но был разбит войсками Абд-Альмалика в бисве при Себастополисе (в Киликии). Поражение было следствием измены части приведённых им с собой славян. Тогда Юстиниан велел перебить близ Никомедии и тех славян, которые остались верны ему. Вот уж действительно "Бей своих, чтобы чужие боялись". Результатом поражения была потеря южной Армении, где восстал Симбатий.

В особенности ненависть народа навлекали злоупотребления двух фаворитов Юстиниана — Теодота и Стефана, из которых первый занимался финансами государства, а Стефан занимал должность сакеллария, т.е. исполнял такие же функции в Церкви. Кроме введения новых налогов они занимались вымогательством, арестовывая богатых византийцев и пытками вымогая у них деньги. Даже вдовствующую императрицу Анастасию подвергли порке, вымогая у неё драгоценности.

Крупным событием в церковной жизни был созыв Юстинианом Вселенского собора для выработки правил, по которым должна жить Церковь. Съехавшиеся со всех концов христианского мира священники заседали в трулльском зале императорского дворца, поэтому этот съезд получил название Трулльского собора. Однако постановления Трулльского собора, уравнявшего константинопольского патриарха с римским Папой, не были признаны Сергием I. Взбешённый Юстиниан приказал арестовать Сергия, но его посланцев перехватили жители Равенны, избили их и отправили обратно в Константинополь.

Непопулярностью Юстиниана воспользовался полководец Леонтий. В 695 он бежал из тюрьмы, куда был заключён по приказанию императора, страдавшего подозрительностью, возмутил жителей столицы, захватил Юстиниана, велел отрезать у него нос и язык (за что Юстиниан был прозван Ринотмет, т.е. "с отрезанным носом") и отправил в ссылку в Херсонес. Фавориты Юстиниана, Стефан и Теодот, были казнены. Их, привязав к лошадиным хвостам, проволокли по городским площадям, а затем заживо сожгли.

Короткое правление Леонтия было заполнено безуспешной борьбой против внешних врагов. При нём от империи отпала Лазика. Арабы совершли удачный набег на Малую Азию. Была потеряна Северная Африка с Карфагеном. Византийский флот покинул Карфаген. Его командиры, боясь императорского гнева, решили свергнуть Леонтия. К власти пришёл Апсимар, принявший имя Тиберия III.

В это время в Константинополе была эпидемия. Тиберий с флотом, отправился к городу и, подкупив стражников на стене Влахерн и их архонтов, захватил город. Низложенному Леонтию он велел отрезать нос и заточил его в Делматский монастырь.

В изгнании Юстиниан провёл 10 лет. Бежав из своих владений в Фанагории (Таманский полуостров) сначала он отправился к хазарам, пытаясь заручиться их поддержкой для возвращения престола. Он даже женился на сестре хазарского кагана Феодоре, но его дипломатии это не помогло. Не найдя взаимопонимания, Юстиниан поехал на запад, в Болгарию, с которой он всего несколько лет назад воевал. Болгарскому хану Тервелю он обещал отдать в жёны свою дочь от первого брака, если тот поможет захватить Константинополь. В 705 году болгарские полчища двинулись к столице Византии.

Он овладел столицей и снова занял престол, жестоко отомстив своим противникам. Он велел с позором влачить Тиберия и Леонтия по улицам Константинополя, а затем, во время конских ристалищ, сидя попирал их шеи ногами. Наконец, вдоволь поиздевавшись, Юстиниан велел обоих обезглавить на Собачьем рынке. Патриарх Каллиник был низложен и сослан. После этого Юстиниан щедро наградил болгарского хана Тервеля и создал прецедент в истории, дав Тервелю титул кесаря.

Но война с арабами опять пошла плохо: греки потеряли Мопсуэсту и Тиану; в 709 арабы вторглись даже во Фракию. Юстиниан послал в Крым войско, которое должно было наказать Херсонес за то, что город не оказал поддержки императору во время его несчастья, но войско возмутилось и провозгласило императором Филиппика Вардана. В то время как Юстиниан собирал отряды в Малой Азии, Филиппик овладел Константинополем и убил сына Юстиниана.

Юстиниан снова попросил помощи у хана Тервеля, но тот перестал верить в успех Юстиниана и не оказал ему должной помощи, прислав небольшое войско. Вскоре Юстиниана оставили другие сторонники и Филиппик Вардан, предложив болгарам свободно уйти, захватил оставленного войском императора и убил его 11.12.711, отрубив голову.