Родился в 575. По происхождению каппадокийский армянин, сын известного полководца Ираклия Старшего, экзарха Карфагена.

В 610 глубокое недовольство императором Фокой охватило всю империю. Тогда правители Ливии, братья Ираклий и Георгий, договорились снарядить каждый свою армию и послать их в столицу под командованиями своих сыновей. Они условились, что императорская власть будет принадлежать тому из их сыновей, который пробудет в Константинополь первым и сумеет овладеть престолом.

Ираклия Младшего они послали морем, собрав большой флот с командами из афров и маврусиев, Никиту же, сына Григория, отправили сушей с многочисленным конным войском. Ираклий опередил Никиту и благополучно прибыл к Константинополю. В это время Крисп, эпарх города и зять императора, враждебно настроеный по отношению к Фоке, во всём содействовал Ираклию. Переворот совершился быстро и легко: Фока был захвачен в своём дворце, приведён на корабль Ираклия и немедленно обезглавлен.

Толпа народа и патриарх Сергий приняли своего избавителя с восторгом. По воле сената и с одобрения народа, Ираклий 5.10.610 был провозглашён императором.

Впрочем, ему досталось тяжёлое и незавидное наследство. Взойдя на престол, Ираклий нашёл совершенный упадок в империи. Множество народу было пленено, а войско истреблено в сражениях. Набеги аваров и славян участились, они полностью уничтожили город Юстиниана Прима и осадили Салоники. Мощная оборона сдерживала их натиск, но окрестности уже перешли под их контроль. В Италии лангобарды захватили последние остававшиеся византийскими города на побережье Тосканы, а вскоре были утрачены и все владения в Испании. Но хуже всего дела обстояли на Востоке.

Наибольшую угрозу для Византии представляло персидское нашествие. Хотя убийство Маврикия было отомщено, Хосров II не собирался прекращать военные действия, и вторжение в Сирию продолжилось. В 610 персы взяли Апамею, Эдессу и дошли до Антиохии. В 611 Антиохия пала, а в следующем году враги овладели Мелитиной. В 613 сам Ираклий потерпел поражение у стен Антиохии, отступил в Киликию, разбил там отряды неприятеля, но персы получили подкрепление, и войска императора бежали от них.

Весной 614 войско Хосрова направилось на юг, в сторону Кесарии на побережье Палестины, а затем повернуло вглубь страны и пошло на Иерусалим. Императорских войск, могущих защитить город, поблизости не было, и патриарх Захария хотел начать переговоры с персами, рассчитывая откупиться от них. Но когда иерусалимские венеты и прасины узнали об этом, они высыпали на улицы, требуя, чтобы город защищали любой ценой. Захария неохотно уступил и взялся организовывать оборону, призвав на помощь войско из находящегося неподалеку города Иерихона. Однако, когда подкрепление прибыло, персы уже стояли лагерем вокруг Иерусалима, и, увидев, сколько их, несостоявшиеся защитники ушли обратно. После короткой осады персы взяли Иерусалим и устроили здесь трёхдневную резню, в которой погибло более 17 тыс. человек. При этом иудеи, жившие в Иерусалиме, сводили счёты с христианами, угнетавшими их преследованиями и презрением. Персы захватили в плен патриарха Захарию и древо Животворящего Креста. Однако на этот раз войско не вернулось в Персию, поскольку целью шаха было завоевание Византийской империи и присоединение её к своему государству. Иерусалим был передан иудеям, окружающие территории оккупированы.

В 616 персидский полководец Шахин захватил и поработил весь Египет, многих увёл в неволю, других умертвил беспощадным образом. Его армия не встречая сопротивления, прошла через Малую Азию и достигла берегов Босфора, города Халкидона, где 13 лет назад был казнен Маврикий. Оттуда персидские воины могли видеть на другом берегу пролива купола Константинополя. Шахин вскоре ушел с Босфора, но в Египте персы намеревались остаться. Раздираемая междоусобицами Александрия пала в июне 619 года, и таким образом византийцы лишились второго по величине города империи и одной из богатейших провинций. Вследствие истощения людских ресурсов Египет перестал снабжать хлебом столицу, и в Константинополе случился сильный голод. К тому же началась эпидемия.

Угнетаемый всеми этими бедствиями, Ираклий велел грузить на корабли казну, собираясь плыть в Ливию, но народ, узнав об этом, воспротивился бегству императора. Патриарх призвал его не покидать столицу. Уступая им, Ираклий остался в городе.

В 617 аварский каган коварно зазвал императора в Силимбрию, якобы для переговоров о мире, а сам попытался захватить его, но Ираклий переодетый в бедную одежду сумел бежать в Константинополь. Авары преследовали его по пятам и разграбили императорский лагерь.

Теснимый персами, завоевавшими Сирию и Египет и утвердившимися в 617 в самом Халкидоне, и угрожаемый аварами, которые в 619 достигли даже окрестностей Константинополя, Ираклий должен был отказаться от большей части испанских владений, где в руках Византии остались только Балеарские острова. Вначале Ираклий попытался договориться с персами, чтобы развязать себе руки и выступить против аваров, но Хосров, предвидя полную свою победу, надменно отверг его предложение. В конце концов в 618 перемирие было достигнуто с аварами, и ради этого им передали огромные суммы денег и оставили все завоеванные ими земли. После чего Ираклий вступил в сношения с болгарами, обосновавшимися между Днестром и Дунаем, чтобы найти в них союзников против аваров.

Он поддерживал близкие дружеские отношения с болгарским ханом Кубратом. Последний вырос вместе с Ираклием в Константинополе в императорском дворце и был крещён в 12 лет. После того, как Кубрат объединил болгарские племена и создал государство Великая Болгария, он подписал мирный договор с Византией и заключил дружественный союз, по которому оба государства должны были помогать друг другу.

Ираклий согласился также на поселение хорватов и сербов между далматинским побережьем и западными Балканами. Он считал, что империи не стоит тратить силы на борьбу со славянской иммиграцией и отказался от борьбы за области, занятые славянами до того времени, пока империя не соберется с силами и не сможет начать со славянами культурную и политическую борьбу.

В 621 император объявил о своем намерении лично возглавить борьбу против персов. Ираклий особенно подчеркивал тот факт, что византийцам предстоит сражаться за истинного Бога с неверными, ибо персы были зороастрийцами. Ираклий взял у Церкви, как это стыдливо называлось, "взаймы" золотую и серебряную утварь и канделябры и переплавил их в монеты. При этом он действовал с полного одобрения церковных властей, поскольку сделал всё для того, чтобы предстоящая кампания воспринималась как праведная война в защиту веры. На эти средства он набрал в провинциях войско и сам обучил его.

Готовясь выступить против персов, Ираклий взял с собой на битву икону Спасителя, якобы не рукотворную, а обретенную чудесным образом. Патриарх Сергий распорядился, чтобы на всех воротах в стенах Константинополя было сделано изображение Богородицы с младенцем на руках. Вероятно, были эти образы списаны с иконы "Одигитрия" ("Указующая Путь"), названной так потому, что на ней Богоматерь указывает на путь спасения, а именно на Иисуса. Считалось, что икона была написана евангелистом Лукой и что это реальный прижизненный портрет Богородицы и Иисуса. По преданию икона была привезена из Палестины в Константинополь в V веке.

Осенью 622 Ираклий вступил в Каппадокию, а в апреле 623 повернул на север, в кавказские владения персов и через Армению, которая давно была спорной территорией, поделенной между двумя империями, вторгся в персидскую провинцию Антропатену, взял Карин (Эрзерум), Двин, Нахичеван и Гандзак (Гянджду).

Оттуда византийцы повернули на юг и вышли к незащищенным северным границам самой Персии. Поскольку персидская армия ожидала нападения Ираклия в Сирии, никто не мог помешать византийцам захватывать и уничтожать персидские города один за другим. Ираклий вступил в священный для зороастрийцев город Шиз и в отместку за разрушение церквей в Иерусалиме, уничтожил храм, где горел священный огонь.

Кампания оказалась настолько успешной, что с приближением зимы Ираклий не стал выводить войска на византийскую территорию в Малой Азии, а решил остаться в Армении. Следующей весной византийцы возобновили военные действия. На этот раз персы отправили на перехват войска Ираклия две крупные армии под командованием Щахрабараза и Шахина. После долгого преследования по пересеченной местности Ираклий вступил с ними в бой там, где сам счел нужным, и разбил их одну за другой, захватив золотой щит и доспехи одного из полководцев, который бросил их, убегая с поля боя. После этого византийской армии ничто не мешало возобновить свой победный марш по Персии. Весной 625 Ираклий через Тавр вторгся в Сирию к верховьям Тигра.

В отчаянии Хосров и его военачальники придумали, как заставить Ираклия уйти: они решили действовать его методами и ударить прямо по Константинополю, чтобы вынудить императора вернуться на защиту столицы. К аварам были отправлены посланники с призывом нарушить перемирие и также пойти на штурм византийской столицы. Аварского кагана не пришлось долго уговаривать, поскольку он уже несколько раз нарушал соглашение, а воспользоваться ослабленным состоянием империи было слишком соблазнительно. Поэтому, когда весной 626 Хосров направил своего полководца Шахрвараза с большими силами в Малую Азию, авары и их союзники славяне тоже выступили в поход.

В начале 626 Шахрабараз подступил к Константинополю и занял азиатский берег Боспора. Авары и славяне напали на столицу со стороны Фракии, сожгли все предместья и подвели к стенам башни с осадными машинами. Но все попытки кагана овладеть городом кончились неудачей. Патрикий Бона нанёс в проливе сильное поражение славянскому флоту, после чего варвары сняли осаду.

Тем временем Ираклий, отправив часть войск во главе со своим братом Теодором на помощь столице, с остальными легионами начал поход в Лазик. У Тбилиси Ираклий встретился с хазарским каганом, сосватал за него свою дочь и заключил с хазарами дружественный союз. Несколько месяцев две армии совместно осаждали Тбилиси, но так и не смогли его взять.

Осенью 627 Ираклий от столицы Лазика стремительно двинулись вглубь Персии. По дороге хазары, не выдержав трудностей пути, покинули своих союзников, но это не остановило Ираклия. Он предавал огню города и села, а пленных персов убивал. У развалин древней Ниневии 12.12.627 Ираклий дал бой персидскому полководцу Рахзаду. Во время единоборства Рахзад был убит, а его войско деморализовано смертью своего военачальника и потерпело поражение. Византийцы захватили 28 вражеских знамён. Ираклий находился в самой гуще битвы, конь под ним был убит, а сам он получил множество ударов, но благодаря латам не пострадал.

В январе 628 Ираклий подступил к персидской столице Ктесифону, захватил и разграбил все шахские дворцы в окрестностях города. Был взят Дастагерд — резиденция Хосрова, в которой, кроме прочей добычи, были найдены 300 знамен, захваченных персами в разное время. Шах тайком бежал из своего дворца, но в результате заговора 23.02.628 Хосров и сорок его сыновей были убиты.

Власть в Персии захватил старший сын царя Кавад Шируйе, который заключил мир на условиях Ираклия. Персы вернули византийцам Египет и все завоёванные земли, а также великую святыню — Животворящий Крест. В мае Ираклий возвратился в столицу и был с великой радостью принят народом.

Но прошло совсем немного времени, и новый, гораздо более опасный враг, появился на восточных границах империи. Из пустынь Аравии на Византию напали арабы.

Летом 634 они взяли Газу и всю страну вокруг неё. Теодор, брат Ираклия, сразился с ними, был побеждён и бежал в Эдессу. 20.08.636 в битве при Ярмуке арабы разбили 40-тыс. византийское войско, захватил всю Финикию и двинулись к Иерусалиму. Они перешли Иордан и разбили лагерь в Иерихоне. Все окрестные жители, объятые страхом, покорились им. В ту же ночь жители Иерусалима, отправив морем в Константинополь церковные святыни, тоже покорились Омару.

Сам Ираклий находился в сильнейшей аппатии. Кроме того у него развился панический страх воды, и он отказался переправиться через Босфор на корабле. Чтобы создать мост через пролив был собран большой флот. Сверху настелили доски, сотни кустов и других растений выкопали с корнем и посадили в горшки, которые расставили по обе стороны прохода. Когда всё было готово, императора убедили сесть на коня и въехать на мост.

Недовольство бездействием императора в эту тяжёлую минуту, в особенности после его успехов в предыдущей войне, вылилось в крупный заговор. Всем виновным император велел отрезать носы и правые руки. Тем временем арабы овладели Антиохией. В 639 пала Эдесса и покорилась вся Месопотамия. Стратиг Иоанн, посланный против арабов в Египет, погиб вместе со всем войском. Захватчики овладели Египтом до самой Александрии. В начале 640 арабский полководец Амр ибн аль-Ас подошел к Александрии.

Патриарх и префект города Кир, как и патриарх Иерусалима, надеялся, что византийская армия придет к нему на помощь, но этого не случилось, и ему пришлось вступать в переговоры с арабами. В ноябре 641 он заключил с ними перемирие на один год, пообещав по истечении этого срока сдать город. В Константинополь были отправлены срочные донесения с просьбой к императору скорее прислать помощь. Но Ираклий не предпринял ничего, чтобы остановить надвигающуюся катастрофу. Сам Кир погиб весной 642, и к сентябрю горожане поняли, что дальше держать оборону бессмысленно. Ворота открыли, и арабы вошли в город. Они сожгли несколько церквей. Сгорела и знаменитая александрийская библиотека, но тем не менее большинство монофизитского населения радовалось смене власти.

Последние два года своей жизни Ираклий провёл, запершись в своём дворце. После того, как в мае 612 после родов умерла императрица Евдокия, Ираклий взял в жёны свою племянницу Мартину. Незадолго до смерти Ираклий короновал кесарем Ираклиона, третьего сына Мартины. 11.02.641 Ираклий умер от водянки. Перед смертью он составил завещание, по которому Ираклион и Констант, сын императора от первого брака, получили равную власть, а Мартина должна была ими почитаться как мать и императрица.

В церковной политике Ираклий известен тем, что с помощью константинопольского патриарха Сергия стремился преодолеть разобщённость поместных региональных Церквей империи, порождённую богословским противостоянием со времён Халкидонского собора. Он безуспешно пытался найти компромисс между сторонниками и противниками решений Халкидонского собора.

С помощью компромиса, получившего название монофелитство, Ираклию удалось привести все Церкви к единству. Однако впоследствии все его усилия оказались напрасными. На VI Вселенском соборе, монофелитство было объявлено ересью.