Из Бургундской династии.

Родился в Коимбре 23.04.1185. Сын короля Саншу I и его супруги, Дульсы Барселонской, принцессы Арагона.

У Афонсу II был несколько иной, нежели у его отца или деда, подход к управлению государством. Саншу I, его отца, и Афонсу I, его деда, наиболее интересовали военные дела, как против соседней Кастилии, так и против мавров на юге. Афонсу II не поддерживал эту политику расширения территории и сумел в период своего правления добиться мира с Кастилией.

Несмотря на это, некоторые города, такие как Алкасер-ду-Сал в 1217 были отвоёваны у мавров по инициативе знати. Первые годы его правления были отмечены внутренними разногласиями между Афонсу и его братьями и сёстрами. Король сумел сохранить португальские границы только изгнав и объявив вне закона своих родственников.

Поскольку военные походы не были приоритетом государственной политики, у Афонсу была возможность основать государственный аппарат и централизовать власть в собственных руках. Он разработал первый письменный свод португальских законов. В основном они касались частной собственности, гражданского правосудия и денежного обращения.

Афонсу также направил послов в европейские королевства вне Пиренейского п-ва и установил с большинством из них торговые отношения.

Другие реформы включали вопросы отношений с Папой. Его дед, Афонсу I, чтобы получить признание независимости Португалии папским престолом, предоставил Церкви непомерные привилегии. Последние, в конечном итоге, привели к образованию государства в государстве. С позиций Португалии, как прочно установленного независимого королевства, Афонсу приложил усилия для ослабления власти духовенства и перенаправления огромных доходов Церкви на нужды государства.

Эти действия привели к серьёзному дипломатическому конфликту между Папой и Португалией. После отлучения Папой Гонорием III от церкви за дерзость, король пообещал возместить долги, но умер 25.03.1223 в Коимбре, не успев предпринять никаких шагов к исполнению данного обещания.

Его старший сын от Урраки Кастильской, Саншу унаследовал престол. Второй сын, Афонсу также впоследствии был королём Потугалии.