Мустафа родился 6.02.1664. Сын султана Мехмеда IV. В отличие от двух своих предшественников, до вступления на престол не содержался во дворце Топкапы (в т. н. "Клетке"), а проживал в Эдирне, где пользовался относительной свободой.

В первые годы своего правления пытался переломить неудачный для турок ход войны со "Священной Лигой". В 1696 он лично возглавил армию на Балканах и за счёт большого численного перевеса над австрийцами добился некоторых успехов.

19.07.1696 русские войска, блокировав Азов с суши и моря, штурмом взяли город.

11.09.1697 в битве при Зенте (Сербия) австрийская армия под предводительством принца Евгения Савойского нанесла сокрушительное поражение армии Османской империи во главе с великим визирем Эльмас Мехмед-пашой и вторглась в Боснию. Потеряв всего 500 солдат, австрийская армия уничтожила 30 тыс. турецких воинов, захватила гарем султана, артиллерию, королевскую казну с сокровищами и государственную печать Османской империи.

26.01.1699 между Австрией, Речью Посполитой и Венецианской республикой с одной стороны и Османской империей с другой стороны был подписан Карловицкий мир, по которому к Австрии отошла вся Венгрия, а также Трансильвания и Тимишоара. Венеция закрепила за собой Морею и Далмацию. Польша возвратила себе Подолье и другие части Правобережной Украины.

По Константинопольскому договору, подписанному 14.07.1700, Азов перешёл к России.

После окончания войны Мустафа жил в основном в Эдирне, где занимался охотой. В августе 1703 против него в Константинополе началось восстание, к восставшим присоединилась часть янычар. Повстанцы организовали поход на Эдирне. При встрече повстанцев с правительственными войсками, последние перешли на их сторону, после чего Мустафа отрёкся от престола в пользу своего брата Ахмеда. Через 4 месяца (29.12.1703) бывший султан умер (возможно, был отравлен).