Родился в 1739. Сын хана Селим-Гирея II, внук Каплан-Гирея. Каплан был нурэддином при Арслан-Гирее (1767) и Кырым-Гирее (1768-1769).

Заняв ханский престол, Каплан-Гирей II назначил калгой Исляма, сына хана Арслан-Гирея, а нурэддином — Бахти, сына хана Кырым-Гирея.

В первые месяцы правления хан безуспешно пытался выправить ситуацию на русском фронте в Придунавье и после серии малоудачных военных кампаний отправился в Крым. Здесь он предпринял меры по организации обороны от вероятного нападения, готовя снаряжение и припасы для ведения войны.

Вскоре Каплан-Гирей II получил известия о переходе на сторону России едисанских ногайцев и сам получил подобное же предложение. Хан с негодованием отверг его, но позиция правителя не нашла однозначной поддержки среди крымских беев, которые намерились с помощью русских сбросить зависимость от Османской империи и возродить независимость ханства.

Очевидно, под влиянием беев хан впоследствии изменил своё мнение по данному вопросу — появились сведения о его благосклонном отношении к идее независимости. Между ханом и русскими произошел обмен посланиями. Как говорили, Каплан-Гирей II решился на это ради спасения государства от угрозы прямого вооруженного захвата. Вскоре после этого хан получил отставку и отправился в Турцию.

Каплан-Гирея II хвалили за храбрость и мужество, но порицали за неопытность. В 1771 он скончался от чумы в возрасте 32 лет. Похоронен при мечети в селении Су-Баши (Турция).