Из династии Трастамара (в Неаполе называемой Арагонской).

Родился 26.07.1469. Сын короля Неаполя Альфонсо II и Ипполиты Марии Сфорца, дочери миланского герцога Франческо Сфорца.

Стал королём Неаполя после отречения своего отца в январе 1495 при катастрофических для него обстоятельствах.

Карл VIII Французский, предъявивший в качестве наследника Анжуйской линии Валуа претензии на Неаполь, находился во главе сильной армии в Риме и готовился к вторжению в Неаполь. Дворянство и армия ненавидели правящую династию за преступления отца и деда нового короля и были готовы перейти на сторону французов. Фернандо бежал из Неаполя сначала на Искью, а затем под защиту своего арагонского родича на Сицилию. Французы, не встречая сопротивления, в мае 1495 овладели Неаполитанским королевством и Карл VIII был коронован как король Неаполя.

Но усиление французских позиций в Италии встретило сопротивление других держав: Папа Александр VI, император Максимилиан I, король Арагона и Сицилии Фернандо II, Венецианская республика образовали Итальянскую лигу против Франции. Карл VIII был вынужден с боями пробиваться во Францию. Оставленный им в Неаполе наместник герцог Монпасье и французы скоро возбудили к себе ненависть неаполитанцев своими грабежами и насилиями.

Фернандо вместе с союзной испанской армией под командованием Гонсало де Кордоба по прозвищу "Великий капитан" в течение мая-июня 1496 сумел освободить значительную часть своего королевства. В июне 1496 Монпасье капитулировал и обязался покинуть страну. Фернандо смог с испанской помощью восстановить независимость Неаполя, но это имело роковые последствия для правящей династии.

Фернандо Арагонский убедился в том, как слаба власть его неаполитанских родичей, и стал готовиться к захвату Южной Италии.

07.10.1496 Фернандо умер от дизентерии. Он был женат на своей тётке Джованне (1478-1518), самой младшей из дочерей его деда Фернандо I, но не оставил детей. Ему наследовал его дядя Федериго.