Из династии Комитопулов.

Сын комита Николая Шишмана и Рипсимии Армянской.

Первоначально Самуил правил Болгарией совместно со своими старшими братьями: Давидом, Моисеем и Аароном. Моисей погиб в результате несчастного случая при осаде крепости Серес от брошенного с крепости камня. Давид был убит наёмными убийцами около города Преспы.

Самуил, сидя в Охриде, боролся с Византией на западе; Аарон, сидя в Средеце, мог угрожать ромеям на востоке. Однако властолюбивый Аарон начал переговоры с Византией, которая обещала ему, как старшему брату, царский венец (по крайней мере так считал Самуил). Это вызвало конфликт между Самуилом и Аароном, который привёл к обвинению Аарона в государственной измене. 14.06.976 Аарон был убит по приказу Самуила. Также была казнена вся семья Аарона, за исключением его сына Ивана-Владислава, которому сын Самуила, Гавриил-Радомир помог бежать.

После этого Самуил, оставшись последним из братьев, боролся с Византией самостоятельно. Однако в течение всего этого периода Самуил не принимал царского титула, в продолжал считать законным царём Бориса II, находившегося в плену в Византии.

В 977, после возвращения из византийского плена Романа (младшего брата царя Бориса II), Самуил признал его новым царём Болгарии. При этом Самуил держал в своих руках всю полноту власти. Царь Роман (по примеру отца и старшего брата) не вмешивался в управление страной, а предпочитал заниматься духовными делами.

В 986 Самуил выграл решительную битву у Траяновых ворот. В сражение была уничтожена почти вся византийская армия, был потерян весь обоз а сам император чудом избежал пленения.

После того, как в 991 Роман снова попал в византийский плен, Самуил продолжал признавать его царём. И только после смерти Романа в 997 Самуил провозгласил себя царём Болгарии.

После того как Византия вернула себе северо-восточные земли Болгарии, Самуил перенёс столицу на территорию современной Македонии. Со временем в качестве столицы определился город Охрид. Всё время своего правления Самуил вёл почти непрерывную тяжёлую войну с Византией.

29.07.1014 в сражении при Беласице (Стримоне) болгары потерпели сокрушительное поражение. Взяв в плен 15 тыс. болгар, император Византии Василий II приказал всех их ослепить, оставив в каждой сотне по одному поводырю с одним глазом, и затем отпправить к царю Самуилу.

Самуил умер (возможно отравился) 6.10.1014, потрясённый зрелищем своих ослеплённых воинов. Ему наследовал его сын Гавриил-Радомир.