Для предотвращения проникновения Наполеона на Балканы в октябре 1806 генералу И.И.Михельсону было приказано занять княжества Молдавию и Валахию.
11.11.1806 русские войска (до 40 тыс.) начали переходить Днестр. Хотин, Бендеры, Акерман и Килия сдались без боя. Отряд турок, занявший Бухарест, 13.12.1806 был вытеснен отрядом генерала М.А.Милорадовича. Однако попытка овладеть Измаилом, кончилась неудачей.
Под влиянием Франции, обещавшей Турции помочь отторгнуть от России Крым и Грузию, Турция расторгла союз с Россией и 18.12.1806 объявила войну России, а позднее и Англии.
В начале 1807 Михельсону было приказано ограничиваться обороной. Наступательные же действия возлагались на Черноморский флот и эскадру Сенявина, крейсировавшую в Средиземном море, а также на русские войска, находившиеся в Грузии.
Черноморская эскадра контр-адмирала Пустошкина овладела Анапой. Эскадра Д.Н.Сенявина, находившаяся в Эгейском море нанесла поражение турецкому флоту в Дарданельском (10.05.1807) и Афонском (19.06.1807) сражениях. Сербы, поддержанные русским отрядом Исаева, тоже одержали несколько успехов.
В Закавказье русская армия, действовавшая вначале неудачно, 18.06.1807 разбила Юсуфа-пашу на р.Арпачай.
Ряд военных неудач, плохое состояние армии и утрата надежды на помощь Наполеона, заключившего с Россией мир в Тильзите, вынудили Порту заключить 12.08.1807 перемирие, по которому русские войска должны были покинуть Молдавию и Валахию, а турки обязывались не вступать в эти княжества и прекратить военные действия в Сербии. Кроме того Турции возвращались захваченные корабли и о-в Тенедос.
Но как только начался вывод русских войск, турки снова вторглись в Валахию и подвергли её грабежу. Вывод русских войск был остановлен. Новые переговоры с турками были прерваны новым переворотом в Турции, где в 28.07.1808 султаном был провозглашён Махмуд II. Мустафа Байрактар, сделавшийся теперь верховным визирем, отверг все требования России и стал деятельно готовиться к войне, но в ноябре он погиб, осаждённый янычарами.
После заключения с Францией соглашения в Эрфурте (30.09.1808), согласно которому Наполеон согласился на присоединение Молдавии и Валахии к России. Турция под влиянием Англии и Австрии 12.03.1809 объявила России войну.
Турецкая армия перешла Дунай у Силистрии и двинулась к Бухаресту, но 2 июня её авангард был разбит Милорадовичем, после чего турки вернулись на правый берег Дуная.
Прозоровский, пытавшийся взять крепости Журжу и Браилов на левом берегу Дуная потерпел неудачу. Прибывший в помощь ему князь П.А.Багратион активизировал действия русской армии. В конце июля его авангард переправился через Дунай у Галаца, а затем без выстрела овладел Исакчёй и Тульчёй. Атаман М.И.Платов вступил в Бабадаг, после чего перешли на правый берег Дуная и главные силы.
Багратион, заменивший умершего Прозоровского, удостоверившись в слабости противника на Нижнем Дунае, решил овладеть Силистрией, к которой 14 августа и начал наступать, а через несколько дней отряды Маркова и Платова овладели Мачиным и Гирсовым.
Благодаря субсидиям Англии турецкая армия была значительно усилена, и верховный визирь попытался вторгнуться в Валахию и овладеть Букарестом, но Ланжерон и Эссен 29 августа атаковали авангард турок и разбили его наголову. Крепость Измаил сдалась отряду генерала Засса. Тем временем Багратион, продолжая свое наступлениe, 4 сентября разбил у Рассевата корпус Хозрева-паши, и остановился перед Силистрией. Визирь, узнав об этом, со всей своей армией отступил в Рущук и приказал войскам, действовавшим против сербов, идти туда же.
Багратион, опасаясь высадки англо-турецкого десанта был вынужден снять осаду Силистрии и обратился в Петербург за разрешением отвести армию на левый берег Дуная из-за отсутствия на правом берегу достаточного продовольствия, а также возможного уничтожения мостов ледоходом. Имп. Александр I выразил своё недовольство ходом кампании, но дал согласие с условием, чтобы на правом берегу Дуная оставались занятыми Мачин, Тульча и Гирсово.
В начале 1810 Багратион был заменён графом Н.М.Каменским, только что отличившимся в войне против Швеции. В начале марта он прибыл к дунайской армии, 19 мая овладел Туртукаем, 22 взял штурмом Базарджик, 30 сдалась Силистрия, осажденная корпусами Ланжерона и Раевского, а 1 июня пал Разград. Русские передовые отряды заняли Балчик и линию Варна — Шумла.
Русская армия безостановочно двигалась к Шумле и к 10 июня обложила её с трех сторон, но штурм крепости не удался и поэтому оставив для наблюдения за Шумлой и Варной корпус С.М.Каменского (своего старшего брата) главнокомандующий с главными силами 9 июля подошёл к Рущуку. 22 июля, после 10-дневного обстрела, был предпринят штурм, но он был отбит и стоил русскому войску огромных потерь.
Между тем визирь несколько раз пытался атаковать оставленные для наблюдения за Шумлой отряды, но 23 июля был совершенно разбит С.М.Каменским. Тем не менее, главнокомандующий приказал ему отойти на линию Траянова вала и, разрушив укрепления Базарджика, Мачина, Тулчи, Исакчи, взять себе оставленные в них гарнизоны.
Рущук продолжал оставаться в осаде, и попытка турок освободить эту крепость кончилась 26 августа их разгромом в сражении у Батына, после чего русские отряды заняли Систов, Белу, Тырнов и Орсову. 15 сентября сдались Рущук и Журжа.
Сербия (благодаря посланным ей сильным подкреплениям) в начале октября была очищена от турецких войск.
После взятия Рущука Н.М.Каменский двинулся вверх по Дунаю для овладения турецкими крепостями вплоть до Сербской границы. Никополь и Турно сдались без сопротивления. Отряд М.С.Воронцова овладел Плевной, Ловчей, Сельви и разрушил их укрепления.
В связи с резким осложнением отношений с Францией Александр I приказал отправить за Днестр 5 дивизий, а состальным войскам ограничиться обороной занятых крепостей.
В 1811 главнокомандующим на место умершего Н.М.Каменского был назначен М.И.Кутузов. К весне 1811 сильно ослабленной русской армии (ок.45 тыс.) противостояла турецкая армия, численность которой выросла до 70 тыс. Мирные переговоры, начатые им по указанию Александра I, не дали результата из-за противоречий в позициях сторон.
Поэтому, уничтожив укрепления Силистрии и Никополя, Кутузов стянул свои главные силы к Рущуку и Журже. Войска Засса в Малой Валахии и О'Рурка в Белграде прикрывали его правое крыло; левое же охранялось отрядами, расположенными на Нижнем Дунае и у Слободжи. Одновременно с этими подготовительными распоряжениями Кутузов вступил в мирные переговоры с визирем. Но так как имп. Александр не соглашался на уменьшение своих прежних требований, а турки, со своей стороны, тоже явились крайне неуступчивыми, то переговоры были прерваны.
Бездействие русских убедило визиря в их слабости и начале июня визирь выступил из Шумлы, а 22 июня атаковал русских у Рущука, но потерпел поражение и отступил к заранее укрепленной позиции.
Несмотря на одержанную победу, Кутузов, разрушив укрепления Рущука, переправил все войска на левый берег Дуная. Визирь занял Рущук, и к 2 сентября переправил на левый берег до 36 тыс.
Кутузов, подтянул резервы и обложил укреплённый турецкий лагерь, устроив линию редутов, примыкавшую флангами к Дунаю. В то же время он переправил небольшой отряд генерала Маркова на правый берег, который внезапно атаковал остававшиеся там турецкие войска. Турки, имевшие четырёхкратное численное превосходство, поддавшись паническому страху, бежали частью в Рущук, частью к Разграду. Вслед за тем Марков, выставив на правом берегу свои батареи, стал громить лагерь визиря.
3 октября русская дунайская флотилия окончательно прервала сообщения с правым берегом, и остатки турецкой армии капитулировали. 10 и 11 октября Туртукай и Силистрия были заняты русскими войсками. Действия против Измаил-бея шли успешно и завершились отступлением его к Софии.
На Кавказском театре военных действий русские войска изгнали турок из Поти (1809), Сухум-кале (1810) и заняли крепость Ахалкалаки (1811). В ходе войны Абхазия и Гурия вошли в состав России, их ополчения сражались в рядах русской армии.
Успехи русского оружия принудили султана к миру, но мирные переговоры тянулись очень долго, и Александр I, недовольный медлительностью Кутузова, уже назначил главнокомандующим адмирала П.В.Чичагова, когда узнал о заключении 16.05.1812 Бухарестского мира. По условиям мира Россия приобретала Бессарабию с крепостями Хотиным, Бендерами, Аккерманом, Килией и Измаилом до реки Прут, а Сербия получила внутреннюю автономию.