Из династии Кобург-Браганса.

Родился 15.11.1889. Второй сын короля Португалии Карлуша I и Амалии, дочери Луи-Филиппа, герцога Орлеанского.

Будучи младшим сыном монарха готовился к военно-морской карьере. Однако 1.02.1908 его отец и старший брат Луиш Филиппе были убиты двумя террористами, и Мануэл неожиданно стал королём. Сам Мануэл был также легко ранен при этом покушении.

Были проведены некоторые мероприятия с целью успокоения оппозиции. Мануэл уволил диктаторское правительство, назначил демократические выборы, на которых решительную победу одержали социалисты и республиканцы. Была проведена амнистия участникам восстания на флоте в 1906, сокращены ассигнования на нужды короля. Однако это не помогло и уже 5.10.1910 монархия была свергнута и Португалии была провозглашена республикой.

Мануэл бежал в Англию, где поселился со своим дядей по материнской линии, Луи-Филиппом Робером, герцогом Орлеанским, близ Лондона, где и провёл остаток дней, ведя жизнь сельского джентльмена и посвятив себя литературным занятиям.

Мануэл никогда официально не отрекался от трона, но и не предпринимал каких-либо действий для его возвращения. В 1913 он женился на Августе-Виктории, дочери принца Вильгельма Гогенцоллерна, но наследников не имел. Главенство в династии перешло к дальним родственникам (ветви Дуарти) — потомкам изгнанного короля Мигела I.

Мануэл умер 2.07.1932, завещав правительству Португалии все свои владения, за что удостоился публичных похорон в Лиссабоне.